计算化学公社

标题: ><看看有木有计算模拟方面学科背景比我还惨的 [打印本页]

作者
Author: zhanfei 时间: 2014-10-26 20:29
标题: ><看看有木有计算模拟方面学科背景比我还惨的
。。。如题额看了个学化工的同学在帖子上的留言，发个帖子看看有木有比我在计算模拟学科背景上更惨的
应用数学出身
姑且热统和量子力学还是旁听了
。。。化学类额计算物理和分子动力学还和化学沾点边><但我是去混学分的（前几天发现结构化学没认真看看是硬伤囧）
现在做实验方法（激发态局域几何结构相关的）（白天0.0 还得天天给老板打杂），但是坑货实验数据很大程度上要依赖计算和模拟协助分析去摸分析方向

作者
Author: sobereva 时间: 2014-10-26 20:32
建议你有空时候把《普通化学原理》看看，这是大一上的第一门化学课，没有这个基础的话研究化学问题可能会遇到不少阻碍。

作者
Author: zhanfei 时间: 2014-10-26 20:39

sobereva 发表于 2014-10-26 20:32
建议你有空时候把《普通化学原理》看看，这是大一上的第一门化学课，没有这个基础的话研究化学问题可能会遇 ...

恩，我再仔细看看。原来看的时候感觉好多是高中知识就没细看囧。结构化学也是感觉好多是重复量子力学东西看得也不细囧。亡羊补牢吧><。

作者
Author: jiewei 时间: 2014-10-26 21:13
在一所纯IT类的学校的统计学专业毕业（数学专业），考研那会学校没有任何和化学，生物，材料的专业。大三在隔壁学校旁听有机化学，并自学大学有机化学，结构化学，无机化学，物理化学。研究生和博士在一个全是实验的研究院，老板只教过我怎么查文献，怎么用高斯view点击那个按钮算出HOMO轨道，只教过我用chem3D初步优化chemdraw画出的分子。期间去某过脸培，也是一个全是实验的组。这么多年下来，自学会了高斯，学会了MS,VASP,PWSCF。学会了波函数分析，学会了第一性原理相关，学会了AFM的实验与操作，学会了紫外/荧光的测试，学会了raman光谱的测试，分析，学会了无机材料的分析。看了NNN多文献，博士论文5章全是自己开发，自己分析数据，自己撰写文章。
我不敢说自己多好，只敢说自己反正学会了很多，知识面宽广，很有自己的主见。以后肯定能独挡一面。
所以，骚年，不怕没有基础，只怕自己不学习。

作者
Author: zhanfei 时间: 2014-10-26 23:02

jiewei 发表于 2014-10-26 21:13
在一所纯IT类的学校的统计学专业毕业（数学专业），考研那会学校没有任何和化学，生物，材料的专业。大三在 ...

赞一个自勉

作者
Author: Shannon 时间: 2014-10-27 00:05
在某个基本纯工科的学校学了4年生物，完全不知道有量化这个东西…
只学过四大化学，最关键的物化还是缩水版的。（物化主要是自学的atkins的物理化学，当时觉得写的实在是太好了）
研究生转学化工，还是和化学不沾边。主要课程是流体力学，和偏微分方程，计算反应器传递现象的，倒是选修了不少计算机系的课，算法原理，编程语言，并行计算什么的。
博士开始用量化，博士第一年学了finite element和量子力学，博二，也就是目前开始啃Hatree-Fock和DFT的基本原理中。
总之，学了一堆东西，全都没用上，但是自觉非常有趣。

作者
Author: zhanfei 时间: 2014-10-27 00:09

Shannon 发表于 2014-10-27 00:05
在某个基本纯工科的学校学了4年生物，完全不知道有量化这个东西…
只学过四大化学，最关键的物化还是缩水 ...

