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标题: vasp 5.4.4 安装失败，求助！ [打印本页]

作者
Author: lannd 时间: 2018-11-28 11:20
标题: vasp 5.4.4 安装失败，求助！
本帖最后由 lannd 于 2018-11-28 11:28 编辑

我用intel-2017 编译器编译vasp.5.4.4，mkl mpi fftw 全都是用intel套装的。

编译后报错
mkdir build/std ; \
      cp src/makefile src/.objects makefile.include build/std ; \
      make -C build/std VERSION=std all
make[1]: Entering directory `/data2/work/phyjia/vasp/vasp.5.4.4/build/std'
rsync -ru ../../src/lib .
cp makefile.include lib
make -C lib -j1
make[2]: Entering directory `/data2/work/phyjia/vasp/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make libdmy.a
make[3]: Entering directory `/data2/work/phyjia/vasp/vasp.5.4.4/build/std/lib'
fpp -f_com=no -free -w0 preclib.F preclib.f90
mpiifort -O1 -free -names lowercase -c -o preclib.o preclib.f90
icc -O -c -o timing_.o timing_.c
icc -O -c -o derrf_.o derrf_.c
icc -O -c -o dclock_.o dclock_.c
fpp -f_com=no -free -w0 diolib.F diolib.f90
mpiifort -O1 -free -names lowercase -c -o diolib.o diolib.f90
fpp -f_com=no -free -w0 dlexlib.F dlexlib.f90
mpiifort -O1 -free -names lowercase -c -o dlexlib.o dlexlib.f90
fpp -f_com=no -free -w0 drdatab.F drdatab.f90
mpiifort -O1 -free -names lowercase -c -o drdatab.o drdatab.f90
mpiifort -O1  -c linpack_double.f
icc -O -c -o getshmem.o getshmem.c
rm -f libdmy.a
ar vq libdmy.a preclib.o timing_.o derrf_.o dclock_.o diolib.o dlexlib.o drdatab.o linpack_double.o getshmem.o
ar: creating libdmy.a
a - preclib.o
a - timing_.o
a - derrf_.o
a - dclock_.o
a - diolib.o
a - dlexlib.o
a - drdatab.o
a - linpack_double.o
a - getshmem.o
make[3]: Leaving directory `/data2/work/phyjia/vasp/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make[2]: Leaving directory `/data2/work/phyjia/vasp/vasp.5.4.4/build/std/lib'
rsync -ru ../../src/-liomp5 .
rsync: link_stat "/data2/work/phyjia/vasp/vasp.5.4.4/src/-liomp5" failed: No such file or directory (2)
rsync error: some files/attrs were not transferred (see previous errors) (code 23) at main.c(1039) [sender=3.0.6]
make[1]: *** [-liomp5] Error 23
make[1]: Leaving directory `/data2/work/phyjia/vasp/vasp.5.4.4/build/std'
make: *** [std] Error 2

这个错误非常奇怪，我根本就没有在make.include上用到-liomp5，而且“-liomp5”也很奇怪，应该显示libiomp5才对嘛，根本就没有“-liomp5"这个文件名。
而且用find命令搜索也没在vasp源代码找到 -liomp5字符串的文件

，vasp编译不容易呀。。。

下面是make.include

# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
         -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \
         -Duse_collective \
         -DscaLAPACK \
         -DCACHE_SIZE=4000 \
         -Davoidalloc \
         -Duse_bse_te \
         -Dtbdyn \
         -Duse_shmem

CPP       = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC       = mpiifort
FCL       = mpiifort -mkl=sequential -lstdc++

FREE    = -free -names lowercase

FFLAGS    = -assume byterecl -w
OFLAG    = -O2
OFLAG_IN = $(OFLAG)
DEBUG    = -O0

MKLROOT    = /home/phyjia/intel/compilers_and_libraries_2017.1.132/linux/mkl
MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS    =
LAPACK    =
BLACS    = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = -L$(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)

OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o \
         $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

INCS    =-I$(MKLROOT)/include/fftw

LLIBS    = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)

OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB = $(CPP)
FC_LIB    = $(FC)
CC_LIB    = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS = icpc

LIBS    += parser
LLIBS    += -Lparser -lparser -lstdc++

# Normally no need to change this
SRCDIR    = ../../src
BINDIR    = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC       = icc
CXX       = icpc
CFLAGS    = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC    := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
               -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
               -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC = $(I_MPI_ROOT)/include64/

这到底是咋回事呢

能source都source了
source /home/phyjia/intel/compilers_and_libraries_2017.1.132/linux/bin/compilervars.sh  intel64
source /home/phyjia/intel/compilers_and_libraries_2017.1.132/linux/bin/iccvars.sh intel64
source /home/phyjia/intel/compilers_and_libraries_2017.1.132/linux/bin/ifortvars.sh intel64
source /home/phyjia/intel/compilers_and_libraries_2017.1.132/linux/mkl/bin/mklvars.sh  intel64
source /home/phyjia/intel/compilers_and_libraries_2017.1.132/linux/mpi/bin64/mpivars.sh

作者
Author: lannd 时间: 2018-11-28 17:15
多多少少有点眉目了，src/makefile中有下面一行

$(LIB):
      rsync -ru $(SRCDIR)/$@ .

