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标题: 求助：window关键词怎么不冻结内层轨道并且冻结内层之外的其他占据轨道 [打印本页]

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-5-13 16:49
标题: 求助：window关键词怎么不冻结内层轨道并且冻结内层之外的其他占据轨道
本帖最后由 zhanfei 于 2015-5-13 18:02 编辑

如题求助如何不冻结内层轨道并且冻结内层之外的其他占据轨道。我看关键词和例子window关键词基本是连着选轨道比如6，22或者冻结最低的几个占据轨道和最高的几个虚轨道。但是当选取的轨道不连续时候怎么设置？
listwindow 关键词使用不是很理解这个list的表示，看最后报错第二个list没在beta的冻结上上起作用。闭壳层也报类似错误
#p td(nstates=50,root=1,listwindow) m06/6-311G

title

-1 6
Fe                0.00000000 0.00000000 0.00000000
Cl             -0.00000000 -0.00000000 2.18000000
Cl             -0.00000000 -2.05532371 -0.72666667
Cl             -1.77996255 1.02766186 -0.72666667
Cl                1.77996255 1.02766186 -0.72666667

1 51-60
1 46-60
报错是
Frozen core    alpha orbitals: 1  46  47  48  49  50
Active occupied alpha orbitals: 2 3 4 5 6 7 8 9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20  21
Active occupied alpha orbitals:  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40  41
Active occupied alpha orbitals:  42  43  44  45
Active virtual  alpha orbitals:  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
Active virtual  alpha orbitals:  81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
Active virtual  alpha orbitals: 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120
Active virtual  alpha orbitals: 121 122 123
Frozen virtual  alpha orbitals:  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
Requested  16 alpha frozen-core orbitals but 0 beta.
Inconsistent alpha and beta frozen core input.

如果冻结除了1号轨道之外的所有占据轨道，保留1号轨道和所有虚轨道做tddft。
像orca的OrbWin[0] =1,1,-1,-1 OrbWin[1] = 1,1,-1,-1这样应该怎么处理？
谢谢大家
sincerely

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-13 18:01
可以用ListWindow，可以直接设定要冻结哪些轨道

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-5-13 18:09

sobereva 发表于 2015-5-13 18:01
可以用ListWindow，可以直接设定要冻结哪些轨道

谢谢sob sennsei
listwindow 关键词使用一直报错，看最后报错，设置的第二个list没在beta的冻结上不起作用。闭壳层也报类似错误
#p td(nstates=50,root=1,listwindow) m06/6-311G

title

-1 6
Fe                0.00000000 0.00000000 0.00000000
Cl             -0.00000000 -0.00000000 2.18000000
Cl             -0.00000000 -2.05532371 -0.72666667
Cl             -1.77996255 1.02766186 -0.72666667
Cl                1.77996255 1.02766186 -0.72666667

1 51-60
1 46-60
报错是
Frozen core    alpha orbitals: 1  46  47  48  49  50
Active occupied alpha orbitals: 2 3 4 5 6 7 8 9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20  21
Active occupied alpha orbitals:  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40  41
Active occupied alpha orbitals:  42  43  44  45
Active virtual  alpha orbitals:  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
Active virtual  alpha orbitals:  81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
Active virtual  alpha orbitals: 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120
Active virtual  alpha orbitals: 121 122 123
Frozen virtual  alpha orbitals:  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
Requested  16 alpha frozen-core orbitals but 0 beta.
Inconsistent alpha and beta frozen core input.

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-13 18:41
1 51-60
1 46-60
之间要空行

PS: 6-311G建议改为6-31G*。特别是Cl，没有极化表现不出该有的d轨道

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-5-13 19:25
本帖最后由 zhanfei 于 2015-5-13 19:41 编辑

sobereva 发表于 2015-5-13 18:41
1 51-60
1 46-60
之间要空行

谢谢sennsei的提醒。
修改后报错如下，能正确设置frozen，但是Operation on file out of range.FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -606 Len=       112 IPos=       112 Q= 47112397703976
去掉windowlist运行正常，应该不是硬盘空间不足。末尾有空两次空格。
输入

