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标题: gromacs计算面径向分布函数 [打印本页]

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-10-15 11:33
标题: gromacs计算面径向分布函数
请问大家一个计算两片石墨rdf的问题 (, 下载次数 Times of downloads: 45)
请问上图的sRDF怎么做出来的？（文献 DOI: 10.1039/c7cp01277b）
gmx_mpi rdf -f npt.xtc -s npt.tpr -n index.ndx -o rdf.xvg -ref 'A' -sel 'B' (这是我的代码，计算出来的结果不对)
(, 下载次数 Times of downloads: 45)
我计算出来，是这样

拜托拜托！

作者
Author: shaofeng 时间: 2018-10-15 16:04
用 gmx density

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-10-15 16:08

shaofeng 发表于 2018-10-15 16:04
用 gmx density

您好，上图是rdf图，不是密度分布图。

作者
Author: beyond 时间: 2018-10-16 00:12
把bin size设置大一些试试， -bin

另外还跟你的group A 与 B 有关

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-16 01:18
我暂时没时间看那篇文献也不清楚模拟的具体结构，如果你是考察一种物质的密度与石墨的垂直距离的变化，用gmx density比用rdf方式展现强得多。rdf并不适合展现当前情况

作者
Author: shaofeng 时间: 2018-10-17 11:32
不像是rdf图

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-10-18 08:53

sobereva 发表于 2018-10-16 01:18
我暂时没时间看那篇文献也不清楚模拟的具体结构，如果你是考察一种物质的密度与石墨的垂直距离的变化，用gm ...

感谢sob老师的回答。这是两片石墨烯的srdf图（graphene1相对于graphene2，两个平面在Z轴投影几乎重合），我问了论文作者，是他自己编的程序计算的。我自己也去试试编程吧。

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