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标题: vmd怎么计算rdf [打印本页]

作者
Author: jitalaoui 时间: 2018-9-26 10:28
标题: vmd怎么计算rdf
我想用vmd中计算g(r)的插件计算pdb文件的g(r)，我的pdb文件也是从轨迹文件中截取的一系列pdb文件，想问一下set unit cell中怎么设置，pdb文件也有盒子大小吗？

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Author: fhh2626 时间: 2018-9-26 12:26
rdf是个统计平均量，计算一帧的话不太合适

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-26 19:56
一方面注意2L所说，另一方面根本没有必要自己改盒子尺寸设置。PS：pdb里CRYSTL字段直接就是记录盒子尺寸的

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Author: 琥珀坠 时间: 2019-6-5 20:03
请问这个图在哪里设置

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Author: iamjjLin 时间: 2024-1-4 10:49

琥珀坠发表于 2019-6-5 20:03
请问这个图在哪里设置

VMD main这个页面Extensions-->Analysis-->Radial Pair Distribution Function g(r)
打开这个页面后左上角Utilities，就可以自己设置晶胞。
如果你使用的轨迹文件为不含晶胞尺寸的.xyz文件，这个方法挺好用的。

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