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标题: 请教 electronic coupling (电子耦合) 的计算 [打印本页]

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-6 17:08
标题: 请教 electronic coupling (电子耦合) 的计算
各位老师，同学，我想请教一下关于对于electronic coupling 的计算方法。如帅老师文章J. Mater. Chem. C, 2016, 4, 4546--4555中关于电子耦合的计算，这个结果什么怎么算出的，需要用到什么样的结果分析软件D:\a.png

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-11-6 19:54
本帖最后由让你变成回忆于 2018-11-6 19:57 编辑

这是他们组自己写的基于格点能修正方法算电子耦合的程序。其实不难实现，从Gaussian的log文件和fchk文件中读取输出，自己主要写一个构建fock矩阵的程序。
一些免费的程序如Nwchem也是可以计算的。

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-6 22:10
好的，非常感谢，nwchem没用过，要花点时间学习下。

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-7 15:46
有多种选择：1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-11-7 16:19

yjmaxpayne 发表于 2018-11-7 15:46
有多种选择：1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

是的。VOTCA也可以做这个。而且是从MD模拟得到gro文件直接计算转移积分等参数进而可以给出迁移率。

作者
Author: lina 时间: 2018-11-7 17:40

让你变成回忆发表于 2018-11-7 16:19
是的。VOTCA也可以做这个。而且是从MD模拟得到gro文件直接计算转移积分等参数进而可以给出迁移率。

你好，麻烦问一下，VOTCA是个什么软件，没听说过啊，谢谢！

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-11-7 18:08

lina 发表于 2018-11-7 17:40
你好，麻烦问一下，VOTCA是个什么软件，没听说过啊，谢谢！

http://www.votca.org/home

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-7 23:01

yjmaxpayne 发表于 2018-11-7 15:46
有多种选择：1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

您好，我用了 J_from_G03 ，算到readme文件中的第三和第四步的时候出现问题，不知道是什么原因
Assuming not using ZINDO
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 70
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 70
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs
NBasis = 0
Read in S...  NBsUse = 140
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
Read in MOs

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-8 06:18

吃啥发表于 2018-11-7 23:01
您好，我用了 J_from_G03 ，算到readme文件中的第三和第四步的时候出现问题，不知道是什么原因
Assuming ...

错误提示的很明确啊：
NBasis = 0
Read in S... NBsUse = 70
***Error*** : Trying to read MOs without knowing the number of basis sets
需要制定基组数量

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-8 06:25

让你变成回忆发表于 2018-11-7 16:19
是的。VOTCA也可以做这个。而且是从MD模拟得到gro文件直接计算转移积分等参数进而可以给出迁移率。

可以直接调用ctp_tools来计算dimer的转移积分。只需要对dimer中A分子，B分子，以及dimer自身进行相应的单点能计算即可。我对比过计算结果，和ADF的一致。

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-8 09:21

yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 06:18
错误提示的很明确啊：
NBasis = 0
Read in S... NBsUse = 70

非常感谢您。请问下具体的操作步骤，readme文件中没有给出具体的步骤，这个基组数量在哪里给出？
3) Run 'rewrite_S_Phi_E.x' with the prefix to gaussian calculation (1), (2)
and (3) !! IN THIS ORDER !!. This program expects to find 3 log files and 3 pun files.
4) You should now have 7 output .txt files:
Evls_pair.txt MOs_1.txt MOs_2.txt MOs_pair.txt S_1.txt S_2.txt S_pair.txt

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-11-8 09:32

yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 06:25
可以直接调用ctp_tools来计算dimer的转移积分。只需要对dimer中A分子，B分子，以及dimer自身进行相应的 ...

目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果，利用格点能修正方法计算转移积分的程序，已经写完了，正在做一些benchmark工作，过几天在论坛会发布！

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-8 10:32

让你变成回忆发表于 2018-11-8 09:32
目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果，利用格点能修正方法计算转移积分的程序，已经写完了，正在做一 ...

期待大作。

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-8 10:44

吃啥发表于 2018-11-8 09:21
非常感谢您。请问下具体的操作步骤，readme文件中没有给出具体的步骤，这个基组数量在哪里给出？
3) Run ...

你有按照Readme里面的方法来写你的高斯输入文件么？你可以参考examples里面naphthalene_b3lyp的各种com写法（如果你用的是DFT计算的话）。

另外，运行rewrite_S_Phi_E.x的时候，后面需要Monomer A Monmer B 还有Dimer AB单点能计算的文件名前缀。

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-8 11:24

让你变成回忆发表于 2018-11-8 09:32
目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果，利用格点能修正方法计算转移积分的程序，已经写完了，正在做一 ...

非常期待

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-8 11:26

yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 10:44
你有按照Readme里面的方法来写你的高斯输入文件么？你可以参考examples里面naphthalene_b3lyp的各种com ...

非常感谢，我看到例子中的两个分子是一样的。我算的两个分子不一样，是不是一样的分子才能够用J_from_G03这个小程序计算？

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-8 12:44

吃啥发表于 2018-11-8 11:26
非常感谢，我看到例子中的两个分子是一样的。我算的两个分子不一样，是不是一样的分子才能够用J_from_G03 ...

