计算化学公社

标题: 如何用vmd对动态的氢键进行分析计算？ [打印本页]

作者
Author: 星星也想看到你 时间: 2018-10-13 17:54
标题: 如何用vmd对动态的氢键进行分析计算？
能否用vmd中的hydrogen bonds氢键插件计算一个动态模拟过程中氢键的变化呢？例如能否计算用gromacs模拟纤维素溶解过程中氢键的变化呢？
希望老师和同学们帮忙解答，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-14 00:31
VMD的氢键插件可以考察选定的两个组之间氢键数目随时间的变化，gmx自带的hbond工具也同样可以分析

作者
Author: 星星也想看到你 时间: 2018-10-14 15:55
好的老师，我现在可以用hbonds计算出某个状态的氢键数目，但是不会计算一个模拟过程的。我查文献说是需要加载轨迹文件，想问一下什么是轨迹文件？
谢谢老师解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-15 00:33

星星也想看到你发表于 2018-10-14 15:55
好的老师，我现在可以用hbonds计算出某个状态的氢键数目，但是不会计算一个模拟过程的。我查文献说是需要加 ...

你跑出来的xtc或trr

作者
Author: 星星也想看到你 时间: 2018-10-15 09:32
好的，谢谢老师！

作者
Author: 星空DMU 时间: 2019-10-24 16:07

星星也想看到你发表于 2018-10-15 09:32
好的，谢谢老师！

请问你现在会用VMD计算一个轨迹文件的氢键数量吗

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-26 04:50

星空DMU 发表于 2019-10-24 16:07
请问你现在会用VMD计算一个轨迹文件的氢键数量吗

怎么计算，前面回帖里都已经写明了。如果有不懂的，把具体问题交代清楚

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-8 16:10

sobereva 发表于 2018-10-14 00:31
VMD的氢键插件可以考察选定的两个组之间氢键数目随时间的变化，gmx自带的hbond工具也同样可以分析

老师，我看gromacs中将nh作为nh oh基团作为供体，o作为受体，n默认为受体，那如果我想计算纤维素中葡萄糖单元中oh羟基基团和cl离子或者原子之间的氢键呢？还能够用gromacs吗

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-9 04:13

努力向上的boy 发表于 2020-8-8 16:10
老师，我看gromacs中将nh作为nh oh基团作为供体，o作为受体，n默认为受体，那如果我想计算纤维素中葡萄糖 ...

没法用gmx hbond，除非自己改源码

作者
Author: 努力向上的boy 时间: 2020-8-9 09:34

sobereva 发表于 2020-8-9 04:13
没法用gmx hbond，除非自己改源码

除此之外还有别的方法计算氢键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-10 05:55

努力向上的boy 发表于 2020-8-9 09:34
除此之外还有别的方法计算氢键吗？

vmd

作者
Author: Derz 时间: 2022-1-25 11:20
本帖最后由 Derz 于 2022-1-25 11:22 编辑

sobereva 发表于 2018-10-14 00:31
VMD的氢键插件可以考察选定的两个组之间氢键数目随时间的变化，gmx自带的hbond工具也同样可以分析

VMD中计算氢键的插件里两个组应该怎样设置呢？老师 selection1和selection2

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-26 01:28

Derz 发表于 2022-1-25 11:20
VMD中计算氢键的插件里两个组应该怎样设置呢？老师 selection1和selection2

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

两个selection都填代表分析两个部分之间的氢键，只填一个就是分析这个部分里面的氢键

作者
Author: Derz 时间: 2022-1-26 14:59

sobereva 发表于 2022-1-26 01:28
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

谢谢！

作者
Author: mwx 时间: 2022-5-25 19:39

努力向上的boy 发表于 2020-8-8 16:10
老师，我看gromacs中将nh作为nh oh基团作为供体，o作为受体，n默认为受体，那如果我想计算纤维素中葡萄糖 ...

如何分析GMX不支持的原子间的氢键, 如涉及卤素原子的氢键. 这可以通过修改拓扑文件, 将卤素原子改为O或N, 骗过GMX来达到目的. 因为GMX不会检查实际原子是什么元素, 只看其名称. 修改了原子名称GMX就会以为原子真的变了, 即便名不符实. 但注意不要把拓扑搞混了, 这种修改过的拓扑只能用来计算氢键, 不要用它来做其他计算.

作者
Author: UTM 时间: 2023-7-24 13:26

mwx 发表于 2022-5-25 19:39
如何分析GMX不支持的原子间的氢键, 如涉及卤素原子的氢键. 这可以通过修改拓扑文件, 将卤素原子改为O或N, ...

亲测有效

作者
Author: 黄鹤昔人 时间: 2024-5-21 21:13
请问sob老师，该插件还可以统计氢键键长和键角的动态变化吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)