计算化学公社

标题: vmd显示分子问题 [打印本页]

作者
Author: wasngsimin 时间: 2018-11-15 15:33
标题: vmd显示分子问题
各位老师，我有几个问题想问一下：1.vmd显示分子的时候，发现有的甲烷上只连了两个碳原子，有的水分子上只连了一个氧原子，这是为什么呢？应该怎么解决啊？2.在用vmd显示距离某一个分子一定半径范围内的原子的时候，能不能不显示散落的原子，就是可能是有的分子只有一个或两个原子出现在了这个分子周围一定半径内，vmd就只显示了这几个原子，那能不能不显示呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-15 16:45
1 成键判断问题。距离太远就不当成成键了。可以用dynamics bond方式显示，可以设距离阈值
2 用same fragment as {within ...}，使得分子保持完整，此视频利用了这点：
基于分子晶体cif文件抠出分子团簇结构
https://www.bilibili.com/video/av35864488/

作者
Author: wasngsimin 时间: 2018-11-15 17:23

sobereva 发表于 2018-11-15 16:45
1 成键判断问题。距离太远就不当成成键了。可以用dynamics bond方式显示，可以设距离阈值
2 用same fragme ...

sob老师，您说的方法我试了，确实可以。但其实问题2我是想问怎么不显示散落的原子，不是显示完整的分子，不知道您有什么好的方法？

作者
Author: wasngsimin 时间: 2018-11-15 17:49
本帖最后由 wasngsimin 于 2018-11-15 17:52 编辑

wasngsimin 发表于 2018-11-15 17:23
sob老师，您说的方法我试了，确实可以。但其实问题2我是想问怎么不显示散落的原子，不是显示完整的分子， ...

我懂了 sob老师把距离调小就可以了谢谢您！刚才脑子没转过来

作者
Author: 三三33 时间: 2019-9-16 15:22

wasngsimin 发表于 2018-11-15 17:49
我懂了 sob老师把距离调小就可以了谢谢您！刚才脑子没转过来

请问您图中虚线是如何显示的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-17 03:31

三三33 发表于 2019-9-16 15:22
请问您图中虚线是如何显示的呢

VMD自带的Hbond的drawing method

作者
Author: 三三33 时间: 2019-9-17 11:10

sobereva 发表于 2019-9-17 03:31
VMD自带的Hbond的drawing method

谢谢老师

作者
Author: 八力八力卜 时间: 2024-8-21 18:48
请问怎么用vmd选择的这些距离某分子特定距离的原子啊

作者
Author: sobereva 时间: 2024-8-22 01:30

八力八力卜发表于 2024-8-21 18:48
请问怎么用vmd选择的这些距离某分子特定距离的原子啊

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: 八力八力卜 时间: 2024-8-22 13:45

sobereva 发表于 2024-8-22 01:30
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

好的谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)