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标题: 用Multiwfn做基于分子力场的能量分解结果分析求助 [打印本页]

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2018-11-29 18:40
标题: 用Multiwfn做基于分子力场的能量分解结果分析求助
之前有在论坛请教各位老师关于分子间弱相互作用分析的问题（http://bbs.keinsci.com/thread-11024-1-1.html），当时做了RDG图，因为没法定量分析，听取了老师们的意见，用了这个基于分子立场的能量分解分析（http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html），跟着Sob老师的帖子一步步算出了每部分的相互作用能量，我在文章里要用这个方法分析不同堆积方向的并五苯和ADT的弱相互作用区别，我觉得计算结果是说明主要是色散作用为主（pi-pi stacking）,对应那个RDG图的绿色部分吧，这个能量分解分析和RDG图可以一起说明。对于repulsion,这个排斥力，我不清楚怎么分析他们的大小差异原因
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这里想请教各位老师，
1. 这个排斥力，和RDG图里的红色spike是对应的对吧，当时李老师给解答指出分别是苯环中心和噻吩环的强位阻，所以我的分析可以说因为ADT比并五苯多了一部分的噻吩环的位阻，所以repulsion会大一点吗？还是说同样的苯环和噻吩环，他们的位阻本身就是噻吩环的大于苯环的？
2. 这个位阻差异的根本来源是什么呢，与噻吩上的S原子有关系吧，不知道怎么分析
3. 因为我的体系还有其他的我们自己的材料，这些是一个体系来的，那些材料没放上来，但是跟并五苯和ADT这一对是很类似的，我觉得这个能分析明白了，那些也是一样的道理。想解释他们的pi-pi stacking的强弱关系及原因的，我的思路是既然是弱相互作用分析，就把它分解，然后挨部分对比、得到差异的每个来源，再得出影响这个pi-pi堆积作用的因素。
我这个思路对吗？还想请问各位老师，提点建议。
这整个分析基本都是在用Multiwfn，看社长和大家的讨论在学习，感谢大家的帮助！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-29 23:06
要分清楚环内的分子间的互斥，讨论环内的互斥没有意义。
对于环内互斥，越小的环，在环中央互斥肯定越大，对应散点图里越靠右的spike
互斥作用可以按照原子对来分解分析，或者试图通过原子着色直观考察。

作者
Author: 万卷书万里路 时间: 2018-11-30 22:04

sobereva 发表于 2018-11-29 23:06
要分清楚环内的分子间的互斥，讨论环内的互斥没有意义。
对于环内互斥，越小的环，在环中央互斥肯定越大， ...

好的，谢谢老师！
我知道了讨论环内的互斥没有意义了，我是在分析这俩之间的pi-pi堆积作用时看到了排斥力的区别的。
我的目的是想知道，材料的结构是怎样影响了这个pi-pi作用（与电荷传输能力有关），做了这个能量分解分析以后发现其实dispersion反倒是ADT比并五苯大的，或者类似，但是由于这个ADT的repulsion更大，抵消了一部分dispersion,所以最后的总的dispersion是并五苯更强一点。
请问老师，这样理解对吗？
从结构上讲，该怎么解释呢？
谢谢！

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-1-8 11:06
用Multiwfn做基于分子力场的能量分解，这四个抠出来的片段还需要分别各自优化结构么？

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