#p td(nstates=2,root=1,listwindow) m06/6-31G*

title

0 1
Fe                0.00000000 0.00000000 0.00000000
Cl             -0.00000000 -0.00000000 2.18000000
Cl             -0.00000000 -2.05532371 -0.72666667
Cl             -1.77996255 1.02766186 -0.72666667
Cl                1.77996255 1.02766186 -0.72666667

2-50

2-50

完整报错如下：
Frozen core    alpha orbitals: 2 3 4 5 6 7 8 9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20  21
Frozen core    alpha orbitals:  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40  41
Frozen core    alpha orbitals:  42  43  44  45  46  47
Active occupied alpha orbitals: 1
Active virtual  alpha orbitals:  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70
Active virtual  alpha orbitals:  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80  81  82  83  84  85  86  87  88  89  90
Active virtual  alpha orbitals:  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110
Active virtual  alpha orbitals: 111 112
Frozen virtual  alpha orbitals:  48  49  50
Frozen core    beta orbitals: 2 3 4 5 6 7 8 9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20  21
Frozen core    beta orbitals:  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40  41
Frozen core    beta orbitals:  42  43  44  45  46  47
Active occupied beta orbitals: 1
Active virtual  beta orbitals:  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70
Active virtual  beta orbitals:  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80  81  82  83  84  85  86  87  88  89  90
Active virtual  beta orbitals:  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110
Active virtual  beta orbitals: 111 112
Frozen virtual  beta orbitals:  48  49  50
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -606 Len=       112 IPos=       112 Q= 47112397703976

dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 63 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    1183232 FType=2 FMxFil=10000

Number          0       0       0       0       501       502       503       507
Base       415232    407552    480768    933376    43520    72192    180224    180736
End       420864    408064    912896 1183232    44520    76465    180270    180810
End1       420864    408064    912896 1183232    44544    76800    180736    181248
Wr Pntr    415232    407552    480768    933376    43520    72192    180224    180736
Rd Pntr    415232    407552    480768    933376    44520    72192    180224    180736
Length       5632       512    432128    249856    1000    4273       46       74

Number       508       514       515       516       517       518       520       521
Base       196608    245760    220160    200704    406016    386560    199168    190464
End       196638    252088    245472    219688    406576    405544    199178    190499
End1       197120    252416    245760    220160    407040    406016    199680    190976
Wr Pntr    196608    245760    220160    200704    406016    386560    199168    190464
Rd Pntr    196608    245760    220160    200704    406016    386560    199168    190464
Length       30    6328    25312    18984       560    18984       10       35

Number       522       523       524       526       528       530       532       534
Base       414720    407040    421376    448000    434176    408064    441344    460800
End       414944    407264    433920    460544    440504    414392    447672    467128
End1       415232    407552    434176    460800    440832    414720    448000    467456
Wr Pntr    414832    407040    433920    448000    434176    408064    441344    460800
Rd Pntr    414944    407040    433920    460544    434176    408064    441344    460800
Length       224       224    12544    12544    6328    6328    6328    6328

Number       536       538       551       552       559       562       563       565
Base       467456    474112    189440    188416    193024    181760    440832    195584
End       473784    480440    189478    188446    193026    187978    440944    196256
End1       474112    480768    189952    188928    193536    188416    441344    196608
Wr Pntr    467456    474112    189440    188416    193024    181760    440832    195584
Rd Pntr    467456    474112    189478    188416    193024    187978    440832    195584
Length       6328    6328       38       30       2    6218       112       672

Number       571       572       577       579       580       581       582       583
Base       926720    310272    194560    188928    192000    195072    194048    193536
End       933048    386208    194612    188948    192908    195584    194384    193542
End1       933376    386560    195072    189440    193024    195584    194560    194048
Wr Pntr    926720    310272    194560    188928    192000    195072    194048    193536
Rd Pntr    926720    310272    194560    188928    192000    195072    194048    193536
Length       6328    75936       52       20       908       512       336       6

