计算化学公社

标题: VMD计算氢键没有数据 [打印本页]

作者
Author: 星星也想看到你 时间: 2018-10-11 10:30
标题: VMD计算氢键没有数据
用VMD的氢键插件计算氢键，已经更改了drawing mathod为hbonds 并能显示氢键如图：

但是计算的时候参数也设置好了
如图：

但是结果一片空白

命令;Parameters used in the calculation of hydrogen bonds:
- Atomselection 1: name ATOM
- Update selections every frame: yes
- Initial frame: 0
- Frame step: 1
- Final frame: 0
- Donor-Acceptor distance: 3.5
- Angle cutoff: 40
- Type: unique
- Write a file with H bond/frame data: yes
- Filename: hbonds.dat
- Details output file: hbonds-details.dat

Printing frame/hbond data to file... Done.
Warning) multiplot: Data vector empty, ignoring plot!

最后一行有个警告，反复尝试还是这样，希望各位老师帮忙解答，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-11 22:26
如果输出文件内容正常，就是绘图功能的bug，自行基于输出的hbonds.dat绘图即可

作者
Author: 星星也想看到你 时间: 2018-10-12 15:46
本帖最后由星星也想看到你于 2018-10-12 15:55 编辑

好的，出来的结果名称里的Side能否换成selection中的参数呢？例如我这个O2和O6呢
因为用side不能区别是哪一种氢键。
谢谢老师解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-13 00:36

星星也想看到你发表于 2018-10-12 15:46
好的，出来的结果名称里的Side能否换成selection中的参数呢？例如我这个O2和O6呢
因为用side不能区别是哪 ...

换不了

作者
Author: 星星也想看到你 时间: 2018-10-13 10:49

sobereva 发表于 2018-10-13 00:36
换不了

好的，谢谢老师

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-24 16:09

星星也想看到你发表于 2018-10-13 10:49
好的，谢谢老师

请问你那个selection中的 O2和O6具体表示什么，怎么选择

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-26 04:51

星空DMU 发表于 2019-10-24 16:09
请问你那个selection中的 O2和O6具体表示什么，怎么选择

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-27 10:55

sobereva 发表于 2019-10-26 04:51
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

sob社长，您好，我是用MS 8.0计算的剪切模拟，中间是含有聚合物的水溶液，想计算轨迹文件中水溶液中氢键数量变化规律。我先导出xyz坐标文件，然后用VMD打开计算氢键，参数如图所示，但是不能输出图像，总是报错，去掉plot那项，输出数据为0，请问这是什么原因啊。

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-27 10:56

星空DMU 发表于 2019-10-27 10:55
sob社长，您好，我是用MS 8.0计算的剪切模拟，中间是含有聚合物的水溶液，想计算轨迹文件中水溶液中氢键 ...

VMD

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-28 01:43

星空DMU 发表于 2019-10-27 10:56
VMD

你先在graphics - representation界面里测试你的写法到底能不能选中原子
M$导出的xyz文件里可能由于原子名特殊的原因，导致VMD没法识别相应原子的元素。此时需要根据原子名选择

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-28 08:20

sobereva 发表于 2019-10-28 01:43
你先在graphics - representation界面里测试你的写法到底能不能选中原子
M$导出的xyz文件里可能由于原子 ...

谢谢sob老师

作者
Author: yee 时间: 2023-7-20 15:38

sobereva 发表于 2019-10-26 04:51
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

请问这个输出文件中的occupancy占有率怎么理解？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-20 19:29

yee 发表于 2023-7-20 15:38
请问这个输出文件中的occupancy占有率怎么理解？

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