计算化学公社

标题: 有机反应+量化计算审稿意见求助 [打印本页]

作者
Author: 霜晨月 时间: 2018-12-6 12:33
标题: 有机反应+量化计算审稿意见求助
尝试了一个有机反应，用DFT计算了过渡态、IRC、energy profile等，投出去之后，收到三个审稿人意见
审稿人B似乎是做有机实验的，量化做的不多，他说计算部分写得太繁琐了，只把过渡态和中间体写出来就行了。
审稿人C是纯做量化计算的，意见与B相反，建议扩充计算部分：
However, only energetic profiles are discussed. I would have expected some rationalization of the mechanism based on reactivity descriptors or chemical properties.

这种情况，是不是应该按照C的要求扩充计算部分？那么该怎么回复B呢？
更重要的是，该怎么rationalize the mechanism based on reactivity descriptors or chemical properties 呢？（其实我连什么是reactivity descriptors还不知道）

期盼各位老师指教！

作者
Author: wangyj 时间: 2018-12-6 14:59
根据我们实验室实验加计算的经历来看，如果你的文章侧重点是实验的话，应该以B的为准。
我们这边实验加计算的文章中，计算其实更像一种材料的表征方式。
一种微观角度的表征方式，和XRD, SEM, XPS这类的一样。
正文中说一下我们用什么软件进行了计算模拟，结果表明啥啥啥，然后在SI里边写上一些细节。或者不写也行。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2018-12-6 15:14

wangyj 发表于 2018-12-6 14:59
根据我们实验室实验加计算的经历来看，如果你的文章侧重点是实验的话，应该以B的为准。
我们这边实验加计 ...

实验部分，有机反应不是新的，只是这个反应在我研究的骨架结构上从未报导过。我用这个反应合成了十几个化合物，用DFT计算了过渡态、IRC、活化能等，分析了各种因素对反应收率的影响。
感觉这篇文章实验与计算两方面重要性差不多，没法说侧重哪一个。。。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-12-6 16:35
虽然B和C的意见看起来是矛盾的，但其实可能可以同时满足。

B说计算部分写的繁琐、不一定是写的“太长”。有可能只是他觉得计算没有提供一般有机化学想不到的问题。现在确实有一些文章做的计算会用语言再把图上的东西描述一遍：“中间体XX比原料能量高XX kJ/mol，过渡态比中间体高XX kJ/mol，键长是多少多少......”，但是却没有新的东西，化学直觉都能预料得到，计算没有给出新的insight，这样可能这样就让人觉得“繁琐”、“没必要写”。

如果先使得语言描述简练一些，突出重点；再像C说的那样做一些分析，说不定能提供新的见解；这样即使篇幅比原来长，也不违背B表示不用那么繁琐的意见。

不过我没看过文章和完整的审稿意见，不知道是不是这样的情况。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2018-12-6 16:52

liyuanhe211 发表于 2018-12-6 16:35
虽然B和C的意见看起来是矛盾的，但其实可能可以同时满足。

B说计算部分写的繁琐、不一定是写的“太长” ...

您说得对，其实基本上就是您描述的那样。
能请您解释一下该怎么满足C的要求吗？我现在也没有搞清楚什么是reactivity descriptor，该怎么分析

作者
Author: youyno 时间: 2018-12-6 20:57

霜晨月发表于 2018-12-6 16:52
您说得对，其实基本上就是您描述的那样。
能请您解释一下该怎么满足C的要求吗？我现在也没有搞清楚什么 ...

让你分析这些反应能垒降低或升高的原因，增加电荷分析，波函数分析等来充分解释计算结果。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-6 22:47
反应性描述符一般指福井函数，双描述符，软度，化学势等等，和反应活性、反应位点有关

作者
Author: 霜晨月 时间: 2018-12-6 23:24
谢谢老师。福井函数、双描述符这些名词我从前或许见过，但一点也不明白什么意思，要算的话更是不知如何下手。这本来是一个常见的SN2-like有机反应，只是反应底物比较新颖。能否跟审稿人argue说这个反应没必要算这些东西？

作者
Author: 霜晨月 时间: 2018-12-6 23:31
另外这些内容基础班讲义应该是没有，如果需要计算的话，老师可否推荐一些可靠的tutorial或introduction？Thanks

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-12-7 02:18
本帖最后由 liyuanhe211 于 2018-12-7 02:20 编辑

霜晨月发表于 2018-12-6 23:31
另外这些内容基础班讲义应该是没有，如果需要计算的话，老师可否推荐一些可靠的tutorial或introduction？Th ...

这是波函数分析的内容，用Multiwfn算，Multiwfn手册中有大量Tutorial，绝大多数算起来非常简单。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-12-7 02:19

霜晨月发表于 2018-12-6 23:24
谢谢老师。福井函数、双描述符这些名词我从前或许见过，但一点也不明白什么意思，要算的话更是不知如何下手 ...

Argue某一个描述符没用或许还可以，Argue“没有任何描述符/波函数分析方法对揭示反应的本质/能量差别的来源有帮助”是非常困难的。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2018-12-9 21:21

liyuanhe211 发表于 2018-12-7 02:18
这是波函数分析的内容，用Multiwfn算，Multiwfn手册中有大量Tutorial，绝大多数算起来非常简单。

嗯，非常感谢李老师。正在学习中。

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-13 19:50

霜晨月发表于 2018-12-6 23:31
另外这些内容基础班讲义应该是没有，如果需要计算的话，老师可否推荐一些可靠的tutorial或introduction？Th ...

讨论反应位点的方法看：
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract28694.shtml）、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）
2 幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
3 Multiwfn手册4.A.4节
4 概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384

相关内容都是波函数分析与Multiwfn培训班里讲的

作者
Author: 霜晨月 时间: 2018-12-22 13:41

sobereva 发表于 2018-12-13 19:50
讨论反应位点的方法看：
1 亲电取代反应中活性位点预测方法的比较（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abst ...

非常感谢Sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)