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标题: 统计某种离子一定范围内的水分子个数 [打印本页]
作者
Author: ruanyang    时间: 2015-5-19 09:30
标题: 统计某种离子一定范围内的水分子个数
大家好，我想请教一个VMD脚本的问题！我想利用此脚本得到LI离子3.5埃距离内的水分子的个数！我写了一个脚本，但是不能输出个数，只能输出被选择的原子的serial，我的目的是输出每一帧中被选中的水分子个数！同时我不确定我的脚本是不是按照帧数更新的，特地在这请教各位，谢谢！
  1. set numFrame [molinfo top get numframes]
  2. molinfo top set frame 0
  3. set out [open ry.txt w]
  4. for {set i 0} {$i < $numFrame} {incr i} {
  5. set hnumber [atomselect top "same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI)"]
  6. set a [$hnumber get serial]
  7. puts $out $a
  8. $hnumber frame $i
  9. $a frame $i
  10. }   
  11. close $out
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作者
Author: fhh2626    时间: 2015-5-19 10:20
set hnumber [atomselect top "noh and (same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI))"]
set a [$hnumber num]

这样就行了
作者
Author: ruanyang    时间: 2015-5-19 10:42
谢谢您的回复，你在atomselect top 中的 noh 指的是只选中水中的氧原子是吧！
作者
Author: ruanyang    时间: 2015-5-19 10:56
很感激你的帮助，虽然解决了个数的问题，我一共是5002，但是这个脚本没有循环起来！只得到第一帧的数据
作者
Author: fhh2626    时间: 2015-5-19 11:46
ruanyang 发表于 2015-5-19 10:56
很感激你的帮助，虽然解决了个数的问题，我一共是5002，但是这个脚本没有循环起来！只得到第一帧的数据

set hnumber [atomselect top "noh and (same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI)) frame $i"]
这样试试

如果不行的话加上hnumnber $update
作者
Author: ruanyang    时间: 2015-5-19 14:18
您好，我将脚本进行了修改，现在能输出5002个数据了，但是输出的数据都是第0帧的数44，我不清楚那个地方还需要修改
  1. set numFrame [molinfo top get numframes]
  2. set out [open ry.txt w ]
  3. for {set i 0} {$i < $numFrame} {incr i} {
  4. set hnumber [atomselect top "(noh same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI))"]
  5. $hnumber update
  6. set a [$hnumber num]
  7. puts $out $a
  8. }   
  9. close $out
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作者
Author: sobereva    时间: 2015-5-19 16:44
ruanyang 发表于 2015-5-19 14:18
您好，我将脚本进行了修改，现在能输出5002个数据了，但是输出的数据都是第0帧的数44，我不清楚那个地方还 ...


应该写set hnumber [atomselect top "(noh same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI))" frame $i]
此时就不需要$hnumber update了

或者，每次循环用
$hnumber frame $i
$hnumber update
这样set hnumber [atomselect...只需要最初做一次即可，不用每个循环重做一遍
作者
Author: ruanyang    时间: 2015-5-19 18:17
谢谢Sob老师和 fhh2626的解答，问题完美解决，附上正确的脚本！
  1. set numFrame [molinfo top get numframes]
  2. set out [open ry.txt w ]
  3. for {set i 0} {$i < $numFrame} {incr i} {
  4. set hnumber [atomselect top "(noh same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname LI))"]
  5. $hnumber frame $i
  6. $hnumber update
  7. set a [$hnumber num]
  8. puts $out $a
  9. }   
  10. close $out
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