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标题: 如何验证vaspsol是否编译成功 [打印本页]

作者
Author: 小书童 时间: 2018-11-10 18:55
标题: 如何验证vaspsol是否编译成功
本帖最后由小书童于 2018-11-10 19:33 编辑

首先，如何验证vaspsol是否编译成功呢？在OUTCAR中会有什么关键词提示吗？
第二，对于vasosol的使用上，USAGE.md上说首先要 Do a vacuum calculation for your system然后存储波函数文件，这具体应该怎么操作呢？
第三，cavitation energy 这是指什么呢？
还望懂得的前辈们指点下，多谢多谢。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-11-10 23:13
本帖最后由卡开发发于 2018-11-10 23:16 编辑

1、我没用过这个东西，但看了下例子https://github.com/henniggroup/VASPsol/blob/master/examples/CO/Solvation/INCAR
例子里面开了：
LSOL = .TRUE.
EB_K = 80
之后OSZICAR（https://github.com/henniggroup/V ... lvation/OSZICAR.ref）的显示除了DAV还有SOL。
2、真空计算的时候LWAVE = .TRUE.（这已经是默认的了，所以不用写），然后做溶剂化计算的时候开启ISTART=1
3、http://sobereva.com/42

作者
Author: F凌兰 时间: 2019-3-23 23:25
您好，我刚使用VASP，想请教一下VASPsol在服务器上如何编译，服务器是天津超算，谢谢

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2019-3-24 13:36

F凌兰发表于 2019-3-23 23:25
您好，我刚使用VASP，想请教一下VASPsol在服务器上如何编译，服务器是天津超算，谢谢

首先确认可以正常编译原版的vasp，下载：
https://github.com/henniggroup/VASPsol/blob/master/src/solvation.F
再重新编译就行了。方法如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 81)

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2019-3-24 13:37
本帖最后由啦啦黑还黑于 2019-3-24 13:40 编辑

成功编译后INCAR只需要加LSOL = T就是水溶液的溶剂化。OSZICAR里能看到每一步电子步都有一步溶剂化的计算：

N E dE d eps ncg rms rms(c)
SOL: 1 -0.27575E+00 0.32189E-01 -0.24356E+00 109
RMM: 1 -0.145388318781E+02 -0.14539E+02 -0.46978E-01 826 0.253E+00 0.609E-01
SOL: 2 -0.30548E+00 0.32137E-01 -0.27334E+00 98
RMM: 2 -0.145312080255E+02 0.76239E-02 -0.36526E-02 891 0.104E+00 0.287E-01
SOL: 3 -0.34279E+00 0.31882E-01 -0.31091E+00 100
RMM: 3 -0.145346598726E+02 -0.34518E-02 -0.19833E-02 956 0.790E-01 0.177E-01
SOL: 4 -0.38999E+00 0.31644E-01 -0.35834E+00 102
RMM: 4 -0.145356933928E+02 -0.10335E-02 -0.12221E-02 871 0.630E-01 0.131E-01
SOL: 5 -0.42000E+00 0.31572E-01 -0.38843E+00 99
RMM: 5 -0.145346100972E+02 0.10833E-02 -0.63980E-03 984 0.444E-01 0.545E-02
SOL: 6 -0.43956E+00 0.31622E-01 -0.40794E+00 98
RMM: 6 -0.145349081511E+02 -0.29805E-03 -0.31742E-03 742 0.344E-01 0.477E-02

复制代码

换其他溶剂需要查表换EB_k, SIGMA_K, NC_K, TAU这些参数，
主要的就是介电常数：EB_k，vaspsol默认的是水，用的78.4

作者
Author: F凌兰 时间: 2019-3-26 11:27

啦啦黑还黑发表于 2019-3-24 13:36
首先确认可以正常编译原版的vasp，下载：
https://github.com/henniggroup/VASPsol/blob/master/src/sol ...

好的，非常感谢

作者
Author: yaoyaoy 时间: 2019-9-6 10:27
您好，请问一下我调用了vasp.5.4.1.sol计算得到的OSZICAR里还是只有DAV行，没有新的SOL行，您知道这是什么原因吗？

作者
Author: 下午茶 时间: 2020-1-6 21:49

啦啦黑还黑发表于 2019-3-24 13:36
首先确认可以正常编译原版的vasp，下载：
https://github.com/henniggroup/VASPsol/blob/master/src/sol ...

您给的连接我没找到下载的地方，麻烦您能发我一份吗？

作者
Author: Hassan 时间: 2020-1-13 16:40

下午茶发表于 2020-1-6 21:49
您给的连接我没找到下载的地方，麻烦您能发我一份吗？

https://github.com/henniggroup/VASPsol

其实5楼那个链接返回就是他了

作者
Author: Phospherus 时间: 2020-3-11 21:08

啦啦黑还黑发表于 2019-3-24 13:37
成功编译后INCAR只需要加LSOL = T就是水溶液的溶剂化。OSZICAR里能看到每一步电子步都有一步溶剂化的计算： ...