偏微分方程。。。有限元。。。流体力学。。。好高大上的东东。

作者
Author: 吴钩白 时间: 2014-10-27 21:05
本科在一个三流学校学生物工程，还是本校录取分数线最高的专业呢，何止不知道量化，和课程无关的东西一概不知道，课程有关的知道的……也不多。
硕士在本校读的，由于考研考的很一般，本来联系好的老师要了另外一个外校报送过来的同学，我就被抛弃了，不得以去跟了一个做药物合成的老师，全合成，老师人倒是很好。
博士想学点高科技的，跑到某985高校，老板很厉害，开着公司，还是女杰青，实验室设备让全院老师都流口水，方向是……分子生物学，还是玩PKS链，应该有人懂，那次还在群里看到有人问RED/et重组，对啦，我们就做这个。
结果呢，找老板要了两年的一个cosmid，她没给，还跑路了！被学校开了！留下了一大帮学生，硕士还好，混混就毕业了，博士呢，师姐师兄们咬咬牙，趁着实验室还没被瓜分，抓紧做做，自己写写，和老板墨迹墨迹，到今年终于都毕业了，最长的是8年，其中3年没老板。全实验室就剩下我和我现在的老板了，他是和我同年进来的老师，比我大不了几岁，也熟悉，就跟着他做吧，方向是……………………嗯，一时搞不太清楚做的是啥方向，算是药物设计吧，我的主业是做做对接，做做MD，自己又发展了一下大分子对接，最近在搞能量地貌，还弄了2个小数据库，“梦想”是发NAR的Database issue。副业是合成、天然产物提取，去年初还在被其他老师搬光了东西的实验室里做了大半年的合成，简陋到用旋蒸都得爬两层楼，全实验室最高科技的东西除了计算用的服务器就是移液枪了吧。今年开始终于好了些，人也多了，东西也多了。
希望明年能毕业。

作者
Author: njfuzjs 时间: 2014-11-9 09:02
化工本科大二，大一暑假去过南京大学理论与计算化学研究所的培训，知道了gaussian和Tinker软件，大致了解了一点什么是计算化学。物化和结构都看了一点，不过进展很慢。目前跟的老师偏向计算方面，用的主要就是materials studio，也学了一点关于它的使用。感觉自己的数学物理还是不够，想利用本科剩下的几年补补数学物理方法，量子力学和统计力学。希望能够做计算化学软件的研发工作。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2014-11-9 11:09
我所知道的一些二流学校硕士生都是老师不太懂计算，但是就是因为计算的灌水文章太多，老师随便一拍脑袋就让学生来做。学生本身的基础不是很好，老师也不肯出钱做额外的培训。学生本身还要做实验，并且被要求在实验的文章中加入计算，并且毕业论文也要加。这就导致很多完全0基础的人每天都混迹各大论坛问一些很低端的问题，并且这些领域水文也越来越多。有些讲师、学生的根本就没有服务器，有时候还不得不双核PC跑程序。我本科的学校就这样的，甚至认识的一些其他学校的人也有些是这样的。其实问题的重灾区也就是Gaussian和MS，无界面程序对他们来说linux操作还是个负担。

我自己运气比较好，虽然当年是读水处理的，学校根本没人好好搞这个。本科的时候胆子比较大找个外校的老师做了指导，不过大多数还是靠自己看书看文献看Manual，毕业那会儿能把闭壳层HF、TF和KS马马虎虎推导出来。现在我自己还是对强关联体系（无论是固体还是分子）比较有兴趣，目前主要在学习GWA这块儿，毕竟不是科班出身，数理基础还在恶补，也在慢慢学Fortran，以后有时间希望再慢慢啃一下量化的CI和CC的方法。不过也希望能够和大家多讨论，并且能够真正意义上帮助到别人。

作者
Author: zhuhongkunky 时间: 2014-11-9 23:11
本帖最后由 zhuhongkunky 于 2014-11-9 23:12 编辑

普通二本化工本科三年级，学校学的无机有机分析物化都是工科版的，和理科版的内容差好多，学校不开结构化学，数学物理随便讲讲考前突击突击就过了。学校几乎没有老师做这方面的，加上数学物理基础不好，说多了都是泪TOT。。。希望能鼓励到你吧

