标题: 求助：高斯计算带溶剂的关键词设置和gmx时候npt后盒子边长扩大了50多倍。 [打印本页] 作者Author: gezihyg 时间: 2018-9-21 18:02 标题: 求助：高斯计算带溶剂的关键词设置和gmx时候npt后盒子边长扩大了50多倍。 sob老师您好，我使用GROMACS对小分子进行分子印记模拟计算，建立小分子top文件时候计算电荷想要使用Multiwfn,在使用高斯进行计算得chk的时候，关键词用# B3LYP/6-31G**em=GD3BJ opt ,我的反应实在乙腈比丙酮比例为9：1的溶剂中进行的，请问sob老师，这种情况，我的小分子和溶剂进行计算的时候的scrf=solvent部分应该怎么写，小分子的溶剂部分可以表述为比例形式么？我的两种溶剂分子的这部分又该如何写呢？
2 . 我的体系是只含有C/H/O/N的体系，含有1410个原子。209个分子，很小的体系，我把边长设置为2或者3nm，在能量最小化的时候，会报错ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element.increase the box size or decreace rlist.我的rlist数值是1（尝试把rlist改为0.5，也还是报同样的错）我把边长增加到4的时候不会再报错但是我的盒子里面就会很空，一千多个原子根本填充不满，我的反应物还有溶剂的数量全部都是按照一定比例放置的（不知道是否可以把现在的体系增加为现在的双倍盒子变长不变？从而使盒子变满，这样是否属于周期性，并不是周期的盒子，而是加倍了盒子里的分子。）并且边长是4的话最后最后一步md的时候就会报错内存不足，Fatal error:
Not enough memory. Failed to allocate 3645153819 aligned elements of size 4 for grid->grid
(called from file /build/gromacs-z6bPBg/gromacs-5.1.2/src/gromacs/ewald/pme-grid.cpp, line 569)
我用的虚拟机，分配了8G的运行内存，感觉按道理不应该会内存不足，尝试在别人的服务器上进行mdrun,可以跑起来。
我的体系反应温度是333k,实际反应中溶液会慢慢凝固成固体。我npt以后，我的盒子变长由4变成了228点多。我npt的时候是限制了我的分子的，限制值是3000，3000，3000.请问sob老师，这种情况应该怎么办呢。还请sob老师指导。