分子是否一样没有关系，只是你需要定义好A，B还有AB就行了。主要是高斯输入文件的写法，还有随后处理的输入命令。

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-8 22:30
本帖最后由吃啥于 2018-11-9 15:10 编辑

yjmaxpayne 发表于 2018-11-8 12:44
分子是否一样没有关系，只是你需要定义好A，B还有AB就行了。主要是高斯输入文件的写法，还有随后处理的 ...

高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的），不知道为什么还是不行，您可以帮我看下是什么问题吗？非常感谢您。附件是输入com文件和结果log和pun文件。
实在不好意思，因为上传文本文件违规，这里从新上传。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-9 03:01

吃啥发表于 2018-11-8 22:30
高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的） ...

如置顶的新人必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约论坛空间、加快下载速度。
超规的pun和log附件已经被删了，请压缩后重新上传

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-9 15:05

吃啥发表于 2018-11-8 22:30
高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的） ...

我需要你的gjf或者com输入文件。另外，请注意Sob社长的提示。 log有问题的话，把出错部分贴出就好。

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-9 15:12

yjmaxpayne 发表于 2018-11-9 15:05
我需要你的gjf或者com输入文件。另外，请注意Sob社长的提示。 log有问题的话，把出错部分贴出就好。

刚刚已经按照社长的说明从新上传。谢谢您。

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-9 15:12

sobereva 发表于 2018-11-9 03:01
如置顶的新人必读贴和论坛首页的公告栏所示，上传超过500KB的文本型文件上传前必须先压缩再上传，以节约 ...

好的，谢谢社长。

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-9 17:38

吃啥发表于 2018-11-8 22:30
高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的） ...

大致清楚了，是J_from_G03对G09输出格式兼容有问题，读不出G09的log里面NBasis信息。可能需要对J_from_G03的源代码进行一些修改才行。

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-9 17:48

吃啥发表于 2018-11-8 22:30
高斯文件的写法我也是按照例子中写，随后处理的命令也没有问题（我用命令运行了作者给出的例子是成功的） ...

还有一个办法，不用修改源代码，可以把输出文件里面：
400 basis functions, 752 primitive gaussian.......
至nuclear repulsion energy ...... 共三行，拷贝到
Two-electron integral symmetry is turned off. 这一行之后

亲测可用。

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-9 18:34

yjmaxpayne 发表于 2018-11-9 17:48
还有一个办法，不用修改源代码，可以把输出文件里面：
400 basis functions, 752 primitive gaussian... ...

真的可以了，太感谢了。

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-9 19:18

yjmaxpayne 发表于 2018-11-9 17:48
还有一个办法，不用修改源代码，可以把输出文件里面：
400 basis functions, 752 primitive gaussian... ...

在运行最后一步的时候，出现如下的错误。提示矩阵无法相乘。我看到第四步产生的文件中都是200行和400行。不知道是什么原因。

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-12 14:10
本帖最后由 yjmaxpayne 于 2018-11-12 14:13 编辑

吃啥发表于 2018-11-9 19:18
在运行最后一步的时候，出现如下的错误。提示矩阵无法相乘。我看到第四步产生的文件中都是200行和400行。 ...

错误挺明显的，你的Number of MOs输错了。 Number of MOs填200，然后HOMO (of monomer)填34就行了。或者，你在改get_J.m的时候， nbasis = 200 nhomo_mon = 34即可。

作者
Author: 吃啥 时间: 2018-11-13 10:43

yjmaxpayne 发表于 2018-11-12 14:10
错误挺明显的，你的Number of MOs输错了。 Number of MOs填200，然后HOMO (of monomer)填34就行了。或者 ...

已经成功了，真的太感谢了

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2018-11-13 14:03

吃啥发表于 2018-11-13 10:43
已经成功了，真的太感谢了

不客气

作者
Author: TDHFjiang 时间: 2018-12-21 09:36

让你变成回忆发表于 2018-11-8 09:32
目前我正在写一个基于Gaussian的输出结果，利用格点能修正方法计算转移积分的程序，已经写完了，正在做一 ...

非常期待

作者
Author: 木秀沙堆 时间: 2020-3-18 11:33

yjmaxpayne 发表于 2018-11-7 15:46
有多种选择：1) J_from_G03 2) ADF 3) VOTCA CTP
我自己较常用的是VOTCA CTP

q请问楼主，Votca软件找到了，但我好像无头绪，怎么使用。可以告知12吗

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2020-3-18 15:50
本帖最后由 yjmaxpayne 于 2020-3-18 16:00 编辑

木秀沙堆发表于 2020-3-18 11:33
q请问楼主，Votca软件找到了，但我好像无头绪，怎么使用。可以告知12吗

走一遍手册里面的例子吧，Alq3的那个不错。ctp的可能有些老，建议看xtp的教程，比较新。既可以搞定激发态，又可以搞定基态的传输。

作者
Author: 木秀沙堆 时间: 2020-3-18 16:54

yjmaxpayne 发表于 2020-3-18 15:50
走一遍手册里面的例子吧，Alq3的那个不错。ctp的可能有些老，建议看xtp的教程，比较新。既可以搞定激发 ...

好的好的，多谢

作者
Author: 木秀沙堆 时间: 2020-4-7 13:33

yjmaxpayne 发表于 2020-3-18 15:50
走一遍手册里面的例子吧，Alq3的那个不错。ctp的可能有些老，建议看xtp的教程，比较新。既可以搞定激发 ...

请问楼主，xtp的manul链接失效，你有相应的文件吗？麻烦了

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