计算化学公社

标题: 利用Gaussian结合自写程序计算分子间电荷转移积分 [打印本页]

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-11-10 10:56
提示: 该帖被管理员或版主屏蔽

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2018-11-10 11:15
2018-10-10：11:14
更新了一下PDF中的内容。主要讲了下如何利用Gaussian进行计算。

PS：后续如果程序或PDF有更新，均会在下面回帖进行说明。

作者
Author: granvia 时间: 2018-11-10 13:37
Just one doubt about this model: After Lowdin’s orhogonalization transformation, the Pauli repulsion energy between two monomers’ HOMOs (which are originally unorthogoanl) is eliminated. As a consequence, the steric interaction is completely ignored in such analysis.

作者
Author: 千域小少 时间: 2018-11-13 22:14
楼主如果有window下.dll 的read 就更好了。

作者
Author: Amiswen 时间: 2019-4-12 16:32
感谢分享。有一个疑惑，如果dimer中有一个分子是三重态，要想计算转移积分，是否可以用此方法。

作者
Author: weichengdo 时间: 2019-11-1 11:16
大师就是大师

作者
Author: Puying 时间: 2019-11-16 01:57
想问一下，这种方法是不是只能计算二聚体，即两个相同分子之间的电荷转移积分？

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-11-16 10:49

Puying 发表于 2019-11-16 01:57
想问一下，这种方法是不是只能计算二聚体，即两个相同分子之间的电荷转移积分？

两种不同的分子应该也是可以计算的

作者
Author: Puying 时间: 2019-11-17 14:22

让你变成回忆发表于 2019-11-16 10:49
两种不同的分子应该也是可以计算的

好的，我试一下

作者
Author: Puying 时间: 2020-1-4 15:32
初学python，用python添加了读取矩阵的部分，计算部分都是楼主的

作者
Author: Puying 时间: 2020-1-6 11:43
本帖最后由 Puying 于 2020-1-6 11:45 编辑

Puying 发表于 2020-1-4 15:32
初学python，用python添加了读取矩阵的部分，计算部分都是楼主的

谢谢楼主！

话说楼主晓得FCD或者GMH方法计算电荷转移积分的细节吗？

作者
Author: 乐嘻嘻嘻 时间: 2020-5-21 20:53
感谢楼主分享，想问一下三个分子间的电子耦合值是否可以计算~

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2020-8-13 15:00
请问，计算电荷转移积分时，对于从dimer中分别取出的monomer1和monomer2，在进行gaussian计算时，是否需要对monomer1和monomer2进行构型优化？还是说直接在取出的构型进行#p IOp(3/33=1,3/32=2) nosymm计算？？

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-8-13 15:45

Theor_Comp 发表于 2020-8-13 15:00
请问，计算电荷转移积分时，对于从dimer中分别取出的monomer1和monomer2，在进行gaussian计算时，是否需要 ...

不用优化

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2020-8-13 16:20

让你变成回忆发表于 2020-8-13 15:45
不用优化

dimer也是直接用晶体结构中的构型，不用优化吗？非常感谢

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-8-13 16:30

Theor_Comp 发表于 2020-8-13 16:20
dimer也是直接用晶体结构中的构型，不用优化吗？非常感谢

dimer是否优化的话就看你自己了吧，但是monomer就是在原始dimer的基础上提取的，不需要优化。

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2020-8-13 17:52

让你变成回忆发表于 2020-8-13 16:30
dimer是否优化的话就看你自己了吧，但是monomer就是在原始dimer的基础上提取的，不需要优化。

多谢！
Gaussian计算时，关键词是#p IOp(3/33=1,3/32=2) nosymm 吗？还需要其他关键词吗

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-8-13 18:54

Theor_Comp 发表于 2020-8-13 17:52
多谢！
Gaussian计算时，关键词是#p IOp(3/33=1,3/32=2) nosymm 吗？还需要其他关键词吗

并不需要吧，就是为了输出一个Overlap，实际上如果为了避免输出文件太冗长，也可以不用高斯输出。
我现在更倾向于用Multiwfn算Overlap，然后读取。

作者
Author: 破晓时的曙光 时间: 2020-8-24 16:51
请教一个问题，在这个计算里面，得到的值有正负，请问这个正负有意义吗？和相位有关系吗？

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-8-24 19:50

破晓时的曙光发表于 2020-8-24 16:51
请教一个问题，在这个计算里面，得到的值有正负，请问这个正负有意义吗？和相位有关系吗？

是

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2020-8-26 10:45

让你变成回忆发表于 2020-8-13 18:54
并不需要吧，就是为了输出一个Overlap，实际上如果为了避免输出文件太冗长，也可以不用高斯输出。
我现 ...

