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标题: 分子模拟过程中水模型的选择问题 [打印本页]

作者
Author: 渠梦楠 时间: 2018-9-12 20:19
标题: 分子模拟过程中水模型的选择问题
各位前辈好，我研究离子在环肽纳米管在离子中的传输行为，该管子具有很大的偶极。原来是实验室的师兄师姐都是用TIP3P的水模型，老师考虑到偶极的存在让我换一个水模型，我看了一些水模型但是不知道应该选择，请各位前辈看一下我应该选哪种水模型或者推荐一篇各种水模型的应用的文章。我看的水模型在下列图片中，请各位前辈指导，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-13 03:53
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你改了，望以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-13 03:58
TIP3P在现在来看是很烂的三点水模型，早已过时，没有特别情况根本甭用这个，特别是你要考察的是水本身行为的时候

水模型去年的一篇综述：WIREs Comput Mol Sci 2017, e1347. doi: 10.1002/wcms.1347

真正想完美描述水的行为，得用可极化的水模型，诸如iAMOEBA、TIP4P-FQ，毕竟管内和管外环境差异比较大。

如果不想搞得这么麻烦，对于固定电荷的三点水模型来说，一般用比较流行的SPC/E，或者用模拟纯水属性更好的OPC3。如果可以接受更大计算量，可考虑用目前几乎最好的四点水模型OPC

作者
Author: 渠梦楠 时间: 2018-9-13 08:31

sobereva 发表于 2018-9-13 03:53
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你 ...

我以后会注意的，谢谢老师！

作者
Author: 渠梦楠 时间: 2018-9-13 08:32

sobereva 发表于 2018-9-13 03:58
TIP3P在现在来看是很烂的三点水模型，早已过时，没有特别情况根本甭用这个，特别是你要考察的是水本身行为 ...

谢谢老师！

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-13 12:42
LZ用charmm力场的话要注意只能配合TIP3P模型用。amber和opls力场对水模型的依赖相对较小。

你也可以用charmm-gui直接转化成drude力场来跑模拟

作者
Author: kunkun 时间: 2018-9-13 22:01
模拟蛋白我还一直用TIP3P....

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-14 05:52

kunkun 发表于 2018-9-13 22:01
模拟蛋白我还一直用TIP3P....

如果你用的蛋白力场当初就是结合TIP3P提出的，用TIP3P完全没问题。此时水只是表现一个环境效果，而不是重在研究水本身特征。此时结合不同主流的水模型模拟结果一般不会有太大差异。而像那种专门模拟水行为的研究，就应当尽量用好一些的水模型。

作者
Author: 渠梦楠 时间: 2018-9-18 16:16

fhh2626 发表于 2018-9-13 12:42
LZ用charmm力场的话要注意只能配合TIP3P模型用。amber和opls力场对水模型的依赖相对较小。

你也可以用ch ...

非常感谢一直以来您的回复，我用的是charmm力场，软件是NAMD.我看NAMD中默认水模型就是TIP3P，因为我的环肽纳米管极性比较大，老师就想让我换水模型说到时候审稿人肯定会疑问这么大的偶极环境下为什么还要用TIP3P，我看文献里说如果不是专门研究水分子只是把水分子做一个溶剂的话就没有必要换水模型。我想问您一下如果NAMD，charmm力场下还有没有其他合适的水模型。

作者
Author: fhh2626 时间: 2018-9-19 12:55

渠梦楠发表于 2018-9-18 16:16
非常感谢一直以来您的回复，我用的是charmm力场，软件是NAMD.我看NAMD中默认水模型就是TIP3P，因为我的环 ...

charmm力场的电荷本来就是通过和tip3p的相互作用来拟合的。不管你的溶剂分子极性大还是小，和水的作用都应该是正确描述了的。只不过是水分子之间的作用描述可能不太好

如果你要进一步精确的话可以用drude力场（charmm可极化力场），把你的psf和pdb提交到charmm-gui上面生成

作者
Author: 渠梦楠 时间: 2018-9-19 15:23

fhh2626 发表于 2018-9-19 12:55
charmm力场的电荷本来就是通过和tip3p的相互作用来拟合的。不管你的溶剂分子极性大还是小，和水的作用都 ...

谢谢您的回复，我去试一下。

作者
Author: 渠梦楠 时间: 2018-9-20 10:23

渠梦楠发表于 2018-9-19 15:23
谢谢您的回复，我去试一下。

不好意思再一次打扰你，由于我用的氨基酸不是自然界中常见的氨基酸，我在用charmm-gui中的Drude-Prepper生成drude力场时一直出错，希望您有空的时候帮我看一下是什么原因，文件在附件中。万分感谢！

作者
Author: rice 时间: 2020-12-30 16:19

sobereva 发表于 2018-9-14 05:52
如果你用的蛋白力场当初就是结合TIP3P提出的，用TIP3P完全没问题。此时水只是表现一个环境效果，而不是重 ...

