计算化学公社

标题: gmx clustsize分析结果中的尺寸分布怎么计算的 [打印本页]

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-9-29 13:22
标题: gmx clustsize分析结果中的尺寸分布怎么计算的
如题，这个尺寸分布是怎么计算的，有没有公式可循？可否进行类似不同体系进行对比？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-29 15:55
只要原子间距离小于3.5埃（数值可以用-cut设定），就被认为处于同一个簇中。
可以不同体系间对比

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-9-29 16:04

sobereva 发表于 2018-9-29 15:55
只要原子间距离小于3.5埃（数值可以用-cut设定），就被认为处于同一个簇中。
可以不同体系间对比

谢谢sob老师，可能我没说清楚，我指的是生成的文件中，histo-clust.xvg文件，里面的每个聚集体后面的数字是怎么算的？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-29 21:43

苏玖染发表于 2018-9-29 16:04
谢谢sob老师，可能我没说清楚，我指的是生成的文件中，histo-clust.xvg文件，里面的每个聚集体后面的数字 ...

诸如3后面的数字，就是指模拟过程中含有3个分子的簇的平均数目

作者
Author: 苏玖染 时间: 2018-9-30 09:23

sobereva 发表于 2018-9-29 21:43
诸如3后面的数字，就是指模拟过程中含有3个分子的簇的平均数目

好的，十分感谢sob老师

作者
Author: 苏玖染 时间: 2019-11-7 19:49

sobereva 发表于 2018-9-29 15:55
只要原子间距离小于3.5埃（数值可以用-cut设定），就被认为处于同一个簇中。
可以不同体系间对比

再请问下sob老师，这个cutoff选为3.5埃是怎么定的，或者说这个3.5埃是否是某个有特定物理意义的值。
我刚投了一篇文章，审稿人质疑这个cutoff。

我做的主要是有机小分子在水溶液中的团聚行为

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-11 11:15

苏玖染发表于 2019-11-7 19:49
再请问下sob老师，这个cutoff选为3.5埃是怎么定的，或者说这个3.5埃是否是某个有特定物理意义的值。
我 ...

具体怎么来的开发者才知道
但从碳的Bondi范德华半径为1.7埃来看，这个3.5埃的标准差不多是倆碳的范德华半径和，因此有一定道理

作者
Author: 苏玖染 时间: 2019-11-11 11:50

sobereva 发表于 2019-11-11 11:15
具体怎么来的开发者才知道
但从碳的Bondi范德华半径为1.7埃来看，这个3.5埃的标准差不多是倆碳的范德华 ...

谢谢sob老师，我问了其它老师，他说，这个3.5A是SPC水之间rdf峰的距离，所以具体问题还是看实际情况选择cutoff值。我感觉我这里应该用3.4A好一些

作者
Author: sobereva 时间: 2019-11-11 12:07

苏玖染发表于 2019-11-11 11:50
谢谢sob老师，我问了其它老师，他说，这个3.5A是SPC水之间rdf峰的距离，所以具体问题还是看实际情况选择c ...

这是我用SPC/E跑的，没看出有3.5埃
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如果是指O-O距离，拿这个当判据也意义不大，毕竟不同体系相互作用特征明显不同。

作者
Author: 苏玖染 时间: 2019-11-11 20:58
本帖最后由苏玖染于 2019-11-11 21:02 编辑

sobereva 发表于 2019-11-11 12:07
这是我用SPC/E跑的，没看出有3.5埃

嗯嗯，还是要考虑不同体系不一样吧，我猜测应该是对应于表面算rdf吧，就是在算rdf的时候加上-surf mol，因为毕竟single linkage判断方法是基于分子表面原子的

作者
Author: LuckyLynn 时间: 2020-1-6 17:21

苏玖染发表于 2019-11-11 20:58
嗯嗯，还是要考虑不同体系不一样吧，我猜测应该是对应于表面算rdf吧，就是在算rdf的时候加上-surf mol， ...

请问-cut的值不是径向分布函数的第一个极小值处x轴的坐标值吗？

作者
Author: 苏玖染 时间: 2020-1-7 09:20

LuckyLynn 发表于 2020-1-6 17:21
请问-cut的值不是径向分布函数的第一个极小值处x轴的坐标值吗？

上述只是我的猜测，好像没有定论

作者
Author: LuckyLynn 时间: 2020-1-7 10:45

苏玖染发表于 2020-1-7 09:20
上述只是我的猜测，好像没有定论

我还有问题想请教你，就是-cut的值你最终是怎么确定的？它的最大值是0.35吗？如果要调那个值的话只能往小调吗？

作者
Author: 苏玖染 时间: 2020-1-7 16:28

LuckyLynn 发表于 2020-1-7 10:45
我还有问题想请教你，就是-cut的值你最终是怎么确定的？它的最大值是0.35吗？如果要调那个值的话只能往小 ...

根据你的体系定，你可以用不同的cutoff值都算算看，然后看结果哪个更符合你的体系

作者
Author: LuckyLynn 时间: 2020-1-7 17:05

苏玖染发表于 2020-1-7 16:28
根据你的体系定，你可以用不同的cutoff值都算算看，然后看结果哪个更符合你的体系

好的，谢谢

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-3-3 17:02
您好，请问这个clustsize的命令可以计算簇的一个尺寸吗，比如直径

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