非常感谢，请问用multiwfn怎么算呢？在哪个功能项里呢

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-8-26 14:03

Theor_Comp 发表于 2020-8-26 10:45
非常感谢，请问用multiwfn怎么算呢？在哪个功能项里呢

Multiwfn载入fchk文件，然后依次输入：6->7->1就可以看到打印Overlap了

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2020-8-26 23:19

让你变成回忆发表于 2020-8-26 14:03
Multiwfn载入fchk文件，然后依次输入：6->7->1就可以看到打印Overlap了

谢谢您。

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2020-10-2 20:35

让你变成回忆发表于 2020-8-13 18:54
并不需要吧，就是为了输出一个Overlap，实际上如果为了避免输出文件太冗长，也可以不用高斯输出。
我现 ...

Gaussian计算时，关键词是#p IOp(3/33=1,3/32=2) nosymm，不用加基组和泛函吗？

作者
Author: 332544875 时间: 2020-10-9 18:59
本帖最后由 332544875 于 2020-10-9 19:00 编辑

请问这个错误是什么原因，无法读取到fchk文件中的overlap矩阵吗？谢谢

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-10-9 19:26

332544875 发表于 2020-10-9 18:59
请问这个错误是什么原因，无法读取到fchk文件中的overlap矩阵吗？谢谢

你看看对应的高斯输出文件中是否打印了Overlap矩阵

作者
Author: 332544875 时间: 2020-10-10 09:31

让你变成回忆发表于 2020-10-9 19:26
你看看对应的高斯输出文件中是否打印了Overlap矩阵

我查看了dimer和monomer的log文件，都是有overlap矩阵输出的，如图。Gaussian计算关键词是“#p b3lyp/6-311+g(d,p) em=gd3bj IOP(3/33=1,3/32=2) nosymm
”，是正确的吧？谢谢

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-10-10 10:41

332544875 发表于 2020-10-10 09:31
我查看了dimer和monomer的log文件，都是有overlap矩阵输出的，如图。Gaussian计算关键词是“#p b3lyp/6-3 ...

你把你的输出文件上传一下我看看吧

作者
Author: 332544875 时间: 2020-10-10 13:02

让你变成回忆发表于 2020-10-10 10:41
你把你的输出文件上传一下我看看吧

由于文件比较大，所以我上传到了百度网盘。
链接：https://pan.baidu.com/s/1n164bHXw-vIpeNHg0PgabA
提取码：8t8e
谢谢老师了。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2020-10-10 14:02

332544875 发表于 2020-10-10 13:02
由于文件比较大，所以我上传到了百度网盘。
链接：https://pan.baidu.com/s/1n164bHXw-vIpeNHg0PgabA
...

我已经对程序进行了修改及更新，你现在再试试看。之前的程序中忘记删除我自己测试部分的代码。
现在你的体系我这里能够正常计算：
===========================================================
==          Transfer Integral Calculation             ==
==             Release Date: 2018-11-06                ==
==          Ref: JACS,128(30):9882-9886             ==
===========================================================

Please input dimer fchk file: TPZ-dimer-overlap.fchk
Please input monomer 1 fchk file: TPZ-monomer1-overlap.fchk
Please input monomer 2 fchk file: TPZ-monomer2-overlap.fchk
Read overlap matrix of supermolecule from TPZ-dimer-overlap.log, please wait...
Read finished!
The shape of overlap matrix is: (2340, 2340)

Read molecular obital energies and coefficients from TPZ-dimer-overlap.fchk, please wait...
Read finished!
The shape of orbital energies and coefficient is: (2340,) and (2340, 2340)

Constructing supermolecular Fock matrix finished!