卢老师，请问OPC水模型可以在OPLS_AA力场中应用么，之前看您给的itp文件是用于amber力场的。目前我的模拟也比较关心水和一种化合物的相互作用，还是说使用OPLS力场内置的spc/e就可以了？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-2 00:15

rice 发表于 2020-12-30 16:19
卢老师，请问OPC水模型可以在OPLS_AA力场中应用么，之前看您给的itp文件是用于amber力场的。目前我的模拟 ...

可

要求不太高的话SPC/E就可以

作者
Author: rice 时间: 2021-1-2 16:16

sobereva 发表于 2021-1-2 00:15
可

要求不太高的话SPC/E就可以

好的，谢谢老师

作者
Author: wujinman 时间: 2021-10-29 09:35

sobereva 发表于 2021-1-2 00:15
可

要求不太高的话SPC/E就可以

sob老师，我做的内容是探究离子水合作用，离子结合水的数量，外界对水合的影响，这个SPC/E模型可行吗

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-29 12:42

wujinman 发表于 2021-10-29 09:35
sob老师，我做的内容是探究离子水合作用，离子结合水的数量，外界对水合的影响，这个SPC/E模型可行吗

那要看你离子的参数咋来的

作者
Author: wujinman 时间: 2021-10-29 15:00

喵星大佬发表于 2021-10-29 12:42
那要看你离子的参数咋来的

好的，谢谢老师回复

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-30 09:54

wujinman 发表于 2021-10-29 09:35
sob老师，我做的内容是探究离子水合作用，离子结合水的数量，外界对水合的影响，这个SPC/E模型可行吗

一般来说可以
如果谨慎一些的话，建议用OPC水模型也跑跑做个对比，如果定性一致比较放心

作者
Author: wujinman 时间: 2021-11-4 13:11

sobereva 发表于 2021-10-30 09:54
一般来说可以
如果谨慎一些的话，建议用OPC水模型也跑跑做个对比，如果定性一致比较放心

非常感谢老师的回复，我懂了。

作者
Author: 安陈 时间: 2022-6-9 21:00

sobereva 发表于 2018-9-13 03:58
TIP3P在现在来看是很烂的三点水模型，早已过时，没有特别情况根本甭用这个，特别是你要考察的是水本身行为 ...

sob老师，想请问您，tip4p-fq模型在lammps和gromacs里面怎么使用呢，我找了很久没找到

作者
Author: 牧生 时间: 2022-6-9 21:15

安陈发表于 2022-6-9 21:00
sob老师，想请问您，tip4p-fq模型在lammps和gromacs里面怎么使用呢，我找了很久没找到

把TIP4P.itp的参数按照这个表中改一下就行了。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/138555203

作者
Author: 安陈 时间: 2022-6-9 21:39

牧生发表于 2022-6-9 21:15
把TIP4P.itp的参数按照这个表中改一下就行了。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/138555203

好的非常感谢，我试一下

作者
Author: uenh1998 时间: 2024-5-30 19:14

sobereva 发表于 2021-10-30 09:54
一般来说可以
如果谨慎一些的话，建议用OPC水模型也跑跑做个对比，如果定性一致比较放心

请问社长，我模拟蛋白配体复合物，想在一节中给出实验水和SPC/E水模型的对比。用的AMBER14SB力场+SPC/E水模型，可以用于发表文章吗。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-5-31 09:52

uenh1998 发表于 2024-5-30 19:14
请问社长，我模拟蛋白配体复合物，想在一节中给出实验水和SPC/E水模型的对比。用的AMBER14SB力场+SPC/E水 ...

这没什么可对比的，不同水模型的性质在原文里都有，还有专门的横测文章
AMBER19SB的原文里的测试也体现了AMBER14SB最适合结合TIP3P

作者
Author: uenh1998 时间: 2024-5-31 15:47

sobereva 发表于 2024-5-31 09:52
这没什么可对比的，不同水模型的性质在原文里都有，还有专门的横测文章
AMBER19SB的原文里的测试也体现 ...

感谢社长，AMBER14SB最佳水是TIP3P这一点我明白。但是如果因其它原因用AMBER14SB +OPC或者SPC/E水模型组合的话，能否用于发文章呢。我看社长您说过不考虑水的性质，只研究蛋白的话，水模型不重要。

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-1 10:21

uenh1998 发表于 2024-5-31 15:47
感谢社长，AMBER14SB最佳水是TIP3P这一点我明白。但是如果因其它原因用AMBER14SB +OPC或者SPC/E水模型组 ...

原理上问题不大，但可能遇到个别审稿人bb

作者
Author: Julia 时间: 2025-4-3 00:49
我想模拟有机小分子的液液萃取行为，用GAFF力场，我看能御用的水模型只有TIP3P，但水的行为对我萃取的效果影响应该挺大的，这个情况下该怎么办呢？

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