Number       584       598       603       605       606       619       634       670
Base       197120    76800    199680    200192    420864    197632    912896    190976
End       197150    76802    199681    200193    420976    198405    926379    191675
End1       197632    77312    200192    200704    421376    198656    926720    192000
Wr Pntr    197120    76800    199680    200192    420976    197632    912896    190976
Rd Pntr    197120    76800    199680    200192    420864    197632    912896    191675
Length       30       2       1       1       112       773    13483       699

Number       674       685       695       698       742       989       991       992
Base       181248    252416    198656    189952    265216    44544    65536    65024
End       181325    264960    198839    189982    310011    64544    72098    65033
End1       181760    265216    199168    190464    310272    65024    72192    65536
Wr Pntr    181248    252416    198656    189952    265216    44544    65536    65024
Rd Pntr    181248    252416    198656    189952    265216    44544    72098    65033
Length       77    12544       183       30    44795    20000    6562       9

Number       993       994       995       996       997       998       999
Base       43008    40448    42496    41472    41984    40960    77312
End       43208    40478    42516    41672    42148    41160    179816
End1       43520    40960    43008    41984    42496    41472    180224
Wr Pntr    43008    40448    42496    41472    41984    40960    77312
Rd Pntr    43208    40478    42516    41672    42140    41160    79816
Length       200       30       20       200       164       200    102504

dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles = 37 SizExt =       0 WInBlk =    512
               defal = F LstWrd =    248832 FType=2 FMxFil=10000

Number          0       501       502       503       507       508       520       521
Base       248588    104501    105501    248217    110473    40448    137342    137422
End       248832    105501    109774    248263    110547    40478    137352    137457
End1       248832    105501    109774    248263    110547    40478    137352    137457
Wr Pntr    248588    104501    105501    248217    110473    40448    137342    137422
Rd Pntr    248588    104501    105501    248217    110473    40448    137342    137422
Length       244    1000    4273       46       74       30       10       35

Number       522       524       526       536       538       545       548       551
Base       40678    137485    150029    54385    60713    137457    162573    137382
End       40902    150029    162573    60713    67041    137485    171869    137420
End1       40902    150029    162573    60713    67041    137485    171869    137420
Wr Pntr    40678    137485    150029    54385    60713    137457    162573    137382
Rd Pntr    40678    137485    150029    54385    60713    137457    162573    137382
Length       224    12544    12544    6328    6328       28    9296       38

Number       552       562       569       584       603       605       607       619
Base       137352    131124    137420    110547    172648    172642    248339    171869
End       137382    137342    137422    110577    185305    172648    248422    172642
End1       137382    137342    137422    110577    185305    172648    248422    172642
Wr Pntr    137352    131124    137420    110547    172648    172642    248339    171869
Rd Pntr    137352    131124    137420    110547    172648    172642    248339    171869
Length       30    6218       2       30    12657       6       83       773

Number       633       634       635       670       674       694       695       698
Base       185305    40902    67041    109774    248140    248422    110577    248263
End       248140    54385    104501    110473    248217    248588    110760    248293
End1       248140    54385    104501    110473    248217    248588    110760    248293
Wr Pntr    185305    40902    67041    109774    248140    248422    110577    248263
Rd Pntr    185305    40902    67041    109774    248140    248422    110577    248263
Length    62835    13483    37460       699       77       166       183       30

Number       770       989       993       997       998
Base       248293    110760    130760    130960    40478
End       248339    130760    130960    131124    40678
End1       248339    130760    130960    131124    40678
Wr Pntr    248293    110760    130760    130960    40478
Rd Pntr    248293    110760    130760    130960    40478
Length       46    20000       200       164       200

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =    1 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    65536 FType=2 FMxFil=10000

Number          0
Base       40448
End       65536
End1       65536
Wr Pntr    40448
Rd Pntr    40448
Length    25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-13 19:29
尝试各种方式设定window，肯定能找出原因

