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标题: 请问各位老师，如何用高斯算模板分子与不同单体之间的相互作用距离呢，有相关博文吗 [打印本页]

作者
Author: 大王雷 时间: 2018-11-30 11:41
标题: 请问各位老师，如何用高斯算模板分子与不同单体之间的相互作用距离呢，有相关博文吗
请问各位老师，如何用高斯算模板分子与不同单体之间的相互作用距离呢，有相关博文吗？

比如我想算在不同溶剂中DM与AM之间的相互作用距离，可以请问一下怎么操作吗？

(, 下载次数 Times of downloads: 60)                和
                     DM                                                                   CH2=CHCONH2
                                                                                                         AM

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-30 12:03
放在一起优化二聚体，然后用gview测量距离
如果你不知道怎么结合是最稳定的，可以用molclus搜索，看
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

如果不知道用什么级别优化合适，看
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

一般计算条件下，B3LYP-D3(BJ)/6-311G**优化这个就够了

作者
Author: 大王雷 时间: 2018-12-13 09:50

sobereva 发表于 2018-11-30 12:03
放在一起优化二聚体，然后用gview测量距离
如果你不知道怎么结合是最稳定的，可以用molclus搜索，看
使用 ...

老师您好，Guassion5.0版本的好像不能用DFT-D3，必须要Guassion9.0？请问老师有安装包吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-13 19:55

大王雷发表于 2018-12-13 09:50
老师您好，Guassion5.0版本的好像不能用DFT-D3，必须要Guassion9.0？请问老师有安装包吗？

从来就没有过5.0、9.0
别误拼Gaussian

作者
Author: 大王雷 时间: 2018-12-14 16:29
不好意思我写错了，也谢谢老师的解答，应该是gaussian view和gaussian 09，根据老师博文里写的，是把两个分子放进gaussian view里优化，同时启动gaussian09 写上EmpiricalDispersion=GD3BJ？再进行优化吗？看的不是很懂，请老师解答，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-14 19:11

大王雷发表于 2018-12-14 16:29
不好意思我写错了，也谢谢老师的解答，应该是gaussian view和gaussian 09，根据老师博文里写的，是把两个分 ...

那不叫gaussian view，而叫GaussView
gview里把两个分子摆到一起，如果化学直觉好，尽量摆得距离合适、朝向合适（这样更容易收敛、减少优化所需步数）。不是非得加色散校正，只有B3LYP之类完全描述不了色散作用的泛函算弱相互作用才必须加色散校正。我的博文都写得很易懂，一次读不明白就多读几遍。

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