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标题: QMMM环境中与气相中分子结构差异原因 [打印本页]

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Author: 函数与激情 时间: 2018-12-23 10:32
标题: QMMM环境中与气相中分子结构差异原因
本帖最后由函数与激情于 2018-12-23 19:42 编辑

各位老师，我最近研究一个非天然碱基的性质，发现在气相环境和DNA QMMM中的结构变化较大，气相中是个弯曲的构型，在DNA中却是几乎平面的构型，尝试了chemshell接高斯，接turbomole以及molcas接tinkerQMMM方法结果均一致，确实存在结构差异。该分子S原子上下距离碱基较远，似乎不是base stacking作用，请问大家遇到过相关现象吗或者有什么建议啊谢谢大家

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Author: sobereva 时间: 2018-12-23 18:07
最好把QMMM优化的结果的结构图贴上来

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Author: 函数与激情 时间: 2018-12-23 19:36

sobereva 发表于 2018-12-23 18:07
最好把QMMM优化的结果的结构图贴上来

老师，已经上传了优化完的DNA的结构，外面的水盒子去掉了，中间的含硫三元环是我的QM分子

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-24 01:26
可以把DNA模型简化到只剩与这个碱基发生氢键作用的碱基，以及与这个分子相连的糖，然后再优化；然后可以再把氢键作用的碱基也给去掉；然后再把糖去掉。反复对比看是什么因素引起的。

作者
Author: Jack 时间: 2018-12-24 05:20
是不是溶剂的影响？

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