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标题: 求助：Gaussian计算Li-S·（自由基）和高分子官能团(-F, -Cl, -Br)的结合能 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2018-10-6 13:27
标题: 求助：Gaussian计算Li-S·（自由基）和高分子官能团(-F, -Cl, -Br)的结合能
老师好，大家好！

一篇文章用VASP PAW/PBE计算Li-S·（自由基）和高分子官能团(-F, -Cl, -Br)的结合能. 结合能顺序为F>Cl>Br （0.62eV>0.46eV>0.42eV）. 官能团-F的电子云不易变形，但是-Cl的更容易变形和Li相互作用，如果我这么说没错的话，这篇计算的结果可能定性不对。那么，计算时要注意什么才能算准呢？需要特别注意基组吗？谢谢老师 @Sobereva

因为我会用Gaussian计算，不用VASP，所以在Gaussian版块发此帖了。
图片引用自博士论文PhD thesis_Zhi Wei Seh_HIGH-ENERGY LITHIUM–SULFUR BATTERIES

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-6 16:28
没什么难算的。优化用M06-2X/TZVP，结合能用M06-2X/def2-TZVP（要更好结果可以用B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVPP或def2-QZVP），结果就已经非常精确了，远比那个人的VASP结果精确得多得多。

作者
Author: yihanxu 时间: 2018-10-7 10:12

sobereva 发表于 2018-10-6 16:28
没什么难算的。优化用M06-2X/TZVP，结合能用M06-2X/def2-TZVP（要更好结果可以用B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVPP ...

老师好，请问M06-2X要加D3吗？def2-TZVP用不用加弥散？我要算的是一个高分子链和一个无机小分子（由两个锂和五个硫组成的）Li2S5的结合能，另外还有一个高分子和一个二价多硫S5(2-)离子的结合能，体系总共有大概100个原子吧。谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-7 16:45

yihanxu 发表于 2018-10-7 10:12
老师好，请问M06-2X要加D3吗？def2-TZVP用不用加弥散？我要算的是一个高分子链和一个无机小分子（由两个 ...

不用加D3，加了没有任何坏处，但对于M06-2X也不会有显著改进。
算键能用不着弥散，这不是弱相互作用。

100个原子，我提到的M06-2X的计算级别完全算得动。但是用Gaussian算这样大小的双杂化泛函的单点很吃力，要用双杂化算的话建议用ORCA，非常轻松。
如果想节省时间，与Li2S比较远的地方的基组可以降低一个档次。

作者
Author: yihanxu 时间: 2018-10-8 12:23

sobereva 发表于 2018-10-7 16:45
不用加D3，加了没有任何坏处，但对于M06-2X也不会有显著改进。
算键能用不着弥散，这不是弱相互作用。
...

老师好，如果算阴离子和高分子的结合能，请问计算阴离子不是要加弥散吗，计算(S5)2-阴离子不用加弥散的吗？

如果我想算的是两个分子：多硫化锂分子和高分子（比如聚偏二氟乙烯），为什么他们的结合能不算弱相互作用的贡献呢？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-8 17:11

yihanxu 发表于 2018-10-8 12:23
老师好，如果算阴离子和高分子的结合能，请问计算阴离子不是要加弥散吗，计算(S5)2-阴离子不用加弥散的吗 ...

加弥散可以，ma-TZVP（def2-TZVP加弥散）就行了，比def2-TZVP计算结果会有改进
当前的相互作用比一般弱相互作用范畴强度要强

作者
Author: yihanxu 时间: 2018-10-10 09:17

sobereva 发表于 2018-10-6 16:28
没什么难算的。优化用M06-2X/TZVP，结合能用M06-2X/def2-TZVP（要更好结果可以用B2PLYP-D3(BJ)/def2-TZVPP ...

谢谢老师的指导。之前还没发帖请教您的时候我自己想能不能用B3LYP-D3/6-311G*优化（多硫阴离子用B3LYP-D3/6-311+G*），然后用B3LYP-D3/may-def2-TZVP 算单点，可以请您点评一下吗？谢谢

作者
Author: yihanxu 时间: 2018-10-10 09:55
本帖最后由 yihanxu 于 2018-10-10 09:57 编辑

sobereva 发表于 2018-10-7 16:45
不用加D3，加了没有任何坏处，但对于M06-2X也不会有显著改进。
算键能用不着弥散，这不是弱相互作用。
...

老师好，

关于官能团-F与多硫化锂中Li离子的相互作用，我不理解为什么“不是弱相互作用”，想向您请教，如果有说错的请您多包涵。

根据定义，不是共价键也不是离子键的相互作用是弱相互作用。-F是在高分子上的基团，与Li+形成的应该不是离子键吧，不知是不是共价键或者配位键，假如二者都不是，则应该是弱相互作用吧，由静电吸引主导。如果不是弱相互作用，那是什么呢？

谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-10 18:40

yihanxu 发表于 2018-10-10 09:17
谢谢老师的指导。之前还没发帖请教您的时候我自己想能不能用B3LYP-D3/6-311G*优化（多硫阴离子用B3LYP-D3 ...

可

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-10 18:41

yihanxu 发表于 2018-10-10 09:55
老师好，

关于官能团-F与多硫化锂中Li离子的相互作用，我不理解为什么“不是弱相互作用”，想向您请教 ...

介于化学键作用和弱相互作用之间，Li带的电荷很正，静电相互作用很大，强度会比一般弱相互作用要强，而且从优化的结构上看Li和卤原子距离已经比较近了

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