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标题: 请教VMD中的显示部分内容的问题 [打印本页]

作者
Author: yaochuang 时间: 2015-5-12 10:02
标题: 请教VMD中的显示部分内容的问题
请教各位，在VMD中可不可以只显示指定分子附近一定距离的区域呢？

比如有一个体系包含A、B、C三种分子的体系，想看一下某个A分子及距离其r范围的的B分子分布，而其他分子不再显示。请问这可以怎么设置呢？

我利用TkConsole做了做，但是发现有两个问题不明白？
1、如何选中A分子中的某一个分子呢？
2、如何设置A分子周围r范围内的B分子呢？

我用atomselect功能只能选择出原子，而没法方便的选中分子。

先谢谢大家了！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-12 11:00
用不着tkconsole。直接在selected atom里输入诸如
[选择B] and within 5 of [选择A]
就显示出了A的5埃以内的B，如果还想把A也显示再来个or [选择A]

作者
Author: yaochuang 时间: 2015-5-12 16:21

sobereva 发表于 2015-5-12 11:00
用不着tkconsole。直接在selected atom里输入诸如
[选择B] and within 5 of [选择A]
就显示出了A的5埃以 ...

谢谢sob老师，

但是这样显示的只是距离A5埃以内的B的原子，可不可以把B分子显示完全呢？就是说只要某个B分子中有一个原子和A分子相距5埃就把这一个分子都显示出来。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-12 16:49

yaochuang 发表于 2015-5-12 16:21
谢谢sob老师，

但是这样显示的只是距离A5埃以内的B的原子，可不可以把B分子显示完全呢？就是说只要某 ...

例如same residue as {within 15 of resname ADP} 显示ADP的15埃范围内的所有原子，原子所在残基完整保留

作者
Author: yaochuang 时间: 2015-5-12 18:24

sobereva 发表于 2015-5-12 16:49
例如same residue as {within 15 of resname ADP} 显示ADP的15埃范围内的所有原子，原子所在残基完整保 ...

谢谢sob老师，终于完成了。

作者
Author: Jus 时间: 2022-10-17 15:53
本帖最后由 Jus 于 2022-10-17 19:14 编辑

sobereva 发表于 2015-5-12 16:49
例如same residue as {within 15 of resname ADP} 显示ADP的15埃范围内的所有原子，原子所在残基完整保 ...

sob老师好，那如果我想显示S原子10埃范围内的所有完整的水分子（不会少原子），命令将怎么改

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-18 00:19

Jus 发表于 2022-10-17 15:53
sob老师好，那如果我想显示S原子10埃范围内的所有完整的水分子（不会少原子），命令将怎么改

前例里的resname ADP改成name SH（假设硫原子的原子名叫SH）
看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: xxzj 时间: 2022-11-1 21:32
本帖最后由 xxzj 于 2022-11-1 21:33 编辑

sobereva 发表于 2022-10-18 00:19
前例里的resname ADP改成name SH（假设硫原子的原子名叫SH）
看
VMD里原子选择语句的语法和例子

老师，有个问题想请教您！我进行分子动力学模型得到的平衡构型用VMD显示如下，感觉两个团簇分子应该在一起。但是可能是盒子显示所以没有在一起，用periodic的三个方向显示全后，还是最边缘处存在最初的小的团簇，想请问老师应该如何解决这种情况？谢谢老师
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Author: sobereva 时间: 2022-11-2 08:27

xxzj 发表于 2022-11-1 21:32
老师，有个问题想请教您！我进行分子动力学模型得到的平衡构型用VMD显示如下，感觉两个团簇分子应该在一 ...

如果你是想让两个分子保持在一起便于观看，gmx trjconv的时候加上-pbc cluster，并且提供索引文件，里面定义一个对应于这两个分子的组，到时候选这个组

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Author: xxzj 时间: 2022-11-2 11:16

sobereva 发表于 2022-11-2 08:27
如果你是想让两个分子保持在一起便于观看，gmx trjconv的时候加上-pbc cluster，并且提供索引文件，里面 ...

收到，谢谢老师~

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