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标题: 求一个TIP3P.gro文件 [打印本页]

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-11-26 18:26
标题: 求一个TIP3P.gro文件
请教各位：
我正在用GROMACS 5.1.4生成水箱，箱子已经生成了，尺寸是30.7*30.7*30.7nm。
使用gmx solvate 向箱子中填充tip3p.gro，结果程序提示：

System I/O error:
Library file 'tip3p.gro' not found in current dir nor in the default directories.
The following paths were searched:
  /home/Secret/GMX/ace (current dir)
  /apps/gromacs514/share/gromacs/top (default)
You can set additional directories to search with the GMXLIB path variable.

查看/apps/gromacs514/share/gromacs/top文件夹下还有spc216.gro、tip4p.gro以及tip5p.gro
于是我改成tip4p.gro，结果水箱里塞了95万多个水分子（实际应该在2000左右）。
具体输出如下：

Output configuration contains 3820023 atoms in 955002 residues
Volume                :    28864.6 (nm^3)
Density             :    989.772 (g/l)
Number of SOL molecules:  955001

大家帮我看看是哪里出了问题，或者直接发给我tip3p.gro也行。
谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-26 18:29
用spc216.gro填充就完了

作者
Author: ra2ghgzh 时间: 2018-11-26 19:28

sobereva 发表于 2018-11-26 18:29
用spc216.gro填充就完了

谢谢sob老师
用spc216.gro好像也是很多个水分子

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-26 20:10

ra2ghgzh 发表于 2018-11-26 19:28
谢谢sob老师
用spc216.gro好像也是很多个水分子

本来solvate填充空盒子就应该用已经跑平衡的溶剂盒子填充，而不是用单个分子结构文件来填充

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2019-3-1 16:31

sobereva 发表于 2018-11-26 20:10
本来solvate填充空盒子就应该用已经跑平衡的溶剂盒子填充，而不是用单个分子结构文件来填充

sob老师，如果想要填充TIP4PIce的水，能否直接采用GMX内置的TIP4P.gro，还是说需要修改M的位置，或者自己写一个TIP4PIce的gro文件。以及TIP4PIce的itp文件是不是也得自己根据文献进行修改。
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-1 18:16

zc_charles_li 发表于 2019-3-1 16:31
sob老师，如果想要填充TIP4PIce的水，能否直接采用GMX内置的TIP4P.gro，还是说需要修改M的位置，或者自己 ...

用内置的就可以
是

作者
Author: zc_charles_li 时间: 2019-3-1 19:18

sobereva 发表于 2019-3-1 18:16
用内置的就可以
是

再请问一下老师，内置的itp文件里，FLEXIBLE水分子的键、角的参数都有force.c.这一项，是要沿用tip4p的力常数，还是需要改成其他的参数，原文里面没有提到这个参数
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-1 19:39

zc_charles_li 发表于 2019-3-1 19:18
再请问一下老师，内置的itp文件里，FLEXIBLE水分子的键、角的参数都有force.c.这一项，是要沿用tip4p的力 ...

原文没提那就是用的刚性水模型，这个参数无所谓，不影响你用刚性模型时候的结果

作者
Author: CruiseBend 时间: 2020-12-28 11:26
老师好，如果我要使用tip3p模型，该如何使用呢，top文件夹中里面没有tip3p.gro的文件

作者
Author: sobereva 时间: 2021-1-2 20:12

CruiseBend 发表于 2020-12-28 11:26
老师好，如果我要使用tip3p模型，该如何使用呢，top文件夹中里面没有tip3p.gro的文件

三点水模型一律用spc216.gro建模

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