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标题: VASP计算时间及核数选取求教 [打印本页]

作者
Author: 薛定谔的老猫 时间: 2018-11-19 10:28
标题: VASP计算时间及核数选取求教
各位老师好，最近我在做一个团簇的吸收光谱计算，目前在用VASP进行加了赝氢的结构优化，但是我花费了将近5天时间了，但是还没计算结束，我的体系电子数通过查看后为672，INCAR输入如下，我设置了16个核进行计算，我猜想是因为我BOX设置的为35A的原因么？非常感谢，当然对于吸收光谱计算，有前辈可以分享经验的也非常感谢。（KPOINT我只取了GAMMA点）
SYSTEM = CdS opt
PREC = Accurate
EDIFF = 1e-5
IBRION = 2
ISYM = 0
ISIF = 2
NSW = 500
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.05
LREAL = .Auto.
LCHARG = .F.
LWAVE = .F.
POTIM = 0.05
NPAR = 4
GGA=PE

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-11-19 11:57
1、仅Gamma点的情况可以用Gamma版本的VASP，这样速度能快一些。
2、如果你的团簇确实要很大的盒子才能装得下，平面波的效率就确实很低，盒子的大小和FFT的格点数目是直接相关的，35A确实是很大的格子。
3、吸收谱计算我没啥经验，不过含过渡金属的吸收谱用GGA级别算到底有多可靠呢？

作者
Author: 薛定谔的老猫 时间: 2018-11-19 12:13

卡开发发发表于 2018-11-19 11:57
1、仅Gamma点的情况可以用Gamma版本的VASP，这样速度能快一些。
2、如果你的团簇确实要很大的盒子才能装得 ...

通过一些文献记载还是双杂化比较靠谱，我用GGA主要用来优化结构，我在考虑是否可以减小格子的大小，或者做个收敛性测试？现在的问题就比较尴尬。表面悬空键又不能不处理，不处理，结构优化都办不到，处理了就需要加赝氢，目前我就知道VASP和Castep，而且Castep比VASP还慢，蛋疼啊。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-11-19 15:02

薛定谔的老猫发表于 2018-11-19 12:13
通过一些文献记载还是双杂化比较靠谱，我用GGA主要用来优化结构，我在考虑是否可以减小格子的大小，或者 ...

格子大小是可以做收敛性测试的，必要的话可以把偶极修正也打开（注意电中性）。对你的体系我不是很了解。

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2018-11-19 15:32
团簇模型强烈不建议用周期性程序算。不但浪费了大量计算量在真空层，而且准确性和后续分析都和gaussian orca等分子程序没法比。

作者
Author: 薛定谔的老猫 时间: 2018-11-19 15:49

啦啦黑还黑发表于 2018-11-19 15:32
团簇模型强烈不建议用周期性程序算。不但浪费了大量计算量在真空层，而且准确性和后续分析都和gaussian orc ...

是的啊，可是对于表面的悬空键您是否有好的解决办法呢？

作者
Author: 薛定谔的老猫 时间: 2018-11-19 16:01

卡开发发发表于 2018-11-19 15:02
格子大小是可以做收敛性测试的，必要的话可以把偶极修正也打开（注意电中性）。对你的体系我不是很了解。

我的体系主要是Cd和S形成的类似于团簇的分子，结构类似于球状，表面分布着Cd，所以对于Cd的钝化的考虑，才想用VASP计算，不考虑钝化我就用Gaussian算了，而且我查阅过一些文献，文献中提及对于Cd需要用赝氢（价电子为1.5e）来钝化，若采用有机配体可能存在电荷不平衡和 trap state。目前对于赝氢钝化我还有一些疑虑，比如对于Cd我看到文献中是根据四配位原则，缺几个补上几个氢，我不确定这么做对不对？对于这种不大不小的体系，烦死啦。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2018-11-19 17:26

薛定谔的老猫发表于 2018-11-19 16:01
我的体系主要是Cd和S形成的类似于团簇的分子，结构类似于球状，表面分布着Cd，所以对于Cd的钝化的考虑， ...

赝氢应该只是个模型，到底多合理我不好说。如果真实的情况真的是个稳定的大团簇，难道不应该有表面态？若不稳定的情况下应该要么发生分解、重构亦或是被其他杂质覆盖等，这样也就很复杂了。

自由度大且无序度高的情况确实很难处理，即便能够优化出个结构也很难保证其他结构对体系的性质没贡献。

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