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标题: 有关ATB自动生成质子化小分子拓扑文件的问题 [打印本页]

作者
Author: lewisbase 时间: 2018-10-29 19:07
标题: 有关ATB自动生成质子化小分子拓扑文件的问题
向sob老师和各位朋友请教一下，我想做一个质子化的小分子拓扑以实现在酸性条件下的模拟。之前在sob老师的博文中读到ATB网站能够自动确定小分子的质子化态，但不确定具体该怎么做。我尝试着在可能质子化的位置上加氢原子并把总电荷设置为1，但得到的结果有问题，在MD过程中也直接出现了LINCS warnning。具体的结果如图所示。想请教一下正确的实现方法应该如何。

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作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-29 20:41
仔细检查ATB给出的拓扑文件到底合不合理，原子数目、原子类型、原子电荷、力场参数、拓扑文件里的各种项到底都对不对，确信没问题再用。而且本身Si元素就比较特殊，因此就更得细心检查。
如果检查都没问题了，但是模拟实际体系时候有乱七八糟报错，先尝试在真空下模拟单个分子，这样有问题也便于排查。

作者
Author: lewisbase 时间: 2018-10-29 21:11

sobereva 发表于 2018-10-29 20:41
仔细检查ATB给出的拓扑文件到底合不合理，原子数目、原子类型、原子电荷、力场参数、拓扑文件里的各种项到 ...

感谢sob老师的耐心解答，我去仔细比对一下其与没有质子化下的情况。我还不确定的一点是像我这样添加氢原子并改变电荷处理质子化的流程正确吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-29 21:31

lewisbase 发表于 2018-10-29 21:11
感谢sob老师的耐心解答，我去仔细比对一下其与没有质子化下的情况。我还不确定的一点是像我这样添加氢原 ...

人工检查一下结果的合理性便知

作者
Author: lewisbase 时间: 2018-10-29 21:36

sobereva 发表于 2018-10-29 21:31
人工检查一下结果的合理性便知

嗯，好的，再次感谢sob老师！

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