fhh2626 发表于 2018-12-24 14:58
能量的绝对值一般没有任何意义
小雨呢喃 发表于 2018-12-24 15:07
谢谢回复。也看到一些帖子说 因为总能是成键能和非键能之和,成键能是正值,所以总能可能是正的。只是看 ...
sobereva 发表于 2018-12-25 00:45
我没用amber跑过你这类体系,不过EELEC这么正,比较诡异
hdmd 发表于 2018-12-25 14:26
不是这样的,输出结果中非键相互作用能也是正值,库伦作用是正值,以前做过超临界流体的模拟,高压下能量 ...
小雨呢喃 发表于 2018-12-29 18:23
sob老师,谢谢您的回复,刚看到您的回复。这个EELEC是不是有可能由于有机分子之间的相互作用造成的
sobereva 发表于 2018-12-30 04:32
按说阴阳离子间的作用应当使得总静电作用能是明显负值才对。没看到你的具体结构不好说。
小雨呢喃 发表于 2018-12-30 16:58
Sob老师,这个是具体的体系,我测试了下静电作用好像主要来自于DME。力场我使用高斯计算然后gaff力场。
hdmd 发表于 2019-1-8 20:48
分时间段做下扩散系数,看看平衡没有,如果平衡了应该不要紧
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