计算化学公社

标题: 请教液体粘度与氢键关系等问题 [打印本页]

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-11-15 18:07
标题: 请教液体粘度与氢键关系等问题
老师、朋友们大家好我想请教大家一个问题，一般能够形成氢键的溶剂，粘度会较大；比如乙醇的粘度会比丙三醇的小。gromacs计算粘度比较复杂，我可以用扩散系数来间接表征体系粘度；但是我算出来我的体系氢键数目越多、扩散系数越大（粘度小）。
当然，溶液粘度和氢键有存在“正比关系”，但是，不是“氢键数目多，粘度大”。
所以，我想请问大家，我计算出来的“氢键数目越多，粘度越小”是否可信？（本人坚定认为自己计算过程无误

）
大家是否有类似的情况，有没有参考文献推荐的？
拜托拜托！

作者
Author: Graphite 时间: 2018-11-15 18:32
1，粘度和分子间相互作用有关系，不仅仅是氢键；如果集中关注氢键，也至少该包含氢键的数目和强度。
2，谷歌学术输入viscosity hydrogen bond等关键词能查到一堆，例如：Relationship between hydrogen bond and viscosity for a series of pyridinium ionic liquids: Molecular dynamics and quantum chemistryhttps://doi.org/10.1016/j.molliq.2018.01.121

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-11-15 18:39

Graphite 发表于 2018-11-15 18:32
1，粘度和分子间相互作用有关系，不仅仅是氢键；如果集中关注氢键，也至少该包含氢键的数目和强度。
2，谷 ...

谢谢您的回答。请问您，怎么理解氢键强度呢？
我的理解：
1. 一方面OH...O应该大于OH...N；因为O的电负性比N大。
2. 另一方面，氢键数目越多，那么体系氢键强度越大。
怎么量化这个“强度”呢？

作者
Author: Graphite 时间: 2018-11-15 19:00

虔诚的人发表于 2018-11-15 18:39
谢谢您的回答。请问您，怎么理解氢键强度呢？
我的理解：
1. 一方面OH...O应该大于OH...N；因为O的电负 ...

1，具体问题具体分析，没有谁一定强谁一定弱。可以用Multiwfn分析非共价相互作用，这方面的功能、用法很多，可以先看手册，再自己选择合适的方法。
2，有不少文献都涉及尝试用某种方法、函数描述氢键的强弱。例如有人考察氢键临界点的电子密度。
3，可以参考2楼的文献，或者自己谷歌搜索这方面的研究。

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-11-15 19:21

Graphite 发表于 2018-11-15 19:00
1，具体问题具体分析，没有谁一定强谁一定弱。可以用Multiwfn分析非共价相互作用，这方面的功能、用法很 ...

谢谢您！我自己下去好好学习一下吧。

作者
Author: wei 时间: 2018-11-17 08:16
有没有考虑分子内氢键的影响？如果你的体系可以形成分子内的氢键，阻碍了它和别的分子形成分子间的氢键，也会使得粘度及扩散系数增加。

作者
Author: 虔诚的人 时间: 2018-11-19 19:18

wei 发表于 2018-11-17 08:16
有没有考虑分子内氢键的影响？如果你的体系可以形成分子内的氢键，阻碍了它和别的分子形成分子间的氢键，也 ...

谢谢您的回答。我考虑过的。我的体系，无分子内氢键。

作者
Author: 二饼妹 时间: 2021-12-8 11:24

虔诚的人发表于 2018-11-19 19:18
谢谢您的回答。我考虑过的。我的体系，无分子内氢键。

请问怎样判断自己的体系内无分子内氢键呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 02:39

二饼妹发表于 2021-12-8 11:24
请问怎样判断自己的体系内无分子内氢键呢？

VMD直接就有H-bond的drawing method，恰当设定阈值，直接肉眼就能判断

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