于是我添加echo命令

$(LIB):
      echo "$@"
      rsync -ru $(SRCDIR)/$@ .

输出的结果是
echo "-liomp5"
-liomp5
rsync -ru ../../src/-liomp5 .

本来$@代表的是lib，为什么突然冒出个-liomp5????????????????????????????????????????????

作者
Author: hakuna 时间: 2018-11-28 21:34
5.4.4和5.4.1应该没大区别，参考一下这个试试：
http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/vasp.5.4.1-vtst.htm

VASP编译时，error大都和lib有关，新版本的编译器不见得好用，没准2015版的编译器用起VASP来更方便

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2018-11-29 14:10
最近使用Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux套装安装VASP5.4.1+VTST，makefile.include文件几乎默认，没有任何问题，系统是centos7，楼主可以参考一下

作者
Author: abin 时间: 2018-11-29 15:00

dark_cosmos 发表于 2018-11-29 14:10
最近使用Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux套装安装VASP5.4.1+VTST，makefile.include文件几乎默认，没 ...

说的太对了。

用默认的，就能直接编译。
不晓得非要找一堆百度上推荐的垃圾资料，
导出乱改，导出乱抄，能正常编译才怪呢。

作者
Author: lannd 时间: 2018-11-29 19:34

dark_cosmos 发表于 2018-11-29 14:10
最近使用Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux套装安装VASP5.4.1+VTST，makefile.include文件几乎默认，没 ...

我终于找到原因了，原来编译完intel2017后多了环境变量
$LIBS=-liomp5 -lpthread，这个环境变量和vasp的makefile的变量冲突
直接unset LIBS，然后make什么问题都没有了！

作者
Author: lannd 时间: 2018-11-29 19:42
本帖最后由 lannd 于 2018-11-29 19:52 编辑

abin 发表于 2018-11-29 15:00
说的太对了。

用默认的，就能直接编译。

你说的好，网上误导人的资料太多了
特别是数据库Blas Lapack 其实根本不用填
本来要么 Blas Lapack ScaleLapack，要么Blacs ScaleLapack，后者的数据库依赖前者，
只是第一种方式效率比第二种方式低，基本被抛弃了。可是还有很多人把4个数据库全填了
搞笑死了

而且有了-mkl=sequential 就不用 -lmkl_sequential，因为都代表采用数学库串行计算不采用并行计算的意思，这样可以防止多种并行计算相互冲突导致计算效率降低。
最后还是放弃openmpi吧，因为非常容易各种兼容问题，本来intel套装什么都有了，就是瞎折腾别的把自己搞死了

作者
Author: lindlar 时间: 2018-11-29 22:20

lannd 发表于 2018-11-29 19:42
你说的好，网上误导人的资料太多了
特别是数据库Blas Lapack 其实根本不用填
本来要么 Blas Lapack S ...

确实是这样的，刚刚就被坑了

作者
Author: gsbear 时间: 2018-11-29 23:29
本帖最后由 gsbear 于 2018-11-30 01:04 编辑

同样编译VASP5.4.4
使用CentOS7 + Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux

直接source /opt/intel/bin/compilervars.sh -arch intel64
以后再make一切正常

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2018-11-30 02:10
补充楼上一点，除了source compilervars.sh，还要source mpivars.sh

source /opt/intel2018-4/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel2018-4/impi/2018.4.274/bin64/mpivars.sh intel64

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-4-27 09:17

dark_cosmos 发表于 2018-11-29 14:10
最近使用Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Linux套装安装VASP5.4.1+VTST，makefile.include文件几乎默认，没 ...

您好您提到的VTST 是不是要vasp能够运行成功就必须装这个

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2019-4-27 09:48

飞翔的猪发表于 2019-4-27 09:17
您好您提到的VTST 是不是要vasp能够运行成功就必须装这个

不是，VTST是VASP的过渡态工具，用到的时候在装也行

作者
Author: hewei8912 时间: 2019-11-14 10:40
能发我一份安装包吗 hewei8912@163.com谢谢

作者
Author: lyy2020 时间: 2020-7-16 13:35
可以发我一份VASP安装包么？2322529109@qq.com，感谢您。

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