请问前辈SIGMA_K, NC_K, TAU这些参数该去哪里查呢？我只加EB_K算出来的结果和不考虑溶剂的有几十个eV，明显不符实际情况。另外，考虑溶剂模型就是做了一遍静态自洽，请问我的理解对吗？

作者
Author: 郑明 时间: 2020-6-19 15:11

啦啦黑还黑发表于 2019-3-24 13:37
成功编译后INCAR只需要加LSOL = T就是水溶液的溶剂化。OSZICAR里能看到每一步电子步都有一步溶剂化的计算： ...

请教一下，如何换其他溶剂？是改变介电常数就可以吗？

作者
Author: liutianyang0531 时间: 2020-7-27 10:14

Phospherus 发表于 2020-3-11 21:08
请问前辈SIGMA_K, NC_K, TAU这些参数该去哪里查呢？我只加EB_K算出来的结果和不考虑溶剂的有几十个eV，明 ...

你好前辈想问一下之前你的这个问题解决了吗，这些参数该怎么设定呢，手册上完全没有

作者
Author: 筱苒儿 时间: 2021-3-24 22:42

啦啦黑还黑发表于 2019-3-24 13:37
成功编译后INCAR只需要加LSOL = T就是水溶液的溶剂化。OSZICAR里能看到每一步电子步都有一步溶剂化的计算： ...

您好，想就此请教您一下，对于非水溶剂，SIGMA_K, NC_K, TAU这几个参数怎么设置呢，期待您的回复，万分感谢

作者
Author: 筱苒儿 时间: 2021-3-24 22:43

Phospherus 发表于 2020-3-11 21:08
请问前辈SIGMA_K, NC_K, TAU这些参数该去哪里查呢？我只加EB_K算出来的结果和不考虑溶剂的有几十个eV，明 ...

您好，关于非水溶剂，SIGMA_K, NC_K, TAU这几个参数您知道在哪里可以查到了吗

作者
Author: Penson 时间: 2021-3-28 18:06

yaoyaoy 发表于 2019-9-6 10:27
您好，请问一下我调用了vasp.5.4.1.sol计算得到的OSZICAR里还是只有DAV行，没有新的SOL行，您知道这是什么 ...

我在超算上编译的也是这样，只有刚开始OSZICAR出现了一行SOL

作者
Author: Penson 时间: 2021-3-29 13:11

Penson 发表于 2021-3-28 18:06
我在超算上编译的也是这样，只有刚开始OSZICAR出现了一行SOL

算了十行左右，然后开始交替出现SOL行了

(, 下载次数 Times of downloads: 62)

作者
Author: Ysrpyy 时间: 2021-8-16 19:41
我vaspsol编译后在OSZICAR中SOL有的隔好几行出现一次，这是为什么？

作者
Author: 路人甲 时间: 2021-8-21 10:55

啦啦黑还黑发表于 2019-3-24 13:37
成功编译后INCAR只需要加LSOL = T就是水溶液的溶剂化。OSZICAR里能看到每一步电子步都有一步溶剂化的计算： ...

刘博，您好。请教一下。加溶剂化是只需要在结构优化的时候加吗。计算一些电子结构的时候，比如bader，elf，density这些需要加溶剂化吗

作者
Author: 路人甲 时间: 2021-8-21 10:57

啦啦黑还黑发表于 2019-3-24 13:37
成功编译后INCAR只需要加LSOL = T就是水溶液的溶剂化。OSZICAR里能看到每一步电子步都有一步溶剂化的计算： ...

刘博，您好。请教一下。加溶剂化是只需要在结构优化的时候加吗。计算一些电子结构的时候，比如bader，elf，density这些需要加溶剂化吗

作者
Author: 是aweia 时间: 2022-3-7 17:30

啦啦黑还黑发表于 2019-3-24 13:37
成功编译后INCAR只需要加LSOL = T就是水溶液的溶剂化。OSZICAR里能看到每一步电子步都有一步溶剂化的计算： ...

您好 vasp6.x.x版本仍然适用上述方法么

作者
Author: 种花家的蓝兔 时间: 2022-3-30 19:24

啦啦黑还黑发表于 2019-3-24 13:37
成功编译后INCAR只需要加LSOL = T就是水溶液的溶剂化。OSZICAR里能看到每一步电子步都有一步溶剂化的计算： ...

您好，我在vasp5.4.4版本上编译vaspsol，进行.F文件的替换和在.include文件里加入-Dsol_compat，然后make，没显示报错，但是测试的时候OSZICAR并没有出现SOL这一行，请问是啥原因呢？

作者
Author: wang5360848 时间: 2023-4-1 20:20

种花家的蓝兔发表于 2022-3-30 19:24
您好，我在vasp5.4.4版本上编译vaspsol，进行.F文件的替换和在.include文件里加入-Dsol_compat，然后make ...

请问你最后解决这个问题了吗，我也是这个问题。

作者
Author: 种花家的蓝兔 时间: 2023-4-19 21:54

wang5360848 发表于 2023-4-1 20:20
请问你最后解决这个问题了吗，我也是这个问题。

可能需要改bin目录里编译好的文件名，类似于我把bin目录下的vasp_std改为vasp之后，提交作业的命令里也相应改为vasp

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