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标题: 关于力场文件相互转换的问题咨询 [打印本页]

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-10-17 13:44
标题: 关于力场文件相互转换的问题咨询
背景：想把用于gromacs模拟的itp类型力场文件，转化为高斯读取的amber.prm文件。itp中是这样子：
[ atomtypes ]
;name bond_type    mass    charge ptype sigma       epsilon    Amb
ca    ca       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
cp    cp       0.00000  0.00000 A    3.39967e-01 3.59824e-01 ; 1.91  0.0860
ha    ha       0.00000  0.00000 A    2.59964e-01 6.27600e-02 ; 1.46  0.0150
nc    nc       0.00000  0.00000 A    3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82  0.1700
ss    ss       0.00000  0.00000 A    3.56359e-01 1.04600e+00 ; 2.00  0.2500
nh    nh       0.00000  0.00000 A    3.25000e-01 7.11280e-01 ; 1.82  0.1700

[ moleculetype ]
;name          nrexcl

在prm中这样子
! Non-bonded interaction
!
NonBon 3 1 0 0 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 -1.000
!
! Stretches
!
HrmStr1 OW HW  553.0  0.9572
HrmStr1 HW HW  553.0  1.5136
HrmStr1 C  CA  469.0  1.409
HrmStr1 C  CB  447.0  1.419
HrmStr1 C  CM  410.0  1.444
HrmStr1 C  CT  317.0  1.522

相应的文件如附件所示。

如何实现两种文件的转化呢？谢谢指点

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-17 15:49
看gmx手册搞清楚[ bonds ]（及其它成键有关的项）字段的格式、单位、力场形式，也看Gaussian手册搞清楚HrmStr1（及其它成键有关的项）部分的格式、单位、力场形式，然后对应地去转换

作者
Author: 小范范1989 时间: 2018-10-18 15:43

sobereva 发表于 2018-10-17 15:49
看gmx手册搞清楚[ bonds ]（及其它成键有关的项）字段的格式、单位、力场形式，也看Gaussian手册搞清楚HrmS ...

谢谢sob老师指点。

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