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标题: oniom计算报错Linear angle in Bend或Linear angle in Tors [打印本页]

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Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-21 12:20
标题: oniom计算报错Linear angle in Bend或Linear angle in Tors
用oniom跑蛋白和小分子复合物，初始结构在amber里跑过100ps MD,分层后在高斯里跑QM/MM, 跑一段时间就报错Linear angle in Bend. 或者Linear angle in Tors 修改几次初始结构都还是报错，每次报错的时间也不同。oniom里不能用opt=cartesian, 请问这种情况改如何解决？完整的输入文件和输出文件在附件中
%chk=lowest_dry.07.chk
%mem=4800MB
%nprocshared=48
#p opt=maxcycles=100 oniom(b3lyp/6-31g(d,p):amber=softfirst) geom=connectivity int=ultrafine

ONIOM inputfile generated by pdb2oniom from PDB file lowest_dry.pdb.

-12 1 0 1 0 1
N-N-0.294300    0 36.29500000 54.73300000 23.27700000 L
H-H-0.164200    0 37.20900000 54.30500000 23.26000000 L
H-H-0.164200    0 36.43600000 55.73300000 23.24600000 L
H-H-0.164200    0 35.82300000 54.36900000 22.46200000 L
C-CT--0.010000 0 35.45000000 54.19300000 24.36800000 L
H-HC-0.089500 0 35.88800000 54.44600000 25.33300000 L
H-HC-0.089500 0 34.46400000 54.65800000 24.40000000 L
C-C-0.616300    0 35.31800000 52.70600000 24.30800000 L
.....
.....
HrmBnd1 ND CC CA 70.2000 115.0500
HrmBnd1 ND NA HN 50.0000 119.6100
HrmBnd1 ND NA CA 69.3000 117.8500
HrmBnd1 CA CA C3 63.8000 120.6300
HrmBnd1 CA C3 F 66.1400 111.7600
HrmBnd1 CA C3 H2 47.0300 109.6600
HrmBnd1 F C3 H2 51.4000 108.4100
HrmBnd1 F C3 F 71.3000 107.1600

输出文件报错：
408 0 0 F F  1.00D+00********************************************       NaN ----
409 0 0 F F  1.00D+00********************************************       NaN ----
410 0 0 F F  1.00D+00********************************************       NaN ----
411 0 0 F F  1.00D+00********************************************       NaN ----
412 0 0 F F  1.00D+00********************************************       NaN ----
413 0 0 F F  1.00D+00********************************************       NaN ----
414 0 0 F F  1.00D+00********************************************       NaN ----
415 0 0 F F  1.00D+00********************************************       NaN ----
416 0 0 F T -1.00D+00***********       NaN       NaN       NaN       NaN ----
Linear angle in Bend.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g09/l103.exe at Thu Sep 20 15:25:48 2018.
Job cpu time:    0 days  0 hours 25 minutes  8.7 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    78 Int=    0 D2E=    0 Chk=    59 Scr=    1

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作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-21 20:32
最好把结合区域抠出来再去优化

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-21 20:53

sobereva 发表于 2018-9-21 20:32
最好把结合区域抠出来再去优化

具体是要只保留有机化合物和共价结合的氨基酸，其他残基都删除是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-21 21:19

qianyifuxi 发表于 2018-9-21 20:53
具体是要只保留有机化合物和共价结合的氨基酸，其他残基都删除是吗？

先用amber程序优化，优化完了，把距离小分子一定距离内的残基都保留，残基骨架原子冻住，然后优化

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-21 22:20

sobereva 发表于 2018-9-21 21:19
先用amber程序优化，优化完了，把距离小分子一定距离内的残基都保留，残基骨架原子冻住，然后优化

截断的残基末端是否要添加cap呢？冻住的骨架在整个优化和频率计算过程中都不放开是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-21 22:31

