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标题: SMD模型计算使用混合溶剂问题 [打印本页]

作者
Author: Clara 时间: 2018-10-30 15:54
标题: SMD模型计算使用混合溶剂问题
在使用SMD溶剂化模型计算时，溶剂是选用的混合溶剂，关键词是scrf=(SMD,solvent=generic,read) 坐标后的介电常数是两种混合溶剂的介电常数按照体积比的加和计算的，但是在计算过程中总是出现如下报错：
Using the following non-standard input for PCM:
--- end of non-standard input.
Must specify Eps for generic solvent.
Error termination via Lnk1e in /home/student/g09/l301.exe at Tue Oct 30 23:26:21 2018.
求教大神们，这种混合溶剂的SMD模型应如何计算？谢谢各位了

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-10-30 17:37
提问上传输入文件。
另外SMD的自定义溶剂需要很多参数，不能只写介电常数，其中几个参数用体积比加权平均来算不合理，你如何处理？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-30 20:11
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你改了，望以后注意
本帖不属于“量化理论”分类，注意看版头关于分类的说明，给你修改了

作者
Author: Shine剪水 时间: 2018-10-30 21:09

liyuanhe211 发表于 2018-10-30 17:37
提问上传输入文件。
另外SMD的自定义溶剂需要很多参数，不能只写介电常数，其中几个参数用体积比加权平均 ...

李老师，能否就如何对混合溶剂模型的参数进行具体的类似于体积比加权或者其他合适的计算方法给一个例子，如果有解释就更好了

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-30 22:01

Shine剪水发表于 2018-10-30 21:09
李老师，能否就如何对混合溶剂模型的参数进行具体的类似于体积比加权或者其他合适的计算方法给一个例子， ...

仔细阅读
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
里面写得极其明确

作者
Author: Shine剪水 时间: 2018-10-30 23:01

sobereva 发表于 2018-10-30 22:01
仔细阅读
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

我是以为李老师有其他的方法来拟合不容易获得的溶剂参数呢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-30 23:05

Shine剪水发表于 2018-10-30 23:01
我是以为李老师有其他的方法来拟合不容易获得的溶剂参数呢

先搞清楚溶剂的参数都有哪些。
介电常数是实验或者分子动力学模拟得到的，不是拟合来的
SMD里用于计算非极性部分的诸多参数也根本不是拟合来的，诸如表面张力，明显也是测出来或者模拟出来的

作者
Author: Shine剪水 时间: 2018-10-30 23:15

sobereva 发表于 2018-10-30 23:05
先搞清楚溶剂的参数都有哪些。
介电常数是实验或者分子动力学模拟得到的，不是拟合来的
SMD里用于计算 ...

嗯嗯想起来您写的关于溶剂化校正的博文内容了谢谢社长

作者
Author: Clara 时间: 2018-10-31 10:46

sobereva 发表于 2018-10-30 20:11
注意求助帖应当在帖子标题明确体现出提问、求助（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），给你 ...

好的，麻烦社长了。
我想用SMD模型计算一下溶解能量，所以只加了介电常数的数据，其他的像折射率，氢键酸度等参数都是也都是按照体积比计算吗？我看了一下您之前的博文，是先按照体积比加和计算介电常数，然后找一种与当前要用的混合溶剂参数最接近的自带的溶剂进行替换，然后进行计算对吗？计算新人，麻烦社长解答了

作者
Author: Clara 时间: 2018-10-31 11:06

liyuanhe211 发表于 2018-10-30 17:37
提问上传输入文件。
另外SMD的自定义溶剂需要很多参数，不能只写介电常数，其中几个参数用体积比加权平均 ...

我也不清楚如何计算，如果只计算溶剂能量不可以只加介电常数吗

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-10-31 11:56

Clara 发表于 2018-10-31 11:06
我也不清楚如何计算，如果只计算溶剂能量不可以只加介电常数吗

不可以，能量依赖其他参数

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-31 14:33

Clara 发表于 2018-10-31 10:46
好的，麻烦社长了。
我想用SMD模型计算一下溶解能量，所以只加了介电常数的数据，其他的像折射率，氢键 ...

混合溶剂的介电常数按照体积比计算没问题，但计算非极性部分的参数，按照体积比折算是否合适不一定，没辙的话只能这么凑合，总比不考虑非极性部分强

作者
Author: Clara 时间: 2018-10-31 15:04

sobereva 发表于 2018-10-31 14:33
混合溶剂的介电常数按照体积比计算没问题，但计算非极性部分的参数，按照体积比折算是否合适不一定，没辙 ...

Using the following non-standard input for PCM:
--- end of non-standard input.
Must specify Eps for generic solvent.
Error termination via Lnk1e in /home/student/g09/l301.exe
嗯嗯，但是我按照这个方法提交作业，却总是出现如上的错误，不知这是什么原因呢？

作者
Author: Clara 时间: 2018-10-31 15:08

liyuanhe211 发表于 2018-10-31 11:56
不可以，能量依赖其他参数

好的，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-10-31 15:50

Clara 发表于 2018-10-31 15:04
Using the following non-standard input for PCM:
--- end of non-standard input.
Must specify Eps ...

输入文件格式不对

作者
Author: Clara 时间: 2018-10-31 16:21

sobereva 发表于 2018-10-31 15:50
输入文件格式不对

好的，谢谢社长解答~

作者
Author: xiuyan 时间: 2023-6-14 21:40

sobereva 发表于 2018-10-31 15:50
输入文件格式不对

老师，可以具体说下是哪个输入文件格式不对嘛，我也遇到了这个问题。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-6-14 22:28

xiuyan 发表于 2023-6-14 14:40
老师，可以具体说下是哪个输入文件格式不对嘛，我也遇到了这个问题。

按http://sobereva.com/327写

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