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标题: NAMD中能否引入谐振函数的更高次项 [打印本页]

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Author: 喵帕斯 时间: 2018-9-10 16:21
标题: NAMD中能否引入谐振函数的更高次项
目前准备把Morse函数展开成谐振函数来作为键参数，但是因为仅用E=k(r-r0)^2来描述的结果并不是很好，所以想加上三次项和四次项用作补充，请问能否在NAMD中实现

作者
Author: k64_cc 时间: 2018-9-10 17:32
但是你这个操作除了平添难度之外有啥意义…

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-10 18:03
可以，但你直接添加morse势不就行了？

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-10 18:04
用namd 里面的 tubulated potential直接添加morse势就行了，不影响体系中的其他部分

作者
Author: ene 时间: 2018-9-10 20:25
本帖最后由 ene 于 2018-9-10 20:42 编辑

fhh2626 发表于 2018-9-10 18:04
用namd 里面的 tubulated potential直接添加morse势就行了，不影响体系中的其他部分

老师，请问NAMD中可以修改特定片段间的非键作用力的函数形式，而不改变该片段内的非键作用力吗？想用NAMD结合软核势做H-REMD，不知道是否行得通

作者
Author: ene 时间: 2018-9-10 20:25
本帖最后由 ene 于 2018-9-10 20:29 编辑

fhh2626 发表于 2018-9-10 18:04
用namd 里面的 tubulated potential直接添加morse势就行了，不影响体系中的其他部分

只知道openMM可以做，但是又不清楚openMM跑膜蛋白体系是否稳健

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-10 22:04

ene 发表于 2018-9-10 20:25
老师，请问NAMD中可以修改特定片段间的非键作用力的函数形式，而不改变该片段内的非键作用力吗？想用NAMD结 ...

改变函数形式还能不改变作用力？

作者
Author: ene 时间: 2018-9-10 22:16

fhh2626 发表于 2018-9-10 22:04
改变函数形式还能不改变作用力？

是只改变两个片段间的原子作用力，不改变片段内的作用力。就比如小分子结合到靶点上，只改变小分子和受体蛋白间的弱作用函数形式，但是不改变受体蛋白内部的弱作用

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-10 22:40

ene 发表于 2018-9-10 22:16
是只改变两个片段间的原子作用力，不改变片段内的作用力。就比如小分子结合到靶点上，只改变小分子和受体 ...

可以啊，用tubulated potential

作者
Author: ene 时间: 2018-9-10 22:56

fhh2626 发表于 2018-9-10 22:40
可以啊，用tubulated potential

多谢

刚刚看了一下ug，您的意思应该是把tubulated potential与ABF联用对吗？通过tubulated potential指定势函数形式，然后通过ABF来指定新势函数作用到的cv

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-11 07:09

ene 发表于 2018-9-10 22:56
多谢刚刚看了一下ug，您的意思应该是把tubulated potential与ABF联用对吗？通过tubulated pot ...

和abf没关系啊，这个就是用自定义的函数覆盖掉默认的范德华力

作者
Author: ene 时间: 2018-9-11 07:43
本帖最后由 ene 于 2018-9-11 07:46 编辑

fhh2626 发表于 2018-9-11 07:09
和abf没关系啊，这个就是用自定义的函数覆盖掉默认的范德华力

是的，但是我看文档中好像没有写怎么才能只对于部分选定原子应用tabulated potential？如果指定了两种原子间的tabulated potential，那么体系中所有这两种原子间的弱作用都会采用这个新的potential来计算

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-11 08:10

ene 发表于 2018-9-11 07:43
是的，但是我看文档中好像没有写怎么才能只对于部分选定原子应用tabulated potential？如果指定了两种原 ...

你定义几种新原子不就行了

作者
Author: ene 时间: 2018-9-11 08:34

fhh2626 发表于 2018-9-11 08:10
你定义几种新原子不就行了

谢谢Fu老师，这办法太有意思了 :D

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-11 09:39

ene 发表于 2018-9-11 08:34
谢谢Fu老师，这办法太有意思了 :D

你就定义几种新原子类型，其他参数都和以前的一样，就把那几个原子对的势能函数覆盖了就行

作者
Author: 喵帕斯 时间: 2018-9-11 10:04

fhh2626 发表于 2018-9-10 18:04
用namd 里面的 tubulated potential直接添加morse势就行了，不影响体系中的其他部分

看了一下手册，Tabulated势修改的是Non-bonded interactions，请问它能否应用于成键势？

作者
Author: ene 时间: 2018-9-11 10:40

fhh2626 发表于 2018-9-11 09:39
你就定义几种新原子类型，其他参数都和以前的一样，就把那几个原子对的势能函数覆盖了就行

收到，谢谢您，我去尝试一下

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-11 11:22

喵帕斯发表于 2018-9-11 10:04
看了一下手册，Tabulated势修改的是Non-bonded interactions，请问它能否应用于成键势？

morse本来就是“非键”形式的函数啊

只要E(tabulated poteitial)=E(morse) + E(vdw)就能正确描述你的体系了吧

作者
Author: 喵帕斯 时间: 2018-9-11 11:25

fhh2626 发表于 2018-9-11 11:22
morse本来就是“非键”形式的函数啊

只要E(tabulated poteitial)=E(morse) + E(vdw)就能正确描述你的 ...

感谢指点

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-10-7 19:29

ene 发表于 2018-9-10 22:16
是只改变两个片段间的原子作用力，不改变片段内的作用力。就比如小分子结合到靶点上，只改变小分子和受体 ...

您好，请问您指的这种操作在GROMACS中能实现吗？我看GROMACS的手册上似乎只能对成键势用列表势

作者
Author: ene 时间: 2019-10-12 23:02

tjuptz 发表于 2019-10-7 19:29
您好，请问您指的这种操作在GROMACS中能实现吗？我看GROMACS的手册上似乎只能对成键势用列表势

不清楚，我不太熟悉gmx

作者
Author: tjuptz 时间: 2019-10-13 19:27

ene 发表于 2019-10-12 23:02
不清楚，我不太熟悉gmx

我找到相关说明了，gmx的非键作用也可以用列表势

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-1-6 17:45
本帖最后由 tjuptz 于 2020-1-6 21:18 编辑

ene 发表于 2018-9-11 10:40
收到，谢谢您，我去尝试一下

请问您是如何确定自己需要的势函数形式的呢？

作者
Author: tjuptz 时间: 2020-1-6 18:04
请问楼主是如何获得morse势的函数参数的呢？量化拟合得到的吗

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