作者
Author: zhanfei 时间: 2014-11-9 23:19
已经成了励志共勉帖了。恩共勉 fight！><

作者
Author: 我是李宾之 时间: 2014-11-10 22:38
普通学校大二，没有优异的大脑，没有理想的学习氛围（班里没几个愿学习的），但是有很合得来的老师，更有一颗从中学保持到现在的对化学挚爱的心。
因为兴趣而进了老师的实验室，慢慢摸索Materials Studio，现在只用CASTEP。但是丝毫不满足与软件的计算结果，很想探索计算的过程。蹭过物化，结构的课，看过一点点光催化，点群之类的知识。对群论，量化，催化那些神秘的世界充满兴趣。
兴趣，是我现在拥有的最大的财富。
不过深感自己的知识和见识都太少，希望在今后的努力中补足这些。

作者
Author: truemantwo 时间: 2014-11-12 14:36

jiewei 发表于 2014-10-26 21:13
在一所纯IT类的学校的统计学专业毕业（数学专业），考研那会学校没有任何和化学，生物，材料的专业。大三在 ...

jiewei兄，牛人呀！佩服佩服。

作者
Author: truemantwo 时间: 2014-11-12 14:49
俺，工科出身，自学分子动力学，N年下来，走了N多弯路。

我曾经摸索过的软件：

ChemOffice -> Materials Studio -> Materials Explorer -> Insight II -> Discovery Studio -> Lammps ......

我感到最困难的事：开始的时候，没有名师指点，没有同仁交流，感觉进步很慢。

后来，碰到了一位很好的老师，在他的指点之下，恶补了很多书，才算略有心得。

总结：自学成才的难度比有名师指点的难度要大上十倍。当然现在好一些，网络发达，能到网上求助。

作者
Author: truemantwo 时间: 2014-11-12 14:52

卡开发发发表于 2014-11-9 11:09
我所知道的一些二流学校硕士生都是老师不太懂计算，但是就是因为计算的灌水文章太多，老师随便一拍脑袋就让 ...

我就属于老兄所说的类型。大BOSS管抓方向，剩下的计算要我自己做。我一个人单枪匹马，能力实在有限，总有力不从心的感觉。不过现在好了，都熬过来了。

作者
Author: truemantwo 时间: 2014-11-12 14:54

我是李宾之发表于 2014-11-10 22:38
普通学校大二，没有优异的大脑，没有理想的学习氛围（班里没几个愿学习的），但是有很合得来的老师，更有一 ...

建议多看看sobereva的百度空间，会有收获的。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2014-11-12 15:05

truemantwo 发表于 2014-11-12 14:52
我就属于老兄所说的类型。大BOSS管抓方向，剩下的计算要我自己做。我一个人单枪匹马，能力实在有限，总有 ...

我是Gaussian-MS-NWchem-VASP-ELK过来的，虽然当时有老师指点，但是主要也还得靠自己看书啊。不过大四那会儿确实已为Sobereva前辈的空间和帖子让我对这块领域有些更深的认知。

作者
Author: truemantwo 时间: 2014-11-12 16:44

卡开发发发表于 2014-11-12 15:05
我是Gaussian-MS-NWchem-VASP-ELK过来的，虽然当时有老师指点，但是主要也还得靠自己看书啊。不过大四那 ...

嗯。网络交流是个很好的提高平台。

自己看书，如果碰到不懂的地方，最好是找老师问。但如果老师不懂，或者和同学讨论，或者求助于网络。

感谢科音给我们提供了一个相互交流学习的平台。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2014-11-12 16:55

truemantwo 发表于 2014-11-12 16:44
嗯。网络交流是个很好的提高平台。

自己看书，如果碰到不懂的地方，最好是找老师问。但如果老师不懂， ...