qianyifuxi 发表于 2018-9-21 22:20
截断的残基末端是否要添加cap呢？冻住的骨架在整个优化和频率计算过程中都不放开是吗？

应当饱和处理，都不放开，要不然一优化簇模型就塌了

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-21 22:35

sobereva 发表于 2018-9-21 22:31
应当饱和处理，都不放开，要不然一优化簇模型就塌了

多谢sob老师，我试一下

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-24 00:19

sobereva 发表于 2018-9-21 22:31
应当饱和处理，都不放开，要不然一优化簇模型就塌了

按照TAO package的方法只保留了小分子和作用氨基酸，冻结了其他残基，没有报错。但查看结果发现存在明显错误，原本小分子中两个SP2的C在优化了一步后就已经不在同一平面上了（图1是输入文件，画圈两个C正常；图2优化了1步后就扭曲了）直到优化结束一直保持错误构型。输入文件中的小分子和蛋白复合物用amber跑过md, 小分子部分是resp电荷结合gaff力场，在oniom输入文件中的Hrmstr1和HrmBnd1参数也是通过tao package中的parmlookup命令生成，并与gaff力场对照后修改。反复检查了出问题的两个C原子，电荷和参数并没有问题，两个C原子类型都是定义的CC。
请问sob老师为什么会出现这个问题呢？输入文件哪里存在错误？
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作者
Author: beefly 时间: 2018-9-24 08:06
这个错误表示在优化过程中，一些最开始小于180度的键角变成了180度，导致最开始产生的冗余内坐标其中的二面角失效。

如果是一般的计算，用opt=cartesian可以避免此问题。但是oniom结构优化是绑定冗余内坐标的，所以只能复制最后一步的结构粘贴到输入，或者从chk文件读入最后一步的结构，然后重算

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-24 10:38

beefly 发表于 2018-9-24 08:06
这个错误表示在优化过程中，一些最开始小于180度的键角变成了180度，导致最开始产生的冗余内坐标其中的二面 ...

那像我这样的，优化了第一步就出错了，即使读取最后一步，也已经是不合理的结构了，要如何解决呢？

作者
Author: beefly 时间: 2018-9-30 20:11

qianyifuxi 发表于 2018-9-24 10:38
那像我这样的，优化了第一步就出错了，即使读取最后一步，也已经是不合理的结构了，要如何解决呢？

把那些接近180出问题的角度人为拉直。gaussian产生内坐标的时候，就会针对180度角做特殊处理

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-10-2 14:34

beefly 发表于 2018-9-30 20:11
把那些接近180出问题的角度人为拉直。gaussian产生内坐标的时候，就会针对180度角做特殊处理

后来把有机分子整个放到QM层里就没有报错了，也不算解决了，只能说回避了吧

作者
Author: 1316615557 时间: 2019-7-19 15:21

beefly 发表于 2018-9-24 08:06
这个错误表示在优化过程中，一些最开始小于180度的键角变成了180度，导致最开始产生的冗余内坐标其中的二面 ...

您好，请问如果在计算TS时出现180°角怎么处理呢？

作者
Author: beefly 时间: 2019-7-21 04:18

1316615557 发表于 2019-7-19 15:21
您好，请问如果在计算TS时出现180°角怎么处理呢？

在一般情况下，这类问题可以改用直角坐标优化，如果预知最终的键角就是180，也可以用z-matrix优化并把180度键角固定（要借助虚原子）。但是oniom比较特殊，它内部绑定了冗余内坐标（g03，g09是如此，g16未测试），所以没办法避免，只能从chk读入最后一次结构继续算

作者
Author: 1316615557 时间: 2019-7-29 09:36

beefly 发表于 2019-7-21 04:18
在一般情况下，这类问题可以改用直角坐标优化，如果预知最终的键角就是180，也可以用z-matrix优化并把180 ...

老师您好，用直角坐标优化是把成180°的角调为直角再做优化吗？我当时考虑也可能是初始结构搭的不合理，调整了一下初始结构再计算就没有直线角的出现了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-29 22:54

1316615557 发表于 2019-7-29 09:36
老师您好，用直角坐标优化是把成180°的角调为直角再做优化吗？我当时考虑也可能是初始结构搭的不合理， ...

直角坐标指的是笛卡尔坐标，不是让你真的把坐标调成直角

作者
Author: 1316615557 时间: 2019-8-2 10:23

sobereva 发表于 2019-7-29 22:54
直角坐标指的是笛卡尔坐标，不是让你真的把坐标调成直角

明白了，谢谢老师

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