计算化学公社

标题: 如何通过pbs使用gaussian的cubegen将fchk转换为cube文件 [打印本页]

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-9-28 08:52
标题: 如何通过pbs使用gaussian的cubegen将fchk转换为cube文件
最近，需要将大量的fchk文件转换为cube文件（查看homo/LUMO）轨道，通过管理节点转换（见文件1，这个能成功）的话会导致管理节点卡死，因此想通过计算节点转换。
通过提交pbs文件（文件2）的方式排队进行转换，但是出现了错误（文件3所示），调整了几次都没有成功。我将pbs文件和fchk文件都放在一个目录下面。
想请教一下老师，该如何处理。
非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-28 08:55
直接用Multiwfn基于fchk看多方便，比起用cube文件方便得多得多，速度也快得多得多，结合VMD效果也比gview强得多得多
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Multiwfn同样能导出cube文件，上面文中说了，而且一次能导出一大批，格点设定远比cubegen灵活，速度也比cubegen快得多得多（而且速度与CPU核数成近乎正比）。对于当前问题cubegen毫无用武之地。

是Gaussian不是guassian，我把你标题改了。

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-9-28 10:16
谢谢sober老师

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-9-28 10:20
主要是量较多，我要一个一个将fchk文件导出来（从集群传输到电脑）再用multiwfn进行处理，传fchk文件就比较耗时，所以想在集群中就把fchk转换成cube文件。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-9-28 13:13

xaomidaxue 发表于 2018-9-28 10:20
主要是量较多，我要一个一个将fchk文件导出来（从集群传输到电脑）再用multiwfn进行处理，传fchk文件就比较 ...

把Multiwfn程序放你的集群上去。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-28 19:56

xaomidaxue 发表于 2018-9-28 10:20
主要是量较多，我要一个一个将fchk文件导出来（从集群传输到电脑）再用multiwfn进行处理，传fchk文件就比较 ...

cube文件比你fchk文件通常更大（具体取决于格点设定）
嫌fchk文件大，先压缩后再传

作者
Author: yeliya201 时间: 2022-9-16 22:16
你好！其实我也有类似的问题，我是在一个更大的循环作业中不断的产生新的.fchk文件，然后用cubegen转换成cube文件，然后继续执行循环中的后续命令。所以，我也必须把cubegen的操作放在pbs中执行。但是我也总是报错。不知道你解决了问题没有啊？可不可以指导我一下啊，谢谢！

作者
Author: abin 时间: 2022-9-16 22:32

yeliya201 发表于 2022-9-16 22:16
你好！其实我也有类似的问题，我是在一个更大的循环作业中不断的产生新的.fchk文件，然后用cubegen转换成cu ...

gitee..com/hpc4you/hpc
下载里面的PDF
查阅slurm 的自我修养部分，
可能有助于理解调度器工作原理。

作者
Author: yeliya201 时间: 2022-9-16 22:36

abin 发表于 2022-9-16 22:32
gitee..com/hpc4you/hpc
下载里面的PDF
查阅slurm 的自我修养部分，

谢谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)