这倒是，不过我觉得网上交流一下是不错，大家可以快速相互以长补短。不过也不排除乱来的，小木虫就很多见这样的情况，甚至求助帖也有在灌水的。我自己不确定的我会注明，如果因为我自己搞错了我也不反对别人来反驳我。不过我觉得无论怎样，如果我自己很了解的知识点、手中掌握的有价值的资料无论在哪我还是愿意分享，只是有些问题回答与否看难易程度和自己心情，有时候就算是小白贴我还是愿意引导性地帮助他们一下。当然，在科音这个高档次的平台，我更需要虚心向各位前辈、老师多多学习。

作者
Author: truemantwo 时间: 2014-11-12 16:59

卡开发发发表于 2014-11-12 16:55
这倒是，不过我觉得网上交流一下是不错，大家可以快速相互以长补短。不过也不排除乱来的，小木虫就很多见 ...

老兄真是谦虚，呵呵。

搞不清在小木虫灌啥子水，难道就为了那几个金币？金币可以天天领呀。

科音目前还是一个小众论坛，水军暂时还看不上。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2014-11-12 17:06

truemantwo 发表于 2014-11-12 16:59
老兄真是谦虚，呵呵。

搞不清在小木虫灌啥子水，难道就为了那几个金币？金币可以天天领呀。

不知道有些人可能为了刷存在感？可能现在的学生都比较闲吧。

确实科音现在比较小众，人还比较少。不过人少也许有人少的好处，人太多不知道服务器的负担会不会比较大，现在很少见水贴感觉也不错。尤其是最喜欢现在版面的分配，原来木虫的量化和第一原理板块是没有纯理论、算法的讨论区域，现在有这么个讨论空间实在是喜欢极了。还有就是，在现在科音的bbs上还是能见到那些老面孔，那些老前辈:lol。

作者
Author: truemantwo 时间: 2014-11-12 17:10

卡开发发发表于 2014-11-12 17:06
不知道有些人可能为了刷存在感？可能现在的学生都比较闲吧。

确实科音现在比较小众，人还比较少。不过 ...

闲的时候去小木虫灌灌水，老板看到了还以为是在网上和人进行学术交流呢，嘿嘿。

作者
Author: superrice 时间: 2014-11-12 23:30
我表示我本来是学材料的，后跟着师兄零星学点量子化学，然后自己想办法入门，惨= =

作者
Author: chenxin199261 时间: 2014-11-13 11:51
我也是化工专业的，不过，很庆幸，我们学校化工很弱，抱化学大腿，上课学的基本都是化学。化工专业课我也不怎么听。
幸运的是，我们学校有机化学、和仪器分析老师上课都很认真，实验配套很齐全。我培养了很多化学直觉。
本科做大学生创新实验，做材料理论计算（vasp敲参数），于是走上了不归路。
我保送研究生时候，就义无反顾选择了连考研调剂生都不喜欢的计算化学专业。
说的南京大学暑假学校，很遗憾的，我被录取了，但家里临时出状况，没去上。

作者
Author: 我是李宾之 时间: 2014-11-13 21:54

truemantwo 发表于 2014-11-12 14:54
建议多看看sobereva的百度空间，会有收获的。

嗯。我也是刚刚发现

作者
Author: raitoliu 时间: 2014-11-14 06:56
看完这个贴真是很温暖啊！
没想到还有这么多，面对计算模拟背景同样不好的同学一起努力

不知道楼主说的化工学生是在下否？
想想有点小激动呢

作者
Author: syjohn 时间: 2014-11-19 20:37
我也是非化学背景
但是我感觉入门是这样的，一方面当然基础是最重要的，但是基础的知识可以翻看相关的工具书就可以了
另一方面就是根据自身的研究方向看相应的书籍和学相应的知识，一边摸索一边实践比较好

作者
Author: bingdiaodeleier 时间: 2014-11-19 22:34
加油。借此共勉，

作者
Author: psfan 时间: 2014-11-25 11:01
真心佩服。楼主要是练出来的决定是理论化学界瑰宝。

作者
Author: stevenhust 时间: 2014-11-27 16:24
我是学机械的..本科期间学的都是机械原理,机械设计...直博之后开始做MD，整个实验室没一个人做这个...有比我惨的么...还好现在有文章了，虽然是水文...

