计算化学公社

标题: 研究反应，是需要做显式溶剂化？ [打印本页]

作者
Author: 刘士晗 时间: 2018-10-29 19:11
标题: 研究反应，是需要做显式溶剂化？
请教一下各位老师们，最近看过一篇文献，上面报道了同样的反应条件和反应底物，如果用甲醇得到炔基化产物，如果换用乙腈则得到烯基化产物，想问一下这种实验结论可以从显式/隐式溶剂化模型解释吗，我分别用两种溶剂做了溶剂化，发现都是对生成炔基化产物有利，而且从两个势能面上来看相差不大，想问一下大家需要做显式溶剂化吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-29 20:54
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你改了，望以后注意

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-29 20:54
隐式溶剂模型下解决不了的问题可以尝试显式溶剂模型

另外不建议用“溶剂化”一词，看
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-10-30 08:34
能否给出具体的反应/文献？

作者
Author: 刘士晗 时间: 2018-10-30 16:52

sobereva 发表于 2018-10-29 20:54
隐式溶剂模型下解决不了的问题可以尝试显式溶剂模型

另外不建议用“溶剂化”一词，看

谢谢sob老师的指正，也是第一次想尝试用显式溶剂模型来探索问题。最近看了一篇文献也是用到了显式溶剂模型，溶剂环境是乙腈，作者是将优化好的氧化加成的过渡态周围加入了几个乙腈分子，在这里我想请教一下，显式溶剂模型和隐式溶剂模型的区别仅仅是显式溶剂模型下多添加了几个显式溶剂分子吗，您之前也提到过显式/隐式溶剂模型需要结合一起使用，不知道我理解的对不对，如果是这样的话那我在气相下添加几个乙腈溶剂分子优化好结构然后再用隐式溶剂模型在乙腈溶剂下做溶解自由能处理对不对呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-30 22:13

刘士晗发表于 2018-10-30 16:52
谢谢sob老师的指正，也是第一次想尝试用显式溶剂模型来探索问题。最近看了一篇文献也是用到了显式溶剂模 ...

是
对
优化的时候就得同时结合隐式溶剂模型。之后算溶解自由能可以那样。

作者
Author: 刘士晗 时间: 2018-10-30 22:28

sobereva 发表于 2018-10-30 22:13
是
对
优化的时候就得同时结合隐式溶剂模型。之后算溶解自由能可以那样。

谢谢sob老师的解答！！

作者
Author: 刘士晗 时间: 2018-10-30 22:51
还有一个问题，对于一个100个原子的体系，大概要放多少个乙腈溶剂分子呢，是不是放的越多，结果越精确呢，是不是我整个催化循环所有的过渡态和中间体中乙腈分子的空间位置稍有变动会对结果有大的影响吗？摆放的位置是否有什么要求呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-31 23:23

刘士晗发表于 2018-10-30 22:51
还有一个问题，对于一个100个原子的体系，大概要放多少个乙腈溶剂分子呢，是不是放的越多，结果越精确呢， ...

把显式溶剂可能产生重要影响的关键区域包一层溶剂就足够了

作者
Author: 刘士晗 时间: 2018-11-1 11:01
谢谢sob老师的解答！！

作者
Author: 刘士晗 时间: 2018-11-2 14:16

sobereva 发表于 2018-10-31 23:23
把显式溶剂可能产生重要影响的关键区域包一层溶剂就足够了

sob老师您好，我包的那一层溶剂是需要做限制性优化吗，因为我尝试优化过程中，溶剂分子一直在动，没办法收敛，在这里想请教一下是方法有问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-2 17:43

刘士晗发表于 2018-11-2 14:16
sob老师您好，我包的那一层溶剂是需要做限制性优化吗，因为我尝试优化过程中，溶剂分子一直在动，没办法 ...

不需要做限制。
分子团簇本来就不容易收敛，没什么新鲜的，解决方法都在这里
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

作者
Author: 刘士晗 时间: 2018-11-2 18:58

sobereva 发表于 2018-11-2 17:43
不需要做限制。
分子团簇本来就不容易收敛，没什么新鲜的，解决方法都在这里
量子化学计算中帮助几何优 ...

谢谢sob老师！

作者
Author: 月光下的演绎 时间: 2019-3-19 10:24

能否给出具体的反应/文献？

作者
Author: Dolantin 时间: 2024-1-9 11:49
楼主方便提供下提到的文献吗？学习学习，正好最近做的内容和显式溶剂相关

感谢！

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