计算化学公社

标题: 溶剂中算的吸附能比气相中的更负是怎么回事？ [打印本页]

作者
Author: zml2009 时间: 2018-10-10 10:51
标题: 溶剂中算的吸附能比气相中的更负是怎么回事？
大家好！我在计算吸附能时考虑了溶剂效应，计算结果显示溶剂中的吸附能比气相中的更负，而且随着溶剂界电常数增大，吸附能更负，请问这是怎么回事，应该从哪些方面解释，请高手指点，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-10 18:50
需要交代具体细节，什么溶剂模型，什么体系，带和不带溶剂模型结果分别是多少等

溶剂会屏蔽静电相互作用，通常在溶剂下吸附能会减小

作者
Author: zml2009 时间: 2018-10-11 13:03
Sob老师，您好！我计算的吸附模型输入文件如下附件，柚皮素nar吸附白藜芦醇res，采用PCM溶剂化模型，气相中吸附能为-10.717kcal/mol，丙酮中为-10.957kcal/mol，乙醇中为-10.987kcal/mol，乙腈中为-11.029kcal/mol，溶剂中的吸附能大于气相中，且随溶剂介电常数的增大，吸附能增大，这些与一般的规律相反，请问这个该如何解释？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-11 22:37

zml2009 发表于 2018-10-11 13:03
Sob老师，您好！我计算的吸附模型输入文件如下附件，柚皮素nar吸附白藜芦醇res，采用PCM溶剂化模型，气相中 ...

应当用SMD溶剂模型，你这个体系堆积特征很明显，溶剂的非极性部分可能产生很大影响

=noraman、=noeigen、test都是多余的
当前基组对于计算弱相互作用明显太小，最最最起码也得6-31+G*起步，你这种大小体系用6-311+G**结合counterpoise完全算得动，此时相互作用能才算达到基本定量准确的程度

先把这些问题都解决再考虑溶剂效应的事

作者
Author: zml2009 时间: 2018-10-12 10:34
好的，谢谢sob老师，我之前是用6-31g*优化，6-311++g**计算单点能的，我现在按您说的溶剂模型、方法算一下！谢谢指导！

作者
Author: zml2009 时间: 2019-7-31 12:02
sob老师，您好！之前的问题已解决，后来计算溶剂中的吸附能时，考虑了不同溶剂的影响，吸附能大小并不是按照随介电常数增大而减小，没有一定的规律性，请问这个该从哪方面解释？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-31 22:44

zml2009 发表于 2019-7-31 12:02
sob老师，您好！之前的问题已解决，后来计算溶剂中的吸附能时，考虑了不同溶剂的影响，吸附能大小并不是按 ...

那你只能把吸附能里面涉及的每个因素都拆开来，至少一个或多个因素应当与介电常数有相关性

作者
Author: zml2009 时间: 2019-8-1 19:05
谢谢sob老师！我比较了一下，吸附体系和单个个体能量都是随介电常数增大而减小，但是吸附能与介电常数就没有相关性。另外，我用气相优化的结构直接在溶剂中计算单点能而没有优化，得出的吸附能和介电常数之间有明显的相关性，请问这种情况该如何解决，可以直接用气相结构在溶剂中算单点能进行计算吗？(之前溶剂环境中结构优化比较困难，用了一些促进收敛的方法，是不是这些会影响？)

作者
Author: bobosiji 时间: 2019-8-1 19:51

sobereva 发表于 2018-10-11 22:37
应当用SMD溶剂模型，你这个体系堆积特征很明显，溶剂的非极性部分可能产生很大影响

=noraman、=noeige ...

“应当用SMD溶剂模型”：是因为SMD是gaussian里现有溶剂模型里最好的（以前您有篇文章这么说来着），而PCM现在使用已经不多了？

作者
Author: zml2009 时间: 2019-8-1 20:15
用SMD计算出来的吸附能和PCM同样没有一定的规律性

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-1 23:14

bobosiji 发表于 2019-8-1 19:51
“应当用SMD溶剂模型”：是因为SMD是gaussian里现有溶剂模型里最好的（以前您有篇文章这么说来着），而PC ...

看具体问题
如果感兴趣的不是体系能量，用SMD还是默认的IEFPCM ver.2结果通常都差不多，因为此时非极性部分的影响不显著，而用SMD做opt个别时候可能碰上难收敛。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-1 23:15

zml2009 发表于 2019-8-1 19:05
谢谢sob老师！我比较了一下，吸附体系和单个个体能量都是随介电常数增大而减小，但是吸附能与介电常数就没 ...

这就是说明溶剂效应对各个部分都有影响，而且和eps的数值存在相关性，但合到一起后，各个因素相互抵消，导致结果缺乏规律性，这没什么不合理的地方。

如果你的体系在气相下和溶剂下优化结果本来就差不多（需要进行测试来体现），用气相结构完全可以。

作者
Author: zml2009 时间: 2019-8-1 23:48
好的，谢谢sob老师，谢谢bobosiji！

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