计算化学公社

标题: 溶剂溶解度能否比较？ [打印本页]

作者
Author: 刘士晗 时间: 2018-10-1 20:12
标题: 溶剂溶解度能否比较？
请教大家一个问题，高斯能不能计算某个化合物在溶剂中的溶解度，举个例子，比如苯甲酸在甲醇和乙腈中的溶解度，或者跟这两种溶剂的结合能力比较，能不能用一些软件给出比较呢！！谢谢！！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-1 23:24
没法直接计算溶解度，但溶解度的差异可以通过在两种溶剂中的溶解自由能的不同来体现，而且在两种溶剂间的分配系数可以通过溶解自由能的差异直接得到

作者
Author: xylz6188 时间: 2018-10-2 09:10
Forcite的分子动力学模拟可以计算物质的可混性，通过溶解度参数体现出来

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-10-2 10:16
可以比较不同溶剂中的溶解度。如果要直接算溶解度，选取一种已知的，化学性质比较接近的已知溶剂计算溶剂化自由能变。但注意对“比较强”的溶剂，不加上几个显式溶剂化分子结合可能算不太准（根据计算化学反应自由能变的经验），另外苯甲酸和一般溶质之间还有一定的特殊性，注意苯甲酸的电离、苯甲酸的二聚体等杂七杂八的因素。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-2 12:53
顺带一提，如果真想比较严格地模拟出溶解度，原理上最理想的做法是做分子动力学，比如用GROMACS（远远比forcite快得多还免费），但是体系必须建得很大，否则统计误差会很大。

作者
Author: 刘士晗 时间: 2018-10-13 21:57
谢谢各位老师的解答！！

作者
Author: laplacesuanzi 时间: 2022-11-29 09:44

liyuanhe211 发表于 2018-10-2 10:16
可以比较不同溶剂中的溶解度。如果要直接算溶解度，选取一种已知的，化学性质比较接近的已知溶剂计算溶剂化 ...

请问，加上几个显式溶剂分子以后，该如何计算溶解自由能？谢谢

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-29 15:21

laplacesuanzi 发表于 2022-11-29 02:44
请问，加上几个显式溶剂分子以后，该如何计算溶解自由能？谢谢

参见https://mattermodeling.stackexch ... -molecule/9482#9482
这个讲的不是溶解自由能的计算，但是不难举一反三

作者
Author: laplacesuanzi 时间: 2022-11-30 17:56

wzkchem5 发表于 2022-11-29 15:21
参见https://mattermodeling.stackexchange.com/questions/9480/is-it-possible-to-calculate-the-pka-va ...

老师，我这样理解对吗：（1）首先使用Molclus+gaussian软件寻找溶质分子与溶剂分子的最优团簇构型或几个较优团簇构型；（2）对每个团簇构型，在SMD溶剂模型下结合M052X/6-31G*计算自由能G1，然后在真空环境下结合M052X/6-31G*计算自由能G2，用G1-G2得到溶解自由能；（3）根据每个团簇构型的玻尔兹曼分布比例，对溶解自由能进行加权平均。
谢谢老师，望老师批评指正

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-30 20:03

laplacesuanzi 发表于 2022-11-30 10:56
老师，我这样理解对吗：（1）首先使用Molclus+gaussian软件寻找溶质分子与溶剂分子的最优团簇构型或几个 ...

对，不过注意对自由能做Boltzmann平均的公式和对能量做Boltzmann平均的公式是不同的，因为自由能里面有构象熵的贡献。例如一个体系有两个构象，能量都等于E，自由能都等于G，则Boltzmann平均后的能量是E，但是Boltzmann平均后的自由能是G-RTln2。

作者
Author: laplacesuanzi 时间: 2023-9-22 15:09

wzkchem5 发表于 2022-11-30 20:03
对，不过注意对自由能做Boltzmann平均的公式和对能量做Boltzmann平均的公式是不同的，因为自由能里面有构 ...

老师您好，请问如何在centos上实现Gaussian的并行计算，谢谢老师。

作者
Author: snljty2 时间: 2023-9-22 15:42

laplacesuanzi 发表于 2023-9-22 15:09
老师您好，请问如何在centos上实现Gaussian的并行计算，谢谢老师。

不要在多个贴反复同时提问，而且有的贴还和主题内容没任何关系，几分钟已经看到三个了。看论坛规定计算化学公社新社员必读

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)