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标题: gromacs 模拟扩散系数问题 [打印本页]

作者
Author: 哆啦哆啦 时间: 2018-12-14 11:50
标题: gromacs 模拟扩散系数问题
各位大神，
我用gromacs计算小分子在溶液中的扩散系数，模拟200K-300K，每20K 算一个结构，可以用NPT系综使体系平衡后，再计算扩散系数吗？

作者
Author: __Chauncey__ 时间: 2018-12-14 12:33
额，感觉是不是应该使用NVE系综？如果可以的话，都算一下，看看差别…………

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-14 15:53
可以

作者
Author: 哆啦哆啦 时间: 2018-12-14 16:25

sobereva 发表于 2018-12-14 15:53
可以

请问老师，控温方法最好采用哪种？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-14 19:07

哆啦哆啦发表于 2018-12-14 16:25
请问老师，控温方法最好采用哪种？

v-rescale

作者
Author: agent99 时间: 2018-12-15 04:44
平衡的话应该无所谓，但是算扩散系数的production run最好用NVE，或者NVT+Nose-Hoover

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