Read monomer 1 orbital energies and coefficients from TPZ-monomer1-overlap.fchk
Read finished!

Read monomer 2 orbital energies and coefficients from TPZ-monomer2-overlap.fchk
Read finished!

MO1  MO2  e1 eV    e2 eV    J meV    S       ee1 eV ee2 eV Je meV Je kcal/mol
  153  153 -5.902 -5.902 -21.695    0.002 -5.902 -5.902 -11.122 -0.256
  153  154 -5.902 -0.807 46.263 -0.006 -5.902 -0.806 27.290    0.629
  154  153 -0.818 -5.902 -39.431    0.005 -0.818 -5.902 -22.416 -0.517
  154  154 -0.818 -0.807 -27.634    0.010 -0.818 -0.806 -19.678 -0.454

作者
Author: 332544875 时间: 2020-10-10 16:42

让你变成回忆发表于 2020-10-10 14:02
我已经对程序进行了修改及更新，你现在再试试看。之前的程序中忘记删除我自己测试部分的代码。
现在你的 ...

好的，非常感谢老师的热心帮助。提个小建议：能不能让程序自动根据关键词读取输入文件呢？比如输入文件名中分别含dimer、monomer1和monomer2分别对应于dimer、分子1和分子2，这样程序运行起来就更简单和方便了。

作者
Author: 高斯不过如此 时间: 2021-5-5 00:17
请教一下，如果是分子内的电荷转移应该怎么处理呢？AD分成两个monomer的话会切断化学键，如果用氢原子或者其他原子补齐就会出现波函数不匹配的问题吧？

作者
Author: Theor_Comp 时间: 2021-5-31 09:02

让你变成回忆发表于 2020-10-10 14:02
我已经对程序进行了修改及更新，你现在再试试看。之前的程序中忘记删除我自己测试部分的代码。
现在你的 ...

您好，麻烦问下，计算一个dimer里的两个单体的电子耦合时，对两个单体谁定义为monomer1,谁定义为monomer2，结果是不是应该一样的？那如何理解这里面153-154的Je与154-153的Je值不一致的情况？

作者
Author: MAX-0309 时间: 2021-7-10 20:07
楼主，这个程序是在linux环境下运行吗，还是windows也可以呢？谢谢

作者
Author: yinxiu 时间: 2021-7-11 14:51
请问是不是只能计算dimer的呢？我有一个三种不同分子的体系，这样的话可以计算嘛？

作者
Author: xmdu 时间: 2021-8-31 22:00
楼主，我运行py文件为什么出现_read没定义那个错误

作者
Author: Trivers 时间: 2021-10-16 14:11
本帖最后由 Trivers 于 2021-10-16 15:27 编辑

问题已解决……之前有一个fchk文件名输错了……现在程序可以正常执行了……

老师您好，我在使用这个程序计算转移积分的时候，出现了如图所示的报错，请问应该如何解决呢？
C:\Users\SPC_T\Desktop\error.png

dimer以及两个分子都在高斯中以如下关键词计算了单点能：
#p M062x/def2TZVP IOp(3/33=1,3/32=2) nosymm

fchk和log文件的在百度网盘，链接如下：提取码：3lro
https://pan.baidu.com/s/1HFbtBbm2MZ8TQYVVpITgGQ

非常感谢！

作者
Author: Trivers 时间: 2021-10-16 15:29
本帖最后由 Trivers 于 2021-10-16 15:36 编辑

老师您好，请教一个问题，在输出结果中，e1，e2, ee1，ee2分别是什么意思呢？在如下图所示的结果中，两个分子LUMO之间转移积分，应该读哪个数值呢？另外，转移积分的数值如果为负数应该如何解读呢？

作者
Author: snljty 时间: 2021-10-16 16:12
本帖最后由 snljty 于 2021-12-20 15:26 编辑

Trivers 发表于 2021-10-16 15:29
老师您好，请教一个问题，在输出结果中，e1，e2, ee1，ee2分别是什么意思呢？在如下图所示的结果中，两个分 ...

