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标题: 做dPCA分析求助 [打印本页]

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-5-22 14:44
标题: 做dPCA分析求助
最近在做一个Dihedral PCA分析,MD已经跑完,然后按着gromacs上的例子做,但是做到第三步
3. Make an index file, named as covar.ndx, which necessarily contains one group of atom 1 to integer(2*N/3), where N is the number of dihedral angles. For example, for a peptide of 5 dihedral angles, the contents of covar.ndx should be
[ foo ]
1 2 3 4
我对其中的where N is the number of dihedral angles不理解,这里的number是指我在top文件里的dihedral那一项的总数吗?怎么知道我的peptide一共有多少dihedral angles?

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-22 21:46
第二步的时候提示中会有There are xxx dihedrals... 应该是指的这个xxx数，这是在dPCA分析中实际涉及到的二面角数。未必top里定义的所有二面角都纳入dPCA分析。

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-5-27 09:10
谢谢sob

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-5-27 14:07

sobereva 发表于 2015-5-22 21:46
第二步的时候提示中会有There are xxx dihedrals... 应该是指的这个xxx数，这是在dPCA分析中实际涉及到的二 ...

sob老师，我做完第二步的时候出现了
Group    0 ( Phi=0.0_3_0.65) has  1488 elements
Group    1 ( Phi=0.0_0_0.00) has 936 elements
Group    2 ( Phi=0.0_1_0.84) has 120 elements
Group    3 ( Phi=0.0_2_0.84) has 120 elements
Group    4 ( Phi=0.0_3_1.67) has 232 elements
Group    5 (Phi=180.0_2_10.46) has 480 elements
Group    6 ( Phi=0.0_1_8.37) has 240 elements
Group    7 ( Phi=0.0_2_8.37) has 112 elements
Group    8 ( Phi=0.0_2_1.13) has 112 elements
Group    9 ( Phi=0.0_3_1.76) has 112 elements
Group 10 (Phi=180.0_1_1.88) has 108 elements
Group 11 (Phi=180.0_2_6.61) has 108 elements
Group 12 (Phi=180.0_3_2.30) has 108 elements
Group 13 ( Phi=0.0_1_3.35) has 124 elements
Group 14 (Phi=180.0_3_0.33) has 124 elements
Group 15 ( Phi=0.0_3_0.67) has 744 elements
Group 16 ( Phi=0.0_3_0.63) has 504 elements
Group 17 ( Phi=0.0_3_0.75) has 72 elements
Group 18 (Phi=180.0_2_1.05) has 72 elements
Group 19 (Phi=180.0_1_0.84) has 72 elements
Group 20 ( Phi=0.0_1_1.05) has 48 elements
Group 21 ( Phi=0.0_3_0.70) has 48 elements

这个是什么意思，该如何选择？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-27 23:04
这是按力场参数分组的。想考虑哪类二面角就选哪个

也可以手动打开index文件把几个组合并成一个组。

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-5-28 09:01

sobereva 发表于 2015-5-27 23:04
这是按力场参数分组的。想考虑哪类二面角就选哪个

也可以手动打开index文件把几个组合并成一个组。

真是不好意思，再次叨扰sob老师。这个phi=X_X_X是什么意思阿？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-28 09:03

xxj9618 发表于 2015-5-28 09:01
真是不好意思，再次叨扰sob老师。这个phi=X_X_X是什么意思阿？

就是力场参数，你对照一下力场文件就知道了。
第一个是平衡角度，第二个应该是多重度，第三个应该是力常数

作者
Author: xxj9618 时间: 2015-5-28 10:27

sobereva 发表于 2015-5-28 09:03
就是力场参数，你对照一下力场文件就知道了。
第一个是平衡角度，第二个应该是多重度，第三个应该是力常 ...

好的，谢谢sob老师

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