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标题: gaussian+pysoc计算Tn<SOC>Sn报错 [打印本页]

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-11-18 19:36
标题: gaussian+pysoc计算Tn<SOC>Sn报错
本帖最后由 xaomidaxue 于 2018-11-18 20:01 编辑

最近研究有机铱配合物，需要计算Tn<SOC>Sn，看到了sober老师关于gaussian+pysoc的帖子，学会了许多东西。
现在有个疑问想请教一下：
我在计算有机物CHONS体系时，用gaussian+pysoc是没有问题的，pysoc.out能够输出相关信息。
但是我在计算铱配合物体系的时候，出现报错（见附件pysoc.out）,我用gaussian计算TDDFT关键词如下：
%chk=M7-S0-pysoc.chk
%rwf=gaussian.rwf
%mem=32GB
%nprocs=24
# b3lyp/def2TZVP td=(50-50,nstates=10) 6D 10F nosymm GFInput

这里我对CHON和Ir都用的是def2TZVP基组，将molsoc0.1_3.exe改成molsoc0.1.exe
得到gaussian.rwf和gaussian.log，查看显示计算正常结束。然后将init.py和gaussian.rwf和gaussian.log同一个目录下，S1和T1改成1~10.
输入pysoc.py > pysoc.out结果显示如附件报错，我是参考sober http://sobereva.com/411中的  实例2：计算Os配合物的单-三重态间的旋轨耦合矩阵元来操作的。
不知道错在哪里了，因此特请教一下相关研究的老师，谢谢！
桌面显示如下：
[root@mu01 M7-S0-pysoc.gjf]# pysoc.py > pysoc.out &
[1] 2992
[root@mu01 M7-S0-pysoc.gjf]# Traceback (most recent call last):
  File "/opt/pysoc/bin/soc.py", line 522, in <module>
s_matr = read_file('molsoc_overlap.dat', 'AO_overlap', nt, 0)
  File "/opt/pysoc/bin/soc.py", line 40, in read_file
with open(filein, 'r') as f:
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'molsoc_overlap.dat'
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 171, file /home/momap/photophysics/pysoc/test/M7-
S0-pysoc.gjf/soc_td_input.datImage             PC             Routine          Line       Source
soc_td          000000000041C386  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          000000000042832B  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          00000000004086DB  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000402D1E  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000402CCE  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       00002B08EAA690BD  Unknown             Unknown  Unknown
soc_td          0000000000402BD9  Unknown             Unknown  Unknown

作者
Author: blueyangliu 时间: 2018-11-19 09:49
No such file or directory: 'molsoc_overlap.dat'
forrtl: No such file or directory
缺文件，也可能是没权限

作者
Author: ggdh 时间: 2018-11-19 12:42

blueyangliu 发表于 2018-11-19 09:49
No such file or directory: 'molsoc_overlap.dat'
forrtl: No such file or directory
缺文件，也可能是 ...

是molsoc 运行失败，导致没有产生molsoc_overlap.dat这个文件

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-11-20 08:48

ggdh 发表于 2018-11-19 12:42
是molsoc 运行失败，导致没有产生molsoc_overlap.dat这个文件

但是同样的我用Irppy3按照帖子计算的结果却能计算出来，没有报错。。。感到不可思议

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-11-20 08:56

ggdh 发表于 2018-11-19 12:42
是molsoc 运行失败，导致没有产生molsoc_overlap.dat这个文件

非常感谢，可能是饿哦的molsoc.exe没有设置对，我把molsoc0.1_3.exe设置为默认的exe了。

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2018-11-20 15:28

xaomidaxue 发表于 2018-11-20 08:56
非常感谢，可能是饿哦的molsoc.exe没有设置对，我把molsoc0.1_3.exe设置为默认的exe了。

谢谢！结果不行，我计算Ir（ppy）3就没有问题，我觉得最大可能是我的g09计算有问题，虽然我的g09计算安装sober的贴子关键词计算正常结束，但是对氢原子用了iso。我再试试

作者
Author: simonlui 时间: 2022-1-8 12:44
老哥你后来解决了问题吗，我也遇到这个报错==

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-8 14:00

simonlui 发表于 2022-1-8 12:44
老哥你后来解决了问题吗，我也遇到这个报错==

如今问这个没意义
用ORCA做SOC-TDDFT比Gaussian+PySOC强百倍，仔细看
使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱
http://sobereva.com/462（http://bbs.keinsci.com/thread-12114-1-1.html）

作者
Author: simonlui 时间: 2022-1-8 15:09

sobereva 发表于 2022-1-8 14:00
如今问这个没意义
用ORCA做SOC-TDDFT比Gaussian+PySOC强百倍，仔细看
使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩 ...

谢谢老师，我学习一下。

作者
Author: joaojp 时间: 2022-6-19 22:00
早上好你好嗎？

你能幫我解決關於 pysco+gaussian09 的疑問嗎？

我遇到以下錯誤：

-------------------------------------------------- -------------------------
  *** 自旋軌道計算 ***

  埃幾何
  受限的 MO
  球形 MO 的係數
  使用 Z_eff 進行單電子 SOC 計算
  偶極矩分量

  超出的砲彈數量。
  在 parameter.h 中增加 PARAMETER MXSH 和
  重新編譯
-------------------------------------------------- ----------------------

我怎麼解決這個問題？

作者
Author: abin 时间: 2022-6-20 09:37

joaojp 发表于 2022-6-19 22:00
早上好你好嗎？

你能幫我解決關於 pysco+gaussian09 的疑問嗎？

https://www.bilibili.com/video/BV14Y4y1s76z

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