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标题: 怎样分析得到如下的图形结果 [打印本页]

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-10-14 22:22
标题: 怎样分析得到如下的图形结果
看文献中，利用第一性原理MD计算，分析得到了该图。

想请教老师，我用dmol3模块计算了population analysis ，那么接下来该用什么方法得到类似文献中的图呢？
谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-14 23:58
我不用Dmol3，那程序功极弱、极不灵活
如果用Gaussian跑AIMD，自己修改IOp，就可以实现每一帧都输出一次布居分析结果。或者自己写脚本对跑出来的每个结构批量做单点计算得到布居分析结果

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-10-15 07:22
DMol3本身怕是没辙了，非要这么做恐怕得ASE调用DMol3做，其中到底要不要修改ASE对DMol3的接口代码我也不太好说。

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-10-15 08:57

sobereva 发表于 2018-10-14 23:58
我不用Dmol3，那程序功极弱、极不灵活
如果用Gaussian跑AIMD，自己修改IOp，就可以实现每一帧都输出一次布 ...

感谢老师的解答！
老师，那如果换做用Gaussian跑AIMD，那现在Dmol3计算的结果是不是就用不上了，还得用Gausian重新做？

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-10-15 08:59

卡开发发发表于 2018-10-15 07:22
DMol3本身怕是没辙了，非要这么做恐怕得ASE调用DMol3做，其中到底要不要修改ASE对DMol3的接口代码我也不太 ...

谢谢您！
我就困在了怎样分析这个输出结果。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-15 09:22

CocuLiu 发表于 2018-10-15 08:57
感谢老师的解答！
老师，那如果换做用Gaussian跑AIMD，那现在Dmol3计算的结果是不是就用不上了，还得用G ...

是

用Dmol3真没前途

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-10-15 09:36

sobereva 发表于 2018-10-15 09:22
是

用Dmol3真没前途

再次感谢老师为我指定方向。
老师，我的体系只有两个分子、一个al团簇（三种物质，43个原子），如果用Gaussian做AIMD 估计得过久呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-15 09:38

CocuLiu 发表于 2018-10-15 09:36
再次感谢老师为我指定方向。
老师，我的体系只有两个分子、一个al团簇（三种物质，43个原子），如果用Ga ...

看计算级别，并不好估计。Dmol3能算得动的情况Gaussian一定能算得动

如果你不想重算的话，那就手动每隔几帧提取一次结构，总共提出来几十个结构，用dmol3依次算单点来得到布居分析结果

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-10-15 10:40

sobereva 发表于 2018-10-15 09:38
看计算级别，并不好估计。Dmol3能算得动的情况Gaussian一定能算得动

如果你不想重算的话，那就手动每 ...

好的，老师。谢谢您！

作者
Author: CocuLiu 时间: 2018-11-30 12:03

sobereva 发表于 2018-10-14 23:58
我不用Dmol3，那程序功极弱、极不灵活
如果用Gaussian跑AIMD，自己修改IOp，就可以实现每一帧都输出一次布 ...

老师，如果用CASTEP，可以实现吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-30 12:08

CocuLiu 发表于 2018-11-30 12:03
老师，如果用CASTEP，可以实现吗？

我用的少。应该也没有现成的干这个的功能，都得额外手动鼓捣

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