计算化学公社

标题: 关于MS生成pdb文件用Multiwfn进行Hirshfeld surface analysis的问题 [打印本页]

作者
Author: tracyKTV 时间: 2018-10-26 18:56
标题: 关于MS生成pdb文件用Multiwfn进行Hirshfeld surface analysis的问题
各位老师好！我想请问一下，我在使用Multiwfn和vmd结合进行晶胞与分子相互作用的Hirshfeld surface analysis分析过程中，发现MS生成的pdb文件在Multiwfn和vmd中无法识别，用gsview打开也是破碎的分子片段，想请教一下各位有没有解决的办法呢？谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-26 21:24
打开文件，仔细检查格式，明显不合理的地方手动修改。死活改不好的话用MS生成其它格式的文件再转成pdb或xyz等Multiwfn支持的格式

作者
Author: tracyKTV 时间: 2018-10-27 15:10
好的，我知道了，谢谢sob老师！

作者
Author: 吕安琪 时间: 2020-12-7 20:41
请问Multiwfn计算生成vtx.pdb文件后在VMD中如何画相互作用力的图

作者
Author: sobereva 时间: 2020-12-8 02:40

吕安琪发表于 2020-12-7 20:41
请问Multiwfn计算生成vtx.pdb文件后在VMD中如何画相互作用力的图

看Multiwfn手册4.12.5节

如果Hishfeld surface是封闭的那种，建议用下面视频里的做法
使用Multiwfn结合VMD绘制Hirshfeld surface图分析分子晶体中的弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av35738671/

作者
Author: weifujing 时间: 2022-5-24 10:26
请问您最后是怎么解决的？可以教一下吗

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