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-5-14 01:11

sobereva 发表于 2015-5-13 19:29
尝试各种方式设定window，肯定能找出原因

谢谢sob sennsei。
最后发现，上面的报错好像就是A版本的bug，C和D就可以正常计算，不过我将比如2-HOMO都冻结了，还是显示第一个跃迁是HOMO的跃迁，但是能量看起来是内层跃迁的能量。改变了很多次windowlist也没看出来标号错误的规律，可能是g09不专注这个方面吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-14 03:26
激发能输出之后还会输出轨道能。当TDDFT用了listwindow时，轨道能就不再由低往高排，而是把那些活性的占据轨道挪到占据部分的最高部分，把活性的虚轨道挪到虚轨道的最低部分。所以通过TDDFT+listwindow输出的轨道能与基态输出的轨道能进行对比，就可以判断出用了listwindow后的轨道序号和实际轨道序号的对应关系，然后把TDDFT的轨道跃迁转换为实际序号即可。

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-5-14 14:56

sobereva 发表于 2015-5-14 03:26
激发能输出之后还会输出轨道能。当TDDFT用了listwindow时，轨道能就不再由低往高拍，而是把那些活性的占据 ...

十分感谢sob sennsei。
另外自我反省下，。。。我居然去找号码变化规律忘了去看轨道能量。

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-5-14 22:00
本帖最后由 zhanfei 于 2015-5-14 22:10 编辑

sobereva 发表于 2015-5-14 03:26
激发能输出之后还会输出轨道能。当TDDFT用了listwindow时，轨道能就不再由低往高排，而是把那些活性的占据 ...

sob 老师
guassian在开壳层情况下
冻结的轨道还是会在之后的跃迁中出现是什么原因？
比如一个多重度6的原子
alpha占据是1-50 beta占据是1-45
windowlist设置为alpha2-50  beta设置2-45再加上最后5个虚轨道，gaussian显示的冻结也正确但是激发出现从alpha的49 47 48这些已经被冻结的跃迁。而且beta设置windowlist也为2-50时候出现的前两个跃迁相同。
Frozen core    alpha orbitals: 2 3 4 5 6 7 8 9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20  21
Frozen core    alpha orbitals:  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40  41
Frozen core    alpha orbitals:  42  43  44  45  46  47  48  49  50
Active occupied alpha orbitals: 1
Active virtual  alpha orbitals:  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60  61  62  63  64  65  66  67  68  69  70
Active virtual  alpha orbitals:  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80  81  82  83  84  85  86  87  88  89  90
Active virtual  alpha orbitals:  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110
Active virtual  alpha orbitals: 111 112
Frozen core    beta orbitals: 2 3 4 5 6 7 8 9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20  21
Frozen core    beta orbitals:  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40  41
Frozen core    beta orbitals:  42  43  44  45
Active occupied beta orbitals: 1
Active virtual  beta orbitals:  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60  61  62  63  64  65
Active virtual  beta orbitals:  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80  81  82  83  84  85
Active virtual  beta orbitals:  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100 101 102 103 104 105
Active virtual  beta orbitals: 106 107
Frozen virtual  beta orbitals: 108 109 110 111 112出现49a 47a 48a的激发
Excited State 1:  6.002-?Sym 7.6986 eV  161.05 nm  f=0.0903  <S**2>=8.756
   49A -> 51A       0.99920
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -3104.29676368
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited state symmetry could not be determined.
Excited State 2:  6.133-?Sym 7.6987 eV  161.05 nm  f=0.0932  <S**2>=9.155
   47A -> 51A    -0.63138
   48A -> 51A       0.77468

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-15 00:00
输入文件我看看

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-5-15 00:05

sobereva 发表于 2015-5-15 00:00
输入文件我看看

%chk=H:\1cluster_result\try\xas.chk
#p m06L/6-31G* nosymm density td(nstates=2,root=1,windowlist)

title

-1 6
Fe                0.00000000 0.00000000 0.00000000
Cl             -0.00000000 -0.00000000 2.18000000
Cl             -0.00000000 -2.05532371 -0.72666667
Cl             -1.77996255 1.02766186 -0.72666667
Cl                1.77996255 1.02766186 -0.72666667

2-50

2-45 108-112
谢谢 sob 老师

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-15 00:19
应该说是高斯程序的问题

作者
Author: zhanfei 时间: 2015-5-15 00:23

sobereva 发表于 2015-5-15 00:19
应该说是高斯程序的问题

恩，大概这么用的不多。
谢谢 sob sennsei。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)