计算化学公社
标题: 运行pysoc.py后，唯独没有soc_out.dat文件产生 [打印本页]
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-11 18:51
标题: 运行pysoc.py后，唯独没有soc_out.dat文件产生
本帖最后由 zhongyuabc 于 2018-9-11 19:17 编辑
社长大大，我在用sobpysoc算旋轨矩阵元的过程中，运行pysoc.py后没有soc_out.dat文件产生。我之前算过一个体系，是能够正常运行的，并且也有soc_out.dat文件产生。不知道社长大大，您是否知道这是怎么回事，谢谢您！
作者Author: sobereva 时间: 2018-9-11 20:06
这些看不出来，再把博文的例子跑跑吧
作者Author: abin 时间: 2018-9-12 07:00
也有类似问题。
算例都没有问题。
其他的计算也正常。
但是我遇到一个配合物的，就是报错， 无法计算。
我可以确认， 输入文件没有问题。
作者Author: 让你变成回忆 时间: 2018-9-12 08:03
电荷和自旋多重度设的多少？ 好像这里有个bug
作者Author: Warm_Cloud 时间: 2018-9-12 08:30
可能是molsoc的关系
作者Author: abin 时间: 2018-9-12 10:18
我的是电荷0， 自旋1 。
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-12 15:27
社长大大，博文里的例子能够成功运行，但我这个体系还是不行，没有soc-out.dat文件产生
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-12 15:34
电荷 自旋多重度
1 1 没有soc_out.dat文件产生
-1 1 有soc_out.dat产生（这是另外一个体系）
0 1 有soc_out.dat产生（这是社长大大博文里的ch2o例子）
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-12 15:36
那您知道怎么解决吗？谢谢您
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-12 16:24
社长大大，我找到原因了，我的体系之所以没有soc_out.dat是因为我输入文件中的某些原子被固定住了。当我所有原子不固定的时候，能产生soc_out.dat文件
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-12 16:24
已解决，谢谢您
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-12 16:25
您的输入文件中是否有固定原子？如果有，把原子固定取消掉再试试
作者Author: abin 时间: 2018-9-13 14:16
没有固定的。
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-13 15:03
会不会是你赝势的使用问题呢？
作者Author: abin 时间: 2018-9-13 16:17
不清楚。
社长发表的Os算例。
我这里运行正常。
我换用另一个算例， Irppy3,
能给出结果。
然后我换到另一个，金属不同， 不过是Pt而已，
然后就傻了。
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-13 16:40
你这个计算TD的时候耗时多不？需要我这里帮你重新算一下不
作者Author: abin 时间: 2018-9-14 09:04
首先明确一个事情。
G09和G16的结果都可以处理。
ch2o0-g16.com， 该文件是pysoc里面的算例，我只是修改了输入文件名。
输入文件前几行如下：
==> ch2o0-g16.com <==
%chk=ch2o0-g16
%rwf=ch2o0-g16
# td(50-50,nstates=5) B3LYP 6-31G(d) 6D 10F nosymm GFInput
Run with G16
0 1
C -0.131829 -0.000001 -0.000286
O 1.065288 0.000001 0.000090
H -0.718439 0.939705 0.000097
计算后，输出结果前几行如下：
sum_soc, <S0|Hso|T1,1,0,-1> (cm-1): 64.67529 45.73233 0.00805 45.73233
sum_soc, <S0|Hso|T2,1,0,-1> (cm-1): 0.01966 0.01390 0.00002 0.01390
sum_soc, <S0|Hso|T3,1,0,-1> (cm-1): 62.21692 43.99400 0.00129 43.99400
sum_soc, <S0|Hso|T4,1,0,-1> (cm-1): 12.69759 0.01893 12.69756 0.01893
sum_soc, <S0|Hso|T5,1,0,-1> (cm-1): 13.41411 9.48521 0.00336 9.48521
也能重复Os配合物的算例：
==> Os-pysoc-w-S0-geom.com <==
%mem=46GB
%CPU=0-11
%chk=Os-pysoc-w-S0-geom.chk
%rwf=Os-pysoc-w-S0-geom.rwf
! initial geom from Os-gr-opt-g16.xyz
#P b3lyp/def2TZVP scrf(solvent=CH2Cl2) TD(nstates=10,50-50) 6d 10f nosymm gfinput
td5050 with s0 geom
0 1
Os -0.48196 -1.12900 -0.00060
C -1.69521 -1.71037 1.36941
O -2.39596 -2.04393 2.21170
C -1.69545 -1.70871 -1.37110
O -2.39655 -2.04101 -2.21359
输出结果sum_soc, <S1|Hso|T2,1,0,-1> (cm-1): 591.94128 418.56561 0.36573 418.56561， 和SOB的算例基本一致。
更换到自己的算例， Irppy3,
==> Aug16-Irppy3-pysoc-w-T1-geom-CH2Cl2-demo.com <==%mem=8GB%CPU=0-3%chk=Aug16-Irppy3-pysoc-w-T1-geom-CH2Cl2-demo.chk%rwf=Aug16-Irppy3-pysoc-w-T1-geom-CH2Cl2-demo.rwf! initial geom from Aug16-Irppy3-t1-opt-freq.xyz#P td(50-50,nstates=3) B3LYP/GenECP 6D 10F nosymm GFInput SCRF(Solvent=dichloromethane)Run with G16, t1 geom, CH2Cl20 1Ir -0.01623 0.00540 0.05635C -0.62607 -1.65689 1.03633C -1.37521 -4.13733 2.21900C -1.49008 -1.71446 2.14630
然后无法计算。
错误信息摘要如下：
QM_code gauss_tddftopen file gaussian.log[[1, 2.1924], [3, 2.7052], [4, 2.7146]]2 2.6681['ANG', 'Zeff', 'DIP']Error when reading gaussian output
......
