计算化学公社

标题: 荧光激发计算第四步最后两行的坐标？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-19 19:13
标题: 荧光激发计算第四步最后两行的坐标？
用gaussian计算分子的发射荧光光谱，但第4步，最后两行是平面分子改动二面角后的坐标，这里有两个问题？
1）是第二步优化之后的分子，然后手动改变任意二面角之后，坐标拷贝到第4步gjf的后面吗？
2) 第4步最下面2行，分子坐标好像不是笛卡尔坐标？那用Gview生成什么坐标拷贝上去？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-19 19:17
没必要效仿手册。那个目仅仅是为了破坏结构的对称性，免得继续优化后维持原先的对称性而达不到实际极小点。
你只需要把上一步的结构随便扭转个二面角破坏平面对称即可。

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-19 19:34
本帖最后由 lao7 于 2015-5-19 19:38 编辑

sobereva 发表于 2015-5-19 19:17
没必要效仿手册。那个目仅仅是为了破坏结构的对称性，免得继续优化后维持原先的对称性而达不到实际极小点。 ...

真及时，谢谢回复，我没有完全明白你的意思。
我所知道的是，把第2步优化好的文件，稍微扭动一下任意四个相邻原子的二面角，但是接下来的问题是：应该是把扭曲二面角分子的笛卡尔坐标文件替换到第4步的最后两行吗？
ps:请帮助删除其他几个重复发送，网络卡机了，重复点提交出现此类问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-19 20:34
扭动一下二面角，保存成一个新的输入文件，然后把里面的坐标替换到所谓的第4步

PS：第几步什么的...很多人都这么说，感觉高斯手册的例子也真是害人不浅，看来必须写个帖子把这个问题彻底从头到尾明确一下了

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-19 20:45
本帖最后由 lao7 于 2015-5-20 09:10 编辑

sobereva 发表于 2015-5-19 20:34
扭动一下二面角，保存成一个新的输入文件，然后把里面的坐标替换到所谓的第4步

PS：第几步什么的...很多 ...

谢谢！我把第二步搞优化后的分子，改变任意相邻四个原子的二面角，拷贝笛卡尔坐标的新坐标文件，替换第四步的最后两行，报错。 PS. 如果分子没有对称性，后面的两行坐标文件能否省略？

请你写个帖子吧，高斯的说明书，太难搞了。我把gjf文件发给你，看看你逐步完成，给大家做个案例吧！
还有，你的书尽快写，写好之后，如果适合，我给学生上课做教材用。这个研究手段需要向下普及一下，把量化和其他学科很好地结合一下。
你的工作做的很出色，比绝大多数教授都强！认真最好自己的事情就好了。其他不要有任何精神负担！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-19 22:38
手册里scrf那个第四步是要算激发态，但你的这个文件只是算基态。

先别管手册第几步第几步，就先确定当前要算什么。

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-20 09:10

sobereva 发表于 2015-5-19 22:38
手册里scrf那个第四步是要算激发态，但你的这个文件只是算基态。

先别管手册第几步第几步，就先确定当前 ...

这是感觉高斯手册做到的第四步。请查看！谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-20 17:21
那么多关键词都是多余的而且有害无益，只需要写B3LYP/6-31+G(d,p) TD scrf opt足矣，这就是水溶剂下对激发态优化。

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-22 15:58

sobereva 发表于 2015-5-20 17:21
那么多关键词都是多余的而且有害无益，只需要写B3LYP/6-31+G(d,p) TD scrf opt足矣，这就是水溶剂下对激发 ...

谢谢！在你的帮助下，我已经解决了这个问题。
ps：所谓的高斯荧光计算第四步，改变分子结构的二面角？是任意改变任何一个二面角吗？改变程度有无要求？例如原本180度的二面角改变成130度。
谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-22 18:27

lao7 发表于 2015-5-22 15:58
谢谢！在你的帮助下，我已经解决了这个问题。
ps：所谓的高斯荧光计算第四步，改变分子结构的二面角？是 ...

随便改变一个二面角就行了。原先的体系是Cs对称的，但是激发态的对称性不是Cs，所以如果你不人为扰动一下结构破坏Cs对称性的话对称性会一直在激发态优化过程中维持，导致找不到实际的激发态极小点结构。
怎么扰动是很随意的。

作者
Author: lao7 时间: 2015-5-24 09:56

sobereva 发表于 2015-5-22 18:27
随便改变一个二面角就行了。原先的体系是Cs对称的，但是激发态的对称性不是Cs，所以如果你不人为扰动一下 ...

谢谢回复！我发觉改变二面角之后，计算所耗费的时间很长，一个30多个原子的小有机分子，普通优化频率计算一天完成，但进行发射光谱计算，第四步改变二面角计算时，三天还在仍旧计算，不知是否正常？人为改变二面角，还能达到优化能量的最低值吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-24 10:27

lao7 发表于 2015-5-24 09:56
谢谢回复！我发觉改变二面角之后，计算所耗费的时间很长，一个30多个原子的小有机分子，普通优化频率计算 ...

你看看优化了多少步了。
激发态优化耗时远远高于基态优化。
你调整二面角只是设个没有对称性的初猜，优化完了该是什么样就是什么样。

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