计算化学公社

标题: 利用Fukui函数预测反应位点问题求助，谢谢各位老师 [打印本页]

作者
Author: Jameslzy 时间: 2018-11-30 15:57
标题: 利用Fukui函数预测反应位点问题求助，谢谢各位老师
Sob老师好，最近在学习您的用Fukui函数预测反应位点的帖子，有几个问题想向您请教一下：
1. 看您的帖子里面讲计算Fukui函数需要一个原始分子的wfn文件，另外还需要在此基础上增加一个电子和减少一个电子的两个分子wfn文件。现在我有一个过渡金属配合物结构，正常情况下是正一价的五重态分子，就是写输入文件的时候设定1 5。想问下老师在这种情况下我增加一个电子和减少一个电子的分子在计算时是否应该是将 0 2, 0 4, 0 6以及 2 2, 2 4， 2 6 这几种情况都计算一下选择能量最低的那一种进行后续计算呢？
2. 算出来的Fukui函数等值面有蓝色和绿色两种颜色，想问您一下是不是主要只看绿色等值面就可以，不用看蓝色等值面呢？3. 除了正常的Fukui函数外我还想计算您Multiwfn手册里提到的简缩Fukui函数，想问您一下这个简缩Fukui函数是不是就是单纯的N和N-1分子相同原子上的电荷相减就可以得到，而不需要用Multiwfn分析Fukui函数了呢？
4. 我还有一个有机分子，想判断几个不同环境的C，断裂C-H键时解离H-的难易程度，感觉也就是要判断不同环境C的碱性如何。想问您一下通过利用简缩Fukui函数求得的局域亲核指数（Nk=N*fk）可不可以从数量层面体现出两个C原子解离H-的难易程度？比如说，C1的亲核指数大于C2 就说明C1的亲核能力强，亲核能力强则说明易给出电子，碱性更强，那么是不是就可以认为C1断裂C-H键时更容易给出H-呢？如果用亲核指数判断不了的话能不能请问下老师有什么比较好的分析手段可以判断两个C原子的碱性强弱吗？
问题比较多，谢谢老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-30 19:14
1 你这种情况比较复杂，福井函数是否适合还不一定。你说的计算方式有道理，可以试试

2 应该看每个位点上福井函数的总量，即应该正值负值都加和考虑

3 是。不需要

4 福井函数和这个或许有相关性，但是更好的做法是考察H的原子核位置的静电势（扣除这个氢自己原子核的贡献），可以用Multiwfn的主功能1计算（涉及到第33号用户自定义函数，详见手册）。H的原子电荷与此问题也有直接相关性。相关讨论看我参与的这篇文章Journal of Computational Chemistry 2018, 39, 117–129

作者
Author: Jameslzy 时间: 2018-11-30 20:26

sobereva 发表于 2018-11-30 19:14
1 你这种情况比较复杂，福井函数是否适合还不一定。你说的计算方式有道理，可以试试

2 应该看每个位点上 ...

谢谢sob老师解答，我再好好拜读下您说的文献，思考下合适的方法来分析这个问题

作者
Author: Jameslzy 时间: 2018-11-30 22:06

sobereva 发表于 2018-11-30 19:14
1 你这种情况比较复杂，福井函数是否适合还不一定。你说的计算方式有道理，可以试试

2 应该看每个位点上 ...

老师好，刚才读了下您推荐的文献，看到里面说分子酸性与MEP紧密相关，感觉应该就是您说的静电势了。然后我看了下咱们Multiwfn手册发现里面算静电势有很多地方都有提及，有盆分析，分子表面分析等等。想问您一下我这个问题应该看咱们手册里具体哪个章节的计算比较合适，或者您是否有相关推荐的博文呢，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-1 01:32

Jameslzy 发表于 2018-11-30 22:06
老师好，刚才读了下您推荐的文献，看到里面说分子酸性与MEP紧密相关，感觉应该就是您说的静电势了。然后 ...

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作者
Author: Jameslzy 时间: 2018-12-1 09:43

sobereva 发表于 2018-12-1 01:32

谢谢sob老师回复，我去尝试一下

作者
Author: Jameslzy 时间: 2018-12-1 15:38

sobereva 发表于 2018-12-1 01:32

sob老师好，不好意思还要继续向您请教一下。我用了您说的方法，最后在user defined real space function 那里输出的结果是无穷大，下面还有几行ESP输出，不知道是不是可以看下面几行，还是说我这个分子不太适合用这种方法分析？
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还有一个问题，就是我理解了一下您说的这个静电势方法，我理解的是去掉一个氢质子然后考察这个位置的静电势，静电势越大就证明越难失去质子。然后想请教您一下，如果想考察的是失去氢负离子的能力还可以用您这个方法吗，可以设定为考察失去一个氢负离子后的静电势吗？
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-1 19:32

Jameslzy 发表于 2018-12-1 15:38
sob老师好，不好意思还要继续向您请教一下。我用了您说的方法，最后在user defined real space function ...

要么用的不是最新版本，要么就是没有严格按照幻灯片上的说明操作

氢负离子的离去难易程度直接算一下离去前后的自由能变化就知道了

作者
Author: Jameslzy 时间: 2018-12-2 09:29

sobereva 发表于 2018-12-1 19:32
要么用的不是最新版本，要么就是没有严格按照幻灯片上的说明操作

氢负离子的离去难易程度直接算一下离 ...

谢谢sob老师回复，我再仔细检查检查

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