计算化学公社

标题: 审稿意见求助 [打印本页]

作者
Author: chiweijie 时间: 2018-10-14 15:51
标题: 审稿意见求助
各位老师好，最近一文章的审稿意见不是清楚，请教各位。意见如下：

‘How does the stability of the ‘所研究的物质’? In the real material, the geometry of compounds will change due to thermal fluctuations. Thus I expect the authors should calculate the changes in the parameters from MD simulations of the material or in some other way in order to give a realistic range of variation of the parameters.’

不知道哪个动力学可以解决审稿人所提出的问题，以及在做动力学的时候如何选择温度区间。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-10-14 16:27
现在的文章用什么方法、干了什么事情、得出什么结论？研究对象要保密也至少给出一个接近的模型或至少说明其类别。

作者
Author: granvia 时间: 2018-10-14 17:23
本帖最后由 granvia 于 2018-10-14 17:32 编辑

说白了就是审稿人要你用MD模拟研究你设计的物质在高温下的稳定性，并且给出你所标准的那些参数在热形变后的浮动范围。具体方法级别取决于你体系大小，类型和模拟时间吧。如果想可靠点，可以用BOMD，想快点儿可以用ADMP或CPMD。再粗糙点可以用DFTB，最不在乎精度就干脆用力场跑经典MD

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-15 00:04
比较简单快速的做法是用xtb程序基于GFN-xTB理论跑BOMD，耗时挺低的，精度也不错，跑出来的.xyz轨迹可以直接导入VMD，在里面直接就可以计算RMSD曲线和RMSF，前者体现结构相对于初始结构随模拟时间的差异程度，后者体现模拟过程中结构的平均波动程度。

作者
Author: chiweijie 时间: 2018-10-15 08:12

sobereva 发表于 2018-10-15 00:04
比较简单快速的做法是用xtb程序基于GFN-xTB理论跑BOMD，耗时挺低的，精度也不错，跑出来的.xyz轨迹可以直接 ...

好的，多谢社长指点。

作者
Author: chiweijie 时间: 2018-10-15 08:13

granvia 发表于 2018-10-14 17:23
说白了就是审稿人要你用MD模拟研究你设计的物质在高温下的稳定性，并且给出你所标准的那些参数在热形变后的 ...

多谢回复

作者
Author: chiweijie 时间: 2018-10-15 08:13

liyuanhe211 发表于 2018-10-14 16:27
现在的文章用什么方法、干了什么事情、得出什么结论？研究对象要保密也至少给出一个接近的模型或至少说明其 ...

多谢回复

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