计算化学公社

标题: Gaussian计算频率出现问题 [打印本页]

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-5-14 16:43
标题: Gaussian计算频率出现问题
Gaussian计算频率出现问题。
我用Gaussian计算opt+freq，结果都是优化正常结束，4个YES，但是计算频率的时候，就算不下去，会停下来，不知道是为什么
后面提取优化后的结构，直接计算频率，也出现同样的问题，这样已经持续一个月了，实在不知道怎么办
老板要进度，可是我现在就被卡死了，好想各位老师，前辈可以帮我解答一下，不胜感谢！！！

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-5-14 16:45
输入为#p opt freq=noraman ub3lyp/genecp nosymm guess=(mix,always)

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-5-14 16:50
有 #PBS -l walltime=20:00:00 和没有的结果也是一样，会断开，我是在学校服务器上算的，

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-14 18:04
用的g09哪个版本？多大体系？
另把输入文件贴出来，坐标部分可以去掉。

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-5-15 08:39
本帖最后由 hcxytpp@163.com 于 2015-5-15 15:32 编辑

谢谢Sob老师

我的输入文件是
%nprocshared=12
%mem=300MW
%chk=2a-10.chk
#p opt freq=noraman ub3lyp/genecp nosymm guess=(mix,always)
1 1
坐标部分

C H O N 0
6-31+g(d,p)
****
Rh 0
修改轨道信息
****

Rh 0
lanl2dz

体系不大，755个基函数，65个原子，g09的版本
******************************************
Gaussian 09: AM64L-G09RevA.02 11-Jun-2009
13-May-2015
******************************************

优化会正常结束，频率计算总是终止。没有报错，会不会是因为我的结构与真是结构差异太大所以耗时，然后算不下去呢？

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-5-15 10:02
会不会也与服务器太挤有关系呢？但是，一个多月以来我的频率一个都没有算出来过。。。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-15 13:02
guess=(mix,always) nosymm此处完全没意义，省掉。
轻原子的基组用6-31G*足矣，耗时能大幅降低
你的服务器太挤，剩余内存明显过低，很可能计算频率时需要大量内存，但可用空间又不够导致停止。最好根据实际情况和其它使用者协调。nproc倒没必要那么大。

作者
Author: hcxytpp@163.com 时间: 2015-5-15 15:34
谢谢Sob老师，我试图少交一点作业，看看结果，不去堵车了！

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-5-16 00:13

sobereva 发表于 2015-5-15 13:02
guess=(mix,always) nosymm此处完全没意义，省掉。
轻原子的基组用6-31G*足矣，耗时能大幅降低
你的服务 ...

请问sob老师
1.nosymm什么时候用啊？我计算时经常用symm=tight/loose，nosymm基本没大用过，不大会用。
2.guess一般如何来设置呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-16 02:51

lastzealot 发表于 2015-5-16 00:13
请问sob老师
1.nosymm什么时候用啊？我计算时经常用symm=tight/loose，nosymm基本没大用过，不大会用。
...

1 nosymm仅当你不希望高斯自动旋转分子朝向、平移坐标的时候用。否则实际计算过程中以及最后的坐标和你输入文件里会不同。特别是外加电场、做密度差图等情况，几乎总是需要利用nosymm避免高斯自动调整坐标。
当体系有对称性时，用nosymm会阻止利用对称性加速计算。无数人都在瞎用nosymm，不需要用的时候也用，导致由于无法利用对称性而白浪费大量计算时间。

symm=tight没必要用。symm=loose是降低对称性判断阈值，免得本来是有对称性的体系，由于坐标精度不够，导致高斯没判断出对称性。

2 除非你有特殊目的，比如从chk中读取初猜、获得对称破缺初猜，否则没必要专门设它。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-5-16 22:19

sobereva 发表于 2015-5-16 02:51
1 nosymm仅当你不希望高斯自动旋转分子朝向、平移坐标的时候用。否则实际计算过程中以及最后的坐标和你输 ...

谢谢。sob老师说的自动旋转分子朝向、平移坐标是不是指standadized orientation？
就是说一般的结构计算是使用symm=loose了？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-16 23:10

lastzealot 发表于 2015-5-16 22:19
谢谢。sob老师说的自动旋转分子朝向、平移坐标是不是指standadized orientation？
就是说一般的结构计算 ...

高斯会自动旋转体系、平移坐标，使之处在standard orientation，因为只有这种朝向下才能利用对称性。
如果没有特殊目的，不要写symm=loose。仅当比如你计算一些高对称性体系，而高斯在默认情况下又没法正确判断出实际点群时采用（如C60，不写symm=loose往往判断不出实际对称性）

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-5-17 07:32

sobereva 发表于 2015-5-16 23:10
高斯会自动旋转体系、平移坐标，使之处在standard orientation，因为只有这种朝向下才能利用对称性。
如 ...

谢谢sob老师的悉心解答。
看来关于对称性的关键词一般情况下不需要加，除非特殊情况。

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