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标题: 进行伞状采样时，发现力加到很大，还是拉不过去，能帮我看下mdp文件有没有问题 [打印本页]

作者
Author: sakura 时间: 2018-9-17 15:14
标题: 进行伞状采样时，发现力加到很大，还是拉不过去，能帮我看下mdp文件有没有问题
一开始我是限制整个晶体的xy方向，后来限制所有磷酸根的xy方向。最后把限制条件改成只限制拉伸组的磷酸根的xy方向时，力只能加到几千，还是拉不过去。
要求只沿Z轴方向拉伸

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Author: zai_13 时间: 2018-9-17 17:02
体系先描述一下啊，都不知道具体啥情况，还有磷酸根你指的是溶液中的？

作者
Author: sakura 时间: 2018-9-17 17:25

zai_13 发表于 2018-9-17 17:02
体系先描述一下啊，都不知道具体啥情况，还有磷酸根你指的是溶液中的？

我把构型放上面了，就是在羟基磷灰石晶体表面有一层水溶液，取羟基磷灰石表面中间的一个磷酸根作为拉伸组

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Author: hdmd 时间: 2018-9-17 22:42
你可以把itp文件发上来看看，这种靠非键作用形成的晶体，通常情况下具有很强的分子间相互作用，你可以想象，这种非键作用代替了通常模拟键相互作用，另外，如果可能的话把轨迹文件发上来几针有助于分析问题

作者
Author: sakura 时间: 2018-9-18 11:41

hdmd 发表于 2018-9-17 22:42
你可以把itp文件发上来看看，这种靠非键作用形成的晶体，通常情况下具有很强的分子间相互作用，你可以想象 ...

好的，马上发

作者
Author: sakura 时间: 2018-9-18 11:46
轨迹文件太大，发不了

作者
Author: wasngsimin 时间: 2019-3-14 15:18
朋友我看你出现这个问题是因为你把两个group都固定了吧？

作者
Author: Alanni 时间: 2019-3-15 11:30

hdmd 发表于 2018-9-17 22:42
你可以把itp文件发上来看看，这种靠非键作用形成的晶体，通常情况下具有很强的分子间相互作用，你可以想象 ...

你好！我想请教一下，GROMACS中使用constant_force的恒力拉伸，其力常数k就是恒力的大小，我换算过来的单位比pN大很多量级。还是这个力常数根本就不是代表的外加力的大小？我读过的文献中加的力都是pN量级，在软件中怎样确定？谢谢

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