看Je。如果你只是算迁移率等，因为要平方，符号没有区别。别的情况可能要考虑相位匹配。

作者
Author: Trivers 时间: 2021-10-17 00:42

snljty 发表于 2021-10-16 16:12
看J。如果你只是算迁移率等，因为要平方，符号没有区别。别的情况可能要考虑相位匹配。

好的，了解了，谢谢老师！请问您知道这个输出结果中的J和Je分别表示什么吗？

作者
Author: zzffzz33 时间: 2021-10-24 18:52

xmdu 发表于 2021-8-31 22:00
楼主，我运行py文件为什么出现_read没定义那个错误

请问楼主解决了吗

作者
Author: zzffzz33 时间: 2021-10-24 19:09
你好楼主，我使用pycharm run的时候出现了ModuleNotFoundError: No module named '_read' 的错误，请问该如何解决？请赐教，谢谢！

作者
Author: Trivers 时间: 2021-10-31 20:40
非常感谢老师的无私分享，请问使用这里的程序进行转移积分计算的时候，需要引用哪些文章呢？除了PDF里提到的 J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9882-9886.之外，还需要引用其他的文献吗？

作者
Author: ggdh 时间: 2021-11-14 23:37
我现在还在用易老师的AICTs呢你怎么会没有还要自己写？

作者
Author: 透月清心 时间: 2021-11-16 19:45
楼主，求程序啊

作者
Author: snljty 时间: 2021-11-16 22:18

透月清心发表于 2021-11-16 19:45
楼主，求程序啊

楼主都说了不提供了......之前也是你吧，别人都说了怎么算某个量，你还问。别人让你看上面写的，你又回复俩字"不会"......是不是大家都得求着你认真看一下别人说了什么啊......

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2021-11-17 10:50

snljty 发表于 2021-11-16 22:18
楼主都说了不提供了......之前也是你吧，别人都说了怎么算某个量，你还问。别人让你看上面写的，你又回复 ...

真是难~
比如上面的那些报错，什么python中没有这个模块等等，这也和计算转移积分没关系啊？难不成python提示没有numpy就不会去解决这个问题了。

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2021-11-17 10:51
麻烦sob老师@sobereva 把这个帖子给删了吧，毕竟以后也没有code提供下载了~
麻烦sob老师了~

作者
Author: 透月清心 时间: 2021-11-17 21:44
我之前的不会和程序本身无关啊

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-11-17 23:29

透月清心发表于 2021-11-17 14:44
我之前的不会和程序本身无关啊

但是不认真看帖这个问题，你确实犯了两次。准确来说是三次，因为你甚至没有仔细看snljty的帖，snljty本来也没说你之前不会和程序本身有关

作者
Author: vverawei 时间: 2021-12-8 11:23
楼主您好，请问为什么看不见PDF了呀？

作者
Author: snljty 时间: 2021-12-8 15:51

vverawei 发表于 2021-12-8 11:23
楼主您好，请问为什么看不见PDF了呀？

楼主撤掉了，之前在1楼说明后请sob老师屏蔽了。

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-6-21 15:09
请问这个帖子显示屏蔽了在哪里还可以看到？

作者
Author: qinming 时间: 2023-10-11 13:29
内容看不到了，咋办，谁有可以发我一份吗？谢谢

作者
Author: qinming 时间: 2023-10-20 14:44
老师我想问一下，我在计算双体的时候，错误原因是iop识别不出来
# M06-2X/6-31g(d,p) nosymm punch=mo iop(3/33=1) pop=full scrf=(cpcm,solvent=dichloromethane)

作者
Author: wwy000416 时间: 2025-3-25 16:41
这个文件还有吗博主，刚好要计算转移积分

作者
Author: cokie 时间: 2025-3-25 19:13

Theor_Comp 发表于 2020-8-13 16:20
dimer也是直接用晶体结构中的构型，不用优化吗？非常感谢

不用

作者
Author: Stardust0831 时间: 2025-3-25 22:46

wwy000416 发表于 2025-3-25 16:41
这个文件还有吗博主，刚好要计算转移积分

cp2k、amesp等软件也都可以计算电荷转移积分（或者叫电子耦合）。直接用现成的功能就行。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)