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标题: 高斯计算荧光第三步出错误，请帮助排除 [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-15 17:03
标题: 高斯计算荧光第三步出错误，请帮助排除
本帖最后由 lao7 于 2015-5-15 17:05 编辑

按照高斯说明书一步步计算有机分子的荧光光谱，但在第三步出错，第三步我写的输入文件如下：
NF1 ground state
%nprocshared=16
%mem=55GB
%oldchk=NF1.chk
%chk=NF3
# B3LYP/6-31+G(d,p) SCRF=(Solvent=water,Read)
  Geom=Check Guess=Read
NF: prepare for state-specific non-eq solvation
by saving the solvent reaction field from the ground state
0 1
NonEq=write
--link1--
%chk=NF3
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD(NStates=6,Root=1)
  SCRF=(Solvent=Ethanol,ExternalIteration,Read)
  Geom=Check Guess=Read
NF: read non-eq solvation from ground state and
compute energy of the first excited with the state-specific method
0 1
NonEq=read

运行后，出现的错误记录如图片（log输出文件）：

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-15 17:07
看看最后是否有足够的空行

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-15 17:27

sobereva 发表于 2015-5-15 17:07
看看最后是否有足够的空行

我没有明白什么意思？log文件后面的空行吗？4行空行。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-15 17:32
直接把输入文件作为附件贴出来

noneq=read后面如果没有空行，会导致读取失败

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-17 10:04
本帖最后由 lao7 于 2015-5-17 10:07 编辑

sobereva 发表于 2015-5-15 17:32
直接把输入文件作为附件贴出来

noneq=read后面如果没有空行，会导致读取失败

写法如下，确实最后一行noneq=read后面没有空行，我加了空行，再试试。请看看我这个输入还有其他问题吗？弥散函数是不是必须的，在测定荧光时？

NF1 ground state

%nprocshared=16
%mem=55GB
%oldchk=NF1.chk
%chk=NF3
# B3LYP/6-31+G(d,p) SCRF=(Solvent=water,Read)
  Geom=Check Guess=Read

NF: prepare for state-specific non-eq solvation
by saving the solvent reaction field from the ground state

0 1

NonEq=write

--link1--
%chk=NF3
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD(NStates=6,Root=1)
  SCRF=(Solvent=water,ExternalIteration,Read)
  Geom=Check Guess=Read

NF: read non-eq solvation from ground state and
compute energy of the first excited with the state-specific method

0 1

NonEq=read

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-17 10:40
弥散不是必需的。实际上，只有当计算的是里德堡激发的时候才是必须的。
其它没什么问题

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-17 15:13

sobereva 发表于 2015-5-17 10:40
弥散不是必需的。实际上，只有当计算的是里德堡激发的时候才是必须的。
其它没什么问题

谢谢 SOB，加了弥散会慢很多。有不懂之处再请教！

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-5-18 08:01
你看看手册，手册上很多地方有空格，包括末尾文件的结束的位置都要多空介个空格，
我记得当时我模拟的时候，完全按照手册，也是由于忽略空格的影响，出错，后来就知道为什么了。
我当时看了好介个帖子，给你参考一下，不知道有没有价值。
http://emuch.net/bbs/viewthread. ... get=self&page=1
http://emuch.net/bbs/viewthread. ... get=self&page=2
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=5546124
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=7928054

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-19 19:09

小范范1989 发表于 2015-5-18 08:01
你看看手册，手册上很多地方有空格，包括末尾文件的结束的位置都要多空介个空格，
我记得当时我模拟的时候 ...

谢谢小帆帆

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-19 19:46

小范范1989 发表于 2015-5-18 08:01
你看看手册，手册上很多地方有空格，包括末尾文件的结束的位置都要多空介个空格，
我记得当时我模拟的时候 ...

那第四步最下面两行坐标，我知道是第二部优化后分子二面角稍微变动后的坐标，但如何获得这个坐标？不是笛卡尔坐标

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-5-19 20:25

lao7 发表于 2015-5-19 19:46
那第四步最下面两行坐标，我知道是第二部优化后分子二面角稍微变动后的坐标，但如何获得这个坐标？不是笛 ...

不太明白你说的意思，
我计算第四步的时候写为：
%chk=01-ac
# b3lyp/6-31+G(d,p) td(read,nstates=6,root=1) scrf=(solvent=Ethanol) geom=check guess=read opt=RCFC

ground state

0 1

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-19 20:35

小范范1989 发表于 2015-5-19 20:25
不太明白你说的意思，
我计算第四步的时候写为：
%chk=01-ac

我说的是第四步下面：
%oldchk=02-ac
%chk=04-ac
# B3LYP/6-31+G(d,p) TD=(Read,NStates=6,Root=1) SCRF=(Solvent=Ethanol)
Geom=Modify Guess=Read Opt=ReadFC

Acetaldehyde: excited state opt
Modify geometry to break Cs symmetry
since first excited state is A"

0 1

4 1 2 3 10.0
5 1 2 7 -50.0

最下面两行的坐标怎么弄上去？我知道是改变第二步优化后的分子二面角的坐标。这个是什么坐标？如何获得？

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-5-19 21:55

lao7 发表于 2015-5-19 20:35
我说的是第四步下面：
%oldchk=02-ac
%chk=04-ac

这些变更的坐标指出了怎么modify结果，即需要扭转的两个二面角，每一行前四个数字是原子编号，后面的一个数字是这四个原子构成二面角的角度。你仔细第一步给出的初始结构就知道要改变哪两个二面角了
具体看看http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=5546124

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-20 09:08

小范范1989 发表于 2015-5-19 21:55
这些变更的坐标指出了怎么modify结果，即需要扭转的两个二面角，每一行前四个数字是原子编号，后面的一个 ...

谢谢，有帮助！改变二面角，列出的是任意四个相邻原子的二面角吧？而且列出来的二面角，应该不仅仅针对改变的地方吧？应该全部？我看到了你转发的链接，但针对的问题，没有给出具体的操作规范。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-5-20 09:24

lao7 发表于 2015-5-20 09:08
谢谢，有帮助！改变二面角，列出的是任意四个相邻原子的二面角吧？而且列出来的二面角，应该不仅仅针对改 ...

分子不一样，改变的角度不一样，同时，对同一个分子，不同的研究者针对的角度不一样。

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-20 09:37

小范范1989 发表于 2015-5-20 09:24
分子不一样，改变的角度不一样，同时，对同一个分子，不同的研究者针对的角度不一样。

对这是关键的搞不懂的地方。
PS: 下面的坐标是如何生成的？笛卡尔坐标好像生成不了这个东西

作者
Author: 小范范1989 时间: 2015-5-20 09:41

lao7 发表于 2015-5-20 09:37
对这是关键的搞不懂的地方。
PS: 下面的坐标是如何生成的？笛卡尔坐标好像生成不了这个东西

哪一步有坐标？？我们不都是从chk文件中读取？

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-20 10:06
本帖最后由 lao7 于 2015-5-20 10:08 编辑

第12楼最下面两行是坐标文件吗（荧光计算的第四步）？还是专门定义改变的分子二面角角度的命令，如何获得的？

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