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标题: 请问如何计算轨迹中的熵贡献 [打印本页]

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Author: alystone 时间: 2018-9-19 08:47
标题: 请问如何计算轨迹中的熵贡献
本帖最后由 alystone 于 2018-9-19 09:01 编辑

请问各位老师，在gromacs或者amber中，我想知道熵对我的对接体系的贡献有多大，该用哪个工具进行计算，谢谢。

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Author: wangyanforward 时间: 2018-9-19 09:46
AMBER中的MMPBSA计算模块就可以对蛋白小分子复合物体系的结合自由能进行计算（包含熵部分）。具体操作参看一下AMBER官网教程：http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/index.htm

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Author: sobereva 时间: 2018-9-19 10:19
如上所说，mmpbsa计算过程中可以进行振动分析，从而给出熵效应的影响。但是很多文章指出这样算出的熵效应不准确（而且又很耗时），考虑熵效应后精度比起不考虑也没啥显著改进

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Author: k64_cc 时间: 2018-9-19 11:16
先拿自由能，然后统计两个state的<U>，减掉就是熵效应。

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Author: alystone 时间: 2018-9-19 11:38

wangyanforward 发表于 2018-9-19 09:46
AMBER中的MMPBSA计算模块就可以对蛋白小分子复合物体系的结合自由能进行计算（包含熵部分）。具体操作参看 ...

谢谢，我学习一下。

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Author: alystone 时间: 2018-9-19 11:39

sobereva 发表于 2018-9-19 10:19
如上所说，mmpbsa计算过程中可以进行振动分析，从而给出熵效应的影响。但是很多文章指出这样算出的熵效应不 ...

谢谢sob老师，如果想较高精度计算，有没有什么改良方法。

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Author: alystone 时间: 2018-9-19 11:40

k64_cc 发表于 2018-9-19 11:16
先拿自由能，然后统计两个state的，减掉就是熵效应。

谢谢。

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Author: fhh2626 时间: 2018-9-19 20:04
准确的计算熵，只有通过FEP或者MtD,ABF这一类方法先计算出结合自由能，然后用S=dG/dT求熵

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Author: alystone 时间: 2018-9-19 20:39

fhh2626 发表于 2018-9-19 20:04
准确的计算熵，只有通过FEP或者MtD,ABF这一类方法先计算出结合自由能，然后用S=dG/dT求熵

好的，谢谢回答，我学习一下，然后尝试用在我的体系里边。

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Author: lonemen 时间: 2018-9-20 15:58
谢谢答疑！正好需要。

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