为了测试方便，我仅仅计算了三个态， 修改init.py如下：
head -n 15 init.py
#module called by soc.py
#general control for spin-orbit coupling calculation
import sys
#control parameter
QM_ex_flag = False #False we do QM calculation separately
QM_code = 'gauss_tddft' # gauss_tddft or tddftb
#QM_code = 'tddftb' # gauss_tddft or tddftb
#n_s = [1, 2, 3, 4, 5] #default # of excited singlets
n_s = [1, 2, 3] #default # of excited singlets
n_t = [1, 2, 3] #default # of excited triplets
#n_t = [1, 2, 3, 4, 5] #default # of excited triplets
n_g = ['True'] #default including ground state
soc_scal = 1.0 #scaling factor for Zeff in SOC operator
cicoeff_thresh = [1.0e-5] #thresh hold for ci coeff
所以涉及到的输入文件请看附件压缩包。
另，错误的原因，是不是ECP基组的问题， Irppy3中，使用的是老套的LanL2DZ;6-31G(d).
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-14 11:09
本帖最后由 zhongyuabc 于 2018-9-14 11:10 编辑
社长好像在博文里面说啦，rwf与log的名字应该为gaussian.可能是这个原因，你试试看勒
作者Author: abin 时间: 2018-9-14 14:17
我有自动运行脚本，
ln -s XXXX.log gaussian.log
ln -s XXXX.rwf gaussian.rwf
这点基础我还是能搞定的。
其实，自带的算例，以及Sob提供的算例， 我这里都可以正常运行。
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-14 17:59
您好，你的这个在我电脑上算出来了，我如何发给你？
ps:我觉得可能真的与命名有关，应该是要在算的时候就把名字改为gaussian，而不是在算完之后再改
作者Author: abin 时间: 2018-9-15 09:24
多谢多谢。
结果没有多大的意义。
我只是在写一个算例的时候，遇到这问题。
pysoc只是要求，输入文件是gaussian.log, gaussian.rwf而已。
所以只要指定，输入文件名是如此就可以。
我比较奇怪的问题是：
自带的算例，运行没有问题。
Sob提供的算例，也是没有问题。
然后在这种情况下， 我仅仅是把坐标替换为我自己的一个算例，
然后报错。
所以，我不晓得是哪里出现的问题。
另，
我使用的自动处理脚本是：
- #!/bin/bash
- for f in `ls *log`
- do
- jobname=`echo $f | cut -f 1 -d. `
- #cp -f $jobname.log gaussian.log
- ln -s $jobname.log gaussian.log
- #cp -f $jobname.rwf gaussian.rwf
- ln -s $jobname.rwf gaussian.rwf
- /usr/bin/python pysoc.py
- #/usr/bin/python pysoc-v1.py
- mv soc_out.dat $jobname-soc_out.dat
- rm -fr gaussian.*
- done
- ### clean up
- rm -fr molsoc.out *coeffs molsoc_* mo_* *overlap* ao_basis.dat dip_ao.dat ci_coeff.dat ene_out.dat init.pyc molsoc.inp MO_energy s_matr.dat soc_ao.dat soc_td_input.dat trans_dip_out.dat soint
我检查了， 该脚本应该不存在问题。
这个烂脚本的意图就是，
把一堆算完的东西，堆在当前目录， 然后运行一个该脚本，
结果一股脑给出来。
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-15 10:46
好的，如果你之前能成功算的算例也是后来再改的名字话，那出现这种情况真的好奇怪
作者Author: abin 时间: 2018-9-15 12:47
对啊，
作为一个老司机，
居然也翻车了。 我一直比较郁闷呢。
我还在琢磨这是为了什么？ 虽然我使用别的方案能解决。
作者Author: zhongyuabc 时间: 2018-9-15 19:04
期待你找出原因
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