计算化学公社

标题: gromacs模拟表面张力时同样的mdp文件换了温度出现错误 [打印本页]

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-9-10 17:51
标题: gromacs模拟表面张力时同样的mdp文件换了温度出现错误
gromacs模拟表面张力时， npt.mdp文件的其他参数都不变只改变了温度，308.15k时可已运行。但是改其他温度就会出现一堆错误

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-10 18:33
遇到错误必须把报错给出来。诸如步长这种重要参数在mdp中也没体现

没特殊情况强烈不建议用反应场，对静电作用的描述不够真实也不够普适

作者
Author: shanxitaiyuan 时间: 2018-9-10 18:59
本帖最后由 shanxitaiyuan 于 2018-9-10 19:05 编辑

另外将反应场换为PME也会出现警告

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-11 05:24

shanxitaiyuan 发表于 2018-9-10 18:59
另外将反应场换为PME也会出现警告

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作者
Author: 青青青 时间: 2019-1-3 14:05
您好，请问您有模拟表面张力的教程吗？gromacs的表面张力如何计算呢
?

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-4 07:48

青青青发表于 2019-1-3 14:05
您好，请问您有模拟表面张力的教程吗？gromacs的表面张力如何计算呢
?

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作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2019-1-4 09:57
我也是出现了这个报错，查了好些帖子，多次能量最小化也没用最后设置constraints=none

作者
Author: 青青青 时间: 2019-1-4 17:14

sobereva 发表于 2019-1-4 07:48

哇，谢谢sob老师，您给的信息太有用了！谢谢您的回复！真心想去听一下分子动力学的课程，可是没有时间，这个课件真的不能自己买吗

作者
Author: 青青青 时间: 2019-1-4 20:37

sobereva 发表于 2019-1-4 07:48

sob老师，您这个公式算的是平均表面张力吧，如果算某一单磷脂分子面积下的表面张力的话如何计算呢， gmx energy 后有一个#Surf*SurfTen选项，选这个直接算出来的是体系每时刻的表面张力吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-5 09:17

青青青发表于 2019-1-4 17:14
哇，谢谢sob老师，您给的信息太有用了！谢谢您的回复！真心想去听一下分子动力学的课程，可是没有时间， ...

不单独卖，见
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html

算出来的是模拟过程的平均表面张力。
#Surf*SurfTen选项用不着，应该是面积与表面张力的乘积

我看不太懂你那个问题，你可以找找类似的计算文章，一般用的公式都是我ppt里那套公式。

作者
Author: 青青青 时间: 2019-1-7 09:59
本帖最后由青青青于 2019-1-7 10:00 编辑

sobereva 发表于 2019-1-5 09:17
不单独卖，见
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html

谢谢老师，不好意思老师，我没表达清楚，我是说把md模拟和LB实验的值进行比较时，比较的是Π-A曲线，如图，即单层膜压缩过程中不同单磷脂分子面积下的表面压力，这时候就要分析模拟中对应每一单磷脂分子面积下的表面张力，请问老师如何计算呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 91)

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-7 14:38

青青青发表于 2019-1-7 09:59
谢谢老师，不好意思老师，我没表达清楚，我是说把md模拟和LB实验的值进行比较时，比较的是Π-A曲线，如图 ...

照常计算表面张力。用盒子X尺寸乘以Y尺寸得到膜面积，除以单层的磷脂数得到平均每个磷脂占的膜面积。用这两个数据作为图中的每个数据点，估计是你要求的。

作者
Author: 麻素敏 时间: 2019-9-30 14:20
您好我想咨询一下，计算表面张力的时候，应该使用NVT系综还是NPT系综呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-1 08:06

麻素敏发表于 2019-9-30 14:20
您好我想咨询一下，计算表面张力的时候，应该使用NVT系综还是NPT系综呀？

NVT

作者
Author: Annie1024 时间: 2021-4-7 15:52
谢谢sob老师，您这个课程太有用了！可惜每次GROMACS课程都爆满了...

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