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标题: ONIOM如何添加D3校正？ [打印本页]

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Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-28 17:00
标题: ONIOM如何添加D3校正？
本帖最后由 qianyifuxi 于 2018-9-28 17:04 编辑

在用oniom计算时酶促反应活化能时，把体系设置了三层：高层为反应成键断键相关原子，用M062X；中层为有机分子（除成键部分外）和与有机分子存在氢键和明显疏水相互作用的氨基酸，用B3LYP；底层为蛋白其他氨基酸,用amber。
想在M062X和B3LYP上添加D3校正，但直接用EmpiricalDispersion=GD3时，报错R6DS8: Unable to choose the S8 parameter。可能是amber没法D3，但默认对三层都添加D3了，要怎样把D3只加在QM部分呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 60)

%chk=core-10-3a-02.chk
%mem=4800MB
%nprocshared=48
#p opt oniom(m062x/6-31g(d):b3lyp/6-31g:amber=softfirst) nosymm geom=connectivity iop(2/15=3) test EmpiricalDispersion=GD3

ONIOM inputfile generated by pdb2oniom from PDB file core-8a.pdb. No

-1 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1
N-N--0.387353 -1 38.46600000 29.42000000 19.84500000 L
H-H-0.300605 -1 38.53300000 30.28100000 20.36800000 L
C-CT-0.037470 -1 38.27000000 28.13900000 20.57500000 L
H-H1-0.152255 -1 37.75300000 27.41700000 19.94300000 L
C-CT--0.032112 -1 39.67200000 27.62000000 20.95100000 L
H-HC-0.030995 -1 40.25800000 27.41600000 20.05400000 L
H-HC-0.030995 -1 40.12200000 28.41600000 21.54500000 L
C-CT--0.020264 -1 39.86700000 26.30300000 21.70100000 L
H-HC-0.030791 -1 40.88700000 26.31000000 22.08500000 L
H-HC-0.030791 -1 39.13000000 26.27400000 22.50300000 L
C-C-0.667812 -1 39.56200000 25.04700000 20.79700000 L

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-28 19:12
当前ONIOM的使用严重不合适
只分两层就够了，分得越多麻烦事越多，精度损失越多，你那么弄可能还反倒令耗时更高。QM部分直接用M06-2X就完了，基组都用6-31G*，如果想降低QM部分耗时，不重要原子用3-21G，或者改用B3LYP-D3代替M06-2X
test关键词是多余的
就分QM:MM两层的时候，D3可以照常加（但必须是G09 E.01及之后）

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-28 19:25
本帖最后由 qianyifuxi 于 2018-9-28 19:26 编辑

sobereva 发表于 2018-9-28 19:12
当前ONIOM的使用严重不合适
只分两层就够了，分得越多麻烦事越多，精度损失越多，你那么弄可能还反倒令耗 ...

Sob老师,我最初确实是只分了两层，就成键的几个原子(现在的高层）用M062X，其他全用MM。
但是优化了之后有机分子部分明显扭曲变形了，无奈才把其他的有机分子又划分了一个中层，蛋白还是用MM。但跑了之后虽然有机分子结构合理了，几十步以后又和蛋白上一个形成氢键的氨基酸距离过近(NH....N)，1.2A, 在VMD里看都成键了，继续优化到收敛也没有断开。最后没办法就把形成氢键的氨基酸也全都加到中层了，就变成了现在这个样子。
您的意思是现在的中层和高层全部设为高层用M062X，其他用MM是吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-28 19:54

qianyifuxi 发表于 2018-9-28 19:25
Sob老师,我最初确实是只分了两层，就成键的几个原子(现在的高层）用M062X，其他全用MM。
但是优化了之后 ...

是。分得越多情况越复杂，越容易出毛病，而且出了问题越难找原因。而且无意义的划分肯定遭到审稿人comment。

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-28 20:04

sobereva 发表于 2018-9-28 19:54
是。分得越多情况越复杂，越容易出毛病，而且出了问题越难找原因。而且无意义的划分肯定遭到审稿人commen ...

那如果想原来中层那些用3-21g,高层用6-31g*,是不是要在connectivity和MM参数之间插入混合机组定义呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-28 23:21

qianyifuxi 发表于 2018-9-28 20:04
那如果想原来中层那些用3-21g,高层用6-31g*,是不是要在connectivity和MM参数之间插入混合机组定义呢？

MM参数应该写在基组定义之前，看http://sobereva.com/g09/m_input.htm这里的输入顺序表格

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Author: 柒月小鱼 时间: 2018-9-29 10:11
D3BJ加在里面

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-29 11:23

柒月小鱼发表于 2018-9-29 10:11
D3BJ加在里面

我用的是G09 D.01, 加在里面用
#p opt oniom(m062x/gen empiricaldispersion=gd3:amber=softfirst) nosymm geom=connectivity iop(2/15=3)
同样还是报错6DS8: Unable to choose the S8 parameter
应该是版本太低了，后来我就没加D3了

作者
Author: qianyifuxi 时间: 2018-9-29 11:39

sobereva 发表于 2018-9-28 23:21
MM参数应该写在基组定义之前，看http://sobereva.com/g09/m_input.htm这里的输入顺序表格

sob老师，按照混合基组的方法，之前中层用了3-21G, 高层成键的那几个原子用6-31g*,跑了之后可以收敛，速度也还行。

但我还有一个问题，看了您的博文 “大体系弱相互作用计算的解决之道”，发现我现在用的基组描述弱相互太低了。

我这个小分子和蛋白氨基酸残基存在氢键和范德华力，用现在的基组是否会影响结构优化？虽然我跑完结构收敛后看起来是合理的，氢键都在。

另外，涉及成键的原子（Cys-SH和小分子上的共价反应基团）之间没有弱相互作用，但现在这样算对成键断键位置的活化能计算影响会大吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-29 12:57

qianyifuxi 发表于 2018-9-29 11:39
sob老师，按照混合基组的方法，之前中层用了3-21G, 高层成键的那几个原子用6-31g*,跑了之后可以收敛，速 ...

小分子内部的弱相互作用，靠当前级别描述偏低了。但是low层与QM描述的high层之间的相互作用，实际上是用low层级别，即分子力场描述的，给出的色散作用能达到定性正确。

当前的结构图我看不太清楚。如果都是在QM区域里，这样描述还可以，不过如果反应位点附近一圈原子也能用QM描述更好

作者
Author: 柒月小鱼 时间: 2018-9-29 16:18

qianyifuxi 发表于 2018-9-29 11:23
我用的是G09 D.01, 加在里面用
#p opt oniom(m062x/gen empiricaldispersion=gd3:amber=softfirst) nosy ...

是版本的问题，09e才可以

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