作者
Author: amani73986 时间: 2014-11-27 21:55
某纯纯纯工科学校的工科生，专业是热能工程，专业课就是流体力学、传热学、工程热力学、燃烧学这些东西，大学唯一学过的化学课是工科大学化学，讲到了价层电子互斥还有sp2 sp3杂化这里，然后就没有然后了。大三下学期的时候，老板突然觉得实验解释机理太乏力，让我去学学计算，自此开始了计算的旅程，当然周围没人懂一点量化的计算（要不咋说是纯纯纯纯工科）。刚开始根本不懂课题需要用计算化学的哪种手段，所以MD/MC/QM都看了，当时看了陈正隆的《分子模拟的原理和应用》，貌似懂了一点原理，就结合课题需要，照着算例，用MS中的GCMC算了一些吸附的问题。这期间还用过gromacs想去算算气体在某固体表面的流动过程，但是那时候Linux真是把我虐的一愣一愣的，不知道砸了多少次鼠标，当时也没算出来。后来一边在网易上学一个linux的课程掌握一些基本的知识，一边开始用gaussian计算一些化学反应的问题（课题需要），当时真是啥也不懂，什么2070什么的都不知道，直到有一天居然发现还有explore这本书，当时已经是大四下学期做本科毕业论文了，就一边看这本书，一边做这本书的例子，一边疯狂看文献，写综述，做汇报，一边计算课题需要的问题，总算把毕业论文做完了，也算对于gaussian的最基本功能也算知道一些了，常见的错误也知道怎么处理，不常见的也知道到处找找看看了。手上毕业论文可以完善下写篇文章，数据已经有了，争取早点投出去。这学期研一，打算继续用gaussian去计算过渡态，估计又是一段虐心的旅程，不过相信可以克服困难。一直以来对于原理都不太懂，都是看文献，照着做，虽然没有人用计算化学研究过我们同一个问题，但是我这样做根本没有什么创新，只不过体系换了罢了。并且很多时候害怕自己犯原则性错误，这学期打算克完introduction to computional chemistry，量化是看不太懂，看看物化吧，对MC/MD/QM都是基础。扩大阅读量，多读一些其他领域的文献，看群里大家讨论，看看有什么是自己可以用上的，争取让自己以后的工作有些新意，尤其是和做的实验结合，解释实验现象。上个月计算一个收敛很慢的体系，一位好心的师兄给我推荐了ORCA，真是谁用谁知道啊！研究生阶段打算学会ORCA和multiwfn，以便博士的时候用来行走江湖！感谢各种网友的帮助，感谢sob提供的平台让大家交流。最后期待科音早点开培训班、出书，还有我们这样的外行翘首以待；虽说自己帮助自己才是王道，没人可以救另外的人，但是在一个好的氛围，和适当的帮助下，我相信计算化学可以帮助更多的人。啰嗦太多，诸位勿喷......

作者
Author: ElaineShawn 时间: 2014-12-1 23:04
本科化工专业，数学没那么精通。。。化学也半忘记了。。。而且身在国外，导师不给买guassian

作者
Author: patience2014 时间: 2014-12-2 10:02
本身是学化学出身的，但属于二流本科师范类院校，导师不做科研（老师对学生还是不错的）。我那个时候网络还不发达，没有论坛探讨交流，纯粹是井底之蛙，因为没见过世面自我感觉不错，其实也就会操作个高斯程序和输入几个关键词而已，理论一概忽略，不求甚解，白白浪费了大好光阴。后来出国才知自己是个什么水平，受人轻视，到现在还严重的不自信，看到理论、程序和公式还战战兢兢。说起来都是辛酸，彷徨过愤怒过自责过，过去的终究过去了，虽然我知道这些科研的玩意不过是浮云，但平静下来还是继续上路吧。

作者
Author: haoren 时间: 2014-12-17 21:11
不错啊，学习

作者
Author: chenxin199261 时间: 2015-1-21 21:30

ElaineShawn 发表于 2014-12-1 23:04
本科化工专业，数学没那么精通。。。化学也半忘记了。。。而且身在国外，导师不给买guassian

你安个盗版gaussian，算出结果做为初猜给gamess

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)