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标题: 请问适合计算卤键的半经验方法有哪些 [打印本页]

作者
Author: iuhgnor 时间: 2018-10-28 11:42
标题: 请问适合计算卤键的半经验方法有哪些
各位老师，我想问一下适合计算卤键（碘）的半经验方法有哪些？之前使用Mopac用pm7优化大量含有卤键的分子团簇，感觉结果很离谱，想找一下其他的方法。谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-28 22:35
GFN-xTB（半经验形式的DFT）
如果必须是一般意义的半经验范畴的，用PM6-DH2X（Chemical Physics Letters 506 (2011) 286–289）

作者
Author: iuhgnor 时间: 2018-10-30 09:52
谢谢sob老师

作者
Author: iuhgnor 时间: 2018-10-30 17:22
sob老师，我使用Mopac2016用PM6-DH2X优化碘酸分子（HIO3）。优化完，碘氧键都断开了。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-30 22:03

iuhgnor 发表于 2018-10-30 17:22
sob老师，我使用Mopac2016用PM6-DH2X优化碘酸分子（HIO3）。优化完，碘氧键都断开了。

PM6-DH2X带了卤键校正，但那校正的是卤键作用能、复合物结构，并不会起到让带有卤素的结构都合理的效果。半经验方法对于成键方式非典型的体系本来就不可靠，如果只是普通有机分子连个卤素之类那还没什么问题。

我刚才用Gaussian在PM7下优化了一下碘酸，结果和B3LYP结合6-31G*和SDD下的差异并不大，比PM6有改进。

我自己用PM6-DH2X优化碘酸，之后在VMD里看结果，没发现太严重的不合理性
(, 下载次数 Times of downloads: 77)

作者
Author: iuhgnor 时间: 2018-10-31 09:40
sob老师，我看了您上面附件中的输出文件，发现结果和我的是一样的，I-O和I-OH键长都比正常的长0.5埃

作者
Author: iuhgnor 时间: 2018-10-31 13:18

sobereva 发表于 2018-10-30 22:03
PM6-DH2X带了卤键校正，但那校正的是卤键作用能、复合物结构，并不会起到让带有卤素的结构都合理的效果。 ...

确实如您所说，半经验方法对这种体系不太适用。我用GFN-xtb试了一下，发现结果也不好。请问，有没有比较便宜的方法适合算大量含碘体系？谢谢您。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-31 14:46

iuhgnor 发表于 2018-10-31 09:40
sob老师，我看了您上面附件中的输出文件，发现结果和我的是一样的，I-O和I-OH键长都比正常的长0.5埃

长0.5埃不是个事
对于产生初猜来说不是大问题
没有更便宜的而且又能达到DFT精度的方法

作者
Author: granvia 时间: 2018-10-31 16:13
不妨试试SCC-DFTB. 在dftb.org上有关于碘的Slater-Koster参数

作者
Author: iuhgnor 时间: 2018-10-31 19:16

sobereva 发表于 2018-10-31 14:46
长0.5埃不是个事
对于产生初猜来说不是大问题
没有更便宜的而且又能达到DFT精度的方法

谢谢sob老师

作者
Author: iuhgnor 时间: 2018-10-31 19:16

granvia 发表于 2018-10-31 16:13
不妨试试SCC-DFTB. 在dftb.org上有关于碘的Slater-Koster参数

谢谢，我去试试

作者
Author: iuhgnor 时间: 2018-11-6 23:33

granvia 发表于 2018-10-31 16:13
不妨试试SCC-DFTB. 在dftb.org上有关于碘的Slater-Koster参数

您好，我用Gaussian 09D，dftb优化碘酸分子，输入文件如下：
#p opt dftb=read

Title Card Required

0 1
  I  -0.10164000 0.02250400 -0.24193800
O  -1.21181700 -1.06378600 0.65756900
O  -0.04202500 1.62450400 0.57443000
O 1.68634900 -0.67359500 0.23482800
H 1.92685600 -0.28969300 1.08811200

@D:\dftb\I-I.skf
@D:\dftb\I-O.skf
@D:\dftb\I-H.skf
@D:\dftb\O-I.skf
@D:\dftb\O-O.skf
@D:\dftb\O-H.skf
@D:\dftb\H-I.skf
@D:\dftb\H-O.skf
@D:\dftb\H-H.skf

结果报错：
(Enter D:\Software\G09W\l301.exe)
Standard basis: VSTO-3G* (5D, 7F)
IA out of range in SemiEx.
Error termination via Lnk1e in D:\Software\G09W\l301.exe at Tue Nov 06 23:25:18 2018.

我按照Gaussian官网上的步骤修改了skf文件，仍然报错。
您能给我一些建议吗？谢谢

作者
Author: granvia 时间: 2018-11-7 00:06
本帖最后由 granvia 于 2018-11-7 00:08 编辑

iuhgnor 发表于 2018-11-6 23:33
您好，我用Gaussian 09D，dftb优化碘酸分子，输入文件如下：
#p opt dftb=read

Better try DFTB+ program for DFTB calculations. See https://www.dftbplus.org

作者
Author: iuhgnor 时间: 2018-11-7 09:00

granvia 发表于 2018-11-7 00:06
Better try DFTB+ program for DFTB calculations. See https://www.dftbplus